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标题: 离子液体在GMX中的模拟使用gromos 54a7力场是否合适？ [打印本页]

作者
Author: 莫落 时间: 2022-11-18 23:49
标题: 离子液体在GMX中的模拟使用gromos 54a7力场是否合适？
请问：1. 胆碱类的离子液体能否用gromos54 a7力场来描述？当然用GAFF肯定可以，那要如何判断哪个更适合自己的体系呢？
2. 如果用gromos54 a7力场描述合适，我在ATB上找到了itp参数，看了一些帖子，都推荐使用联合原子力场，那gro或pdb文件中的H要自己手动删去吗？
谢谢了！！！

作者
Author: sobereva 时间: 2022-11-19 00:05
若无特殊情况，一律建议用GAFF。又兼容AMBER派系力场，又有标准的原子电荷计算方法，又能通过灵活的sobtop产生各类体系的拓扑文件，没理由不用GAFF而用GROMOS

作者
Author: 莫落 时间: 2022-11-19 09:59

sobereva 发表于 2022-11-19 00:05
若无特殊情况，一律建议用GAFF。又兼容AMBER派系力场，又有标准的原子电荷计算方法，又能通过灵活的sobtop ...

谢谢社长，这个我是知道的

；sobtop+RESP2的脚本，用起来不要太方便；
开始我用的就是AMBER99SB-ILDN+GAFF，结果差异不明显，看文献中用的是gromos54 a7，我也试了一下，虽然过程很麻烦，但结果很显著

，所以就想咨询一下，gromos54 a7对于胆碱类的是否合适

作者
Author: sobereva 时间: 2022-11-19 22:28

莫落发表于 2022-11-19 09:59
谢谢社长，这个我是知道的；sobtop+RESP2的脚本，用起来不要太方便；
开始我用的就是AMBER99SB-ILD ...

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