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标题: 含硼的DFOB-拓扑文件创建问题 [打印本页]

作者
Author: Lemon97z 时间: 2022-11-18 16:14
标题: 含硼的DFOB-拓扑文件创建问题
我使用gmx来算电解液中的分子动力学，需要用到含B的DFOB-（二氟草酸硼酸根）的拓扑文件，之前一直用的OPLS-AA力场，其他组分也都用的此力场，但不支持B元素，我看了社长的帖子可以使用sobtop来生成UFF力场下的拓扑文件，关于此我想请问一下：
1、是否可以混用：DFOB单独使用UFF力场，其他使用OPLS-AA力场产生的拓扑？如果不可以使用哪个力场更合适呢？
2、如果1可以混用的话，关于http://sobereva.com/635此文章的例子使用的是RESP电荷，我OPLS-AA力场使用的是1.2*CM5电荷，是否有影响？需不需要改一致？

作者
Author: sobereva 时间: 2022-11-19 00:08
不能混用。其它部分都用sobtop产生基于GAFF的拓扑文件就完了

作者
Author: Lemon97z 时间: 2022-11-19 14:54

sobereva 发表于 2022-11-19 00:08
不能混用。其它部分都用sobtop产生基于GAFF的拓扑文件就完了

好的谢谢老师！

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