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标题: pbe38加色散修正时环境变量设置问题 [打印本页]

作者
Author: halouhapily 时间: 2022-11-18 19:48
标题: pbe38加色散修正时环境变量设置问题
老师好，1、目的：给pbe38加dft-d3（BJ-damping）色散修正，高斯版本为g16-A03，
2、做法：
将环境变量：
export GAUSS_DFTD3_S6=1000000
export GAUSS_DFTD3_S8=1462300
export GAUSS_DFTD3_ABJ1=399500
export GAUSS_DFTD3_ABJ2=5140500，加入到脚本中了如下：
（其对应的参数是在https://www.chemie.uni-bonn.de/p ... ft-d3/functionalsbj这个链接找到的，）

#!/bin/bash
#SBATCH -J ex
#SBATCH -N 1
#SBATCH -n 28
#SBATCH --ntasks-per-node=28
#SBATCH --partition=normal2
#SBATCH --output=%j.out
#SBATCH --error=%j.err
export GAUSS_DFTD3_S6=1000000
export GAUSS_DFTD3_S8=1462300
export GAUSS_DFTD3_ABJ1=399500
export GAUSS_DFTD3_ABJ2=5140500
export g16root=/data/home/liyannk/g16/G16-A03
source $g16root/g16/bsd/g16.profile
export PATH=$g16root/g16:$PATH
mkdir -p /tmp/$SLURM_JOB_ID
export GAUSS_SCRDIR=/tmp/$SLURM_JOB_ID
#Program run command, don't need to modify.
echo The job start time at: `date`
g16 < $SLURM_JOB_NAME.gjf > $SLURM_JOB_NAME.log
rm -rf $GAUSS_SCRDIR
echo The job end time at: `date`

输入文件：
%mem=100GB
%nprocl=1
%nprocs=28
%oldchk=opt.chk
%chk=ex.chk
#p pbepbe/genecp IOp(3/76=1000003750) IOp(3/77=0625006250) IOp(3/78=1000010000) em=gd3bj td=(full,nstates=200) guess=read

3、
但是出现报错：
R6DS8: Unable to choose the S8 parameter, IExCor= 1009 IXCFnc= 0 ScaHFX= 0.375000 IDFTD=3
Error termination via Lnk1e in /data/home/liyannk/g16/G16-A03/g16/l301.exe at Thu Nov 17 17:12:30 2022.

4、问题：
是不是因为我环境变量设置出现问题？

作者
Author: sobereva 时间: 2022-11-19 00:16
你又不是做激发态优化，加D3做什么，根本不影响激发能的计算结果

作者
Author: halouhapily 时间: 2022-11-19 10:11
本帖最后由 halouhapily 于 2022-11-19 17:44 编辑

sobereva 发表于 2022-11-19 00:16
你又不是做激发态优化，加D3做什么，根本不影响激发能的计算结果

老师，我想了一下，您看我这样的作法有问题吗？我做的体系是稀土有机配合物（有大共轭配体）
1：做自然跃迁轨道分析时：
a：采用PBE0+d3泛函和小核赝势+6-311g*优化基态结构
b：采用cam-b3lyp（不加d3）泛函和小核赝势+6-311g**计算NTO
2：做能量转移分析时（包括S1-T1，T1-稀土离子5D0轨道的能量转移过程）
采用PBE0+d3泛函和大核赝势+6-311g*优化基态、S1、T1结构。
老师，我这样泛函和基组的搭配合理吗？

作者
Author: sobereva 时间: 2022-11-19 22:29

halouhapily 发表于 2022-11-19 10:11
老师，我想了一下，您看我这样的作法有问题吗？我做的体系是稀土有机配合物（有大共轭配体）
1：做自然 ...

看不出有什么理由改成大核赝势

作者
Author: halouhapily 时间: 2022-11-19 22:51
本帖最后由 halouhapily 于 2022-11-19 22:54 编辑

sobereva 发表于 2022-11-19 22:29
看不出有什么理由改成大核赝势

老师，除了没必要换成大核赝势之外其他的搭配没什么问题吧？
我害怕做激发态优化用PBE0+d3不太靠谱，还希望老师能给点建议
我换成大核赝势的目的是为了能手动设置多重态的类型来指定优化哪一个自旋多重度下的结构，如果用小核赝势是不是只能设自旋多重度为7，我不知道如何用小核赝势可不可以指定自旋多重度，

作者
Author: sobereva 时间: 2022-11-19 22:55

halouhapily 发表于 2022-11-19 22:51
老师，除了没必要换成大核赝势之外其他的搭配没什么问题吧？
我害怕做激发态优化用PBE0+d3不太靠谱，还 ...

PBE0-D3(BJ)没有问题
只不过如果碰上CT特征特别强的激发态，用CAM-B3LYP之类长程HF成份较高的优化更合适
本来也没任何必要手动设，该多少就是多少

作者
Author: halouhapily 时间: 2022-11-19 23:25
本帖最后由 halouhapily 于 2022-11-19 23:28 编辑

sobereva 发表于 2022-11-19 22:55
PBE0-D3(BJ)没有问题
只不过如果碰上CT特征特别强的激发态，用CAM-B3LYP之类长程HF成份较高的优化更合适 ...

谢谢老师的回复，心里有底了，还有两个问题：1、像是开壳层做激发态优化是没有必要修改自旋多重度的是吧？直接TDDFT opt做激发态优化即可？做出来是哪个态就是那个态的结构
2、用CAM-B3LYP优化激发态的时候应该要加上D3矫正吧，但是我在加D3矫正的时候出现了问题，如我帖子中所述，老师您看这个问题您有什么建议吗？万分感谢老师指点，

作者
Author: sobereva 时间: 2022-11-20 14:12
1 我不知道你说的“修改自旋多重度”是哪里改。参考态是UKS的话Gaussian里TDDFT没法指定激发态自旋多重度，下文明确说了
Gaussian中用TDDFT计算激发态和吸收、荧光、磷光光谱的方法
http://sobereva.com/314（http://bbs.keinsci.com/thread-2413-1-1.html）

2 必要性看体系和泛函。
谈谈“计算时是否需要加DFT-D3色散校正？”
http://sobereva.com/413（http://bbs.keinsci.com/thread-9772-1-1.html）

CAM-B3LYP的D3参数是Gaussian内置的，不可能加不了

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