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标题: 求助：做分子模拟时盒子体积增大 [打印本页]

作者
Author: PHOENIXHMX 时间: 2022-11-19 16:06
标题: 求助：做分子模拟时盒子体积增大
各位老师好！在做分子模拟时盒子越来越大，体积增加了好几倍，模拟的是萤石和水分子的吸附，目前有几个问题想要请教一下。1.mdp文件中墙的设置不知道合不合适这个体系？
2.盒子增大的原因是什么？能不能控制盒子体积？
感谢老师指导

作者
Author: YaM 时间: 2022-11-19 17:14
巧了，我的跑完会缩小，没添加溶剂，盒子大小10nm，跑完打开gro一看，变5.6了

作者
Author: PHOENIXHMX 时间: 2022-11-19 17:28

YaM 发表于 2022-11-19 17:14
巧了，我的跑完会缩小，没添加溶剂，盒子大小10nm，跑完打开gro一看，变5.6了

我的盒子直接从2变为10了，水分子也跑的到处都是，根本看不出结果

作者
Author: sobereva 时间: 2022-11-19 23:12
freezegrps甭跟控压一起用。用位置限制代替冻结再试
各向异性体系Pcoupltype甭用isotropic

解析gromacs的restraint、constraint和freeze
http://sobereva.com/10

作者
Author: PHOENIXHMX 时间: 2022-11-21 09:06

sobereva 发表于 2022-11-19 23:12
freezegrps甭跟控压一起用。用位置限制代替冻结再试
各向异性体系Pcoupltype甭用isotropic

好的谢谢老师指导我再去修改一下

作者
Author: PHOENIXHMX 时间: 2022-11-21 19:26

sobereva 发表于 2022-11-19 23:12
freezegrps甭跟控压一起用。用位置限制代替冻结再试
各向异性体系Pcoupltype甭用isotropic

sob老师好，我在模拟时出现了一个问题，在模拟固体表面水分子运动时，我在z方向上加上了墙，可是有两个水分子跑到了两端，这是什么情况导致的？墙的具体机理是什么？可以解答一下吗谢谢老师了

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