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标题: molclus程序的isostat组件去重排序后原子顺序错乱（实为未按要求产生轨迹文件所致） [打印本页]

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Author: philartist 时间: 2022-11-18 13:05
标题: molclus程序的isostat组件去重排序后原子顺序错乱（实为未按要求产生轨迹文件所致）
本帖最后由 philartist 于 2022-11-18 19:37 编辑

过去使用molclus 1.9.9.9 程序搜索团簇几何结构的时候经常遇到一个奇怪的情况：经isostat组件去重排序后产生的cluster.xyz文件中的结构很多元素符号是错乱的。具体表现为：结构的骨架是合理的，但是原子的位置却像是打乱了一样。如果使用isostat组件时把判断两个结构不同的标准继续改小，则会发现cluster.xyz文件中存在许多骨架相同，但是原子顺序不同的结构。如果打开isomer.xyz文件，里面的结构则是完全合理的，因此怀疑是否是因为isostat组件中存在某种bug会把元素的符号读错
为了说明这个问题，这里以VC4-负离子团簇为例，使用molclus 1.9.9.9 程序调用 xtb-6.5.0 程序在 GFN1-xtb 级别下搜索了1000个VC4-三重态负离子的结构，并用isostat组件去重排序（判断结构不同的标准为0.00005 kcal/mol和0.0005 Angstrom，这里是为了使问题显现出来），计算的结果在附件当中
下面的图片给出的是cluster.xyz文件中的前4个结构，单个金属多个碳的团簇通常是金属原子连接在碳链一端的链状结构，或者是环状结构，小尺寸的单金属多碳的团簇还有可能是以金属原子为中心的扇形结构。如果单看cluster.xyz中第一个结构的骨架而忽略掉元素符号，这个骨架是合理的，并且按照化学常识，V原子应该连接在碳链的一端，然而实际给出来的则是V原子出现在了本应该是C原子出现的位置。第二个和第三个结构也是同样的问题，第四个结构则是正常的结构。
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Author: sobereva 时间: 2022-11-18 14:10
只有isostat没有isostate

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Author: philartist 时间: 2022-11-18 14:33

sobereva 发表于 2022-11-18 14:10
只有isostat没有isostate

已经修改过来了sob老师（一直使用tab键自动补全而忘记了程序正确的名字）

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Author: sobereva 时间: 2022-11-18 16:59
你的xyz文件本身就有问题
xyz轨迹要求里面每一帧原子顺序是相同的。你的traj.xyz里就已经不满足要求，前面的一批都是CCCVC顺序，后面的一批是VCCCC。你的traj.xyz怎么产生的？如果genmer时用了ishuffle=1，不能把两次产生的合并，否则原子顺序可能是不同的。

作者
Author: philartist 时间: 2022-11-18 19:27

sobereva 发表于 2022-11-18 16:59
你的xyz文件本身就有问题
xyz轨迹要求里面每一帧原子顺序是相同的。你的traj.xyz里就已经不满足要求，前面 ...

traj.xyz确实是将两个使用genmer组件产生的轨迹直接合并到一起的，ishuffle参数也确实设置成了1
谢谢sob老师！

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Author: qcn1211 时间: 2025-6-4 21:31
本帖最后由 qcn1211 于 2025-6-4 21:35 编辑

超算得到的多个out文件，如何合并成isomers.xyz 文件，用isostat去重复？

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