计算化学公社

标题: 求助：在amber上调用Gaussian进行QMMM计算，nc轨迹转成crd文件后用VMD打开出现混乱 [打印本页]

作者
Author: 哇卡卡卡卡卡 时间: 2022-11-18 21:33
标题: 求助：在amber上调用Gaussian进行QMMM计算，nc轨迹转成crd文件后用VMD打开出现混乱
本帖最后由哇卡卡卡卡卡于 2022-11-20 16:42 编辑

各位老师好，我现在在amber上调用Gaussian进行QMMM计算，从TS出发，分别朝着两个相反的方向跑轨迹（forward and reverse），将产生的两条.nc轨迹拼接在一起之后，紧接着将合并后的.nc轨迹转成crd文件后，在vmd上打开parm7和.crd文件，结构变成了一团，查看.nc轨迹的最后一帧，结构是正常的，请问各位老师，在这个过程中是转换过程出现了错误还是用VMD查看轨迹的时候出现了错误（一团乱），请各位老师指导！
合并轨迹：
parm parm7
trajin revise_f11-1.nc
trajin revise_r11-1.nc
autoimage
trajout revise_11.nc
run
quit

.nc轨迹转成.crd文件
parm parm7
trajin revise_11.nc
autoimage
trajout revise_11.crd crd
run
quit

作者
Author: tomwong4253 时间: 2022-11-21 23:20
本帖最后由 tomwong4253 于 2022-11-21 23:24 编辑

vmd打开crd的时候选择“Amber Trajetories with Periodic Box”试试，另外用不着autoimage，vmd正常打开之后用自带的工具去align就行了。

作者
Author: 哇卡卡卡卡卡 时间: 2022-11-22 09:25

tomwong4253 发表于 2022-11-21 23:20
vmd打开crd的时候选择“Amber Trajetories with Periodic Box”试试，另外用不着autoimage，vmd正常打开之 ...

谢谢老师的指导！老师，这里方便再问您一个问题吗，就是我将两条nc轨迹合并之后，发现并不是头尾相连，拼接后的轨迹是TS→reactant→TS→product，实际上应该是reactant→TS→product，在拼接的时候是有什么要注意的吗

作者
Author: tomwong4253 时间: 2022-11-22 21:37
出现这种顺序是必然的，trajin可没这么聪明，只会按照先后顺序机械性地将轨迹前后连在一起，你第一条轨迹是TS-reactant，第二条轨迹是TS-product，拼起来当然就是TS→reactant→TS→product。要达到你说的那个效果，你得搞到一条reactant→TS的轨迹才行。

作者
Author: 哇卡卡卡卡卡 时间: 2022-11-23 15:12

tomwong4253 发表于 2022-11-22 21:37
出现这种顺序是必然的，trajin可没这么聪明，只会按照先后顺序机械性地将轨迹前后连在一起，你第一条轨迹是 ...

谢谢老师的指导！我自己再去查查资料。老师，您印象中有将nc轨迹反过来的操作吗，或者其他类似操作。

作者
Author: tomwong4253 时间: 2022-11-23 19:50

哇卡卡卡卡卡发表于 2022-11-23 15:12
谢谢老师的指导！我自己再去查查资料。老师，您印象中有将nc轨迹反过来的操作吗，或者其他类似操作。

暂时木有想到。。。估计得trajin一帧一帧扒下来然后再重新trajout一帧一帧输出回去？那样太麻烦了

作者
Author: 哇卡卡卡卡卡 时间: 2022-11-23 21:10

tomwong4253 发表于 2022-11-23 19:50
暂时木有想到。。。估计得trajin一帧一帧扒下来然后再重新trajout一帧一帧输出回去？那样太麻烦了

好嘞，谢谢老师，我自己再看看

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)