计算化学公社

标题: 团簇吸附CO体系如何计算anharmonic effects [打印本页]

作者
Author: my_aman 时间: 2022-11-20 08:07
标题: 团簇吸附CO体系如何计算anharmonic effects
各位好：
我的一个团簇吸附CO体系，用VASP跑了不同温度下的动力学。审稿人基于此，第一次意见：Regarding the calculation of the catalyticproperties, these are calculated within the harmonic approximation. However, ithas been recently shown the relevance of the anharmonic effects when the effectof temperature is analyzed. Please discuss based on computations。后来，审稿人坚持：I could not understand why the authors decided to not analyze the anharmonic effects, at least for the smallest cluster.
请问anharmonic effects用什么软件，如何实现的呢？

作者
Author: sobereva 时间: 2022-11-20 14:22
看你具体算什么问题
如果是振动光谱，基于AIMD轨迹得到的振动光谱直接就体现了非谐振效应。Gaussian做freq=anharm计算结合Multiwfn也可以绘制考虑非谐振的红外光谱，此文说了
使用Multiwfn绘制红外、拉曼、UV-Vis、ECD、VCD和ROA光谱图
http://sobereva.com/224

如果是算热力学量，可以用Gaussian做freq=anharm的非谐振计算（ORCA等程序也支持），得到考虑非谐振效应的热力学量。

作者
Author: my_aman 时间: 2022-11-20 18:19

sobereva 发表于 2022-11-20 14:22
看你具体算什么问题
如果是振动光谱，基于AIMD轨迹得到的振动光谱直接就体现了非谐振效应。Gaussian做freq ...

谢谢社长，光谱和热力学量都没涉及。就是简单的在不同温度下，跑了个结构-能量的轨迹。审稿人却坚持要算这个，我是不是可以反驳一下呢？

作者
Author: sobereva 时间: 2022-11-21 02:25

my_aman 发表于 2022-11-20 18:19
谢谢社长，光谱和热力学量都没涉及。就是简单的在不同温度下，跑了个结构-能量的轨迹。审稿人却坚持要算 ...

如果研究只是涉及动力学模拟，那么没有非谐振效应的事。
不知道审稿人理解到哪里去了。他若非要让你做所谓的非谐振分析，至少他理应给出点文献作为例子表明他想让你分析的是什么

作者
Author: wzkchem5 时间: 2022-11-21 02:37

my_aman 发表于 2022-11-20 11:19
谢谢社长，光谱和热力学量都没涉及。就是简单的在不同温度下，跑了个结构-能量的轨迹。审稿人却坚持要算 ...

可能审稿人看你的文章没看仔细。
可以说一下，分子动力学本来就是包含anharmonic effect的，所以审稿人第一句话（说作者用了harmonic approximation）并不正确。当然这不妨碍审稿人要求你研究anharmonic effect的影响，所以你可以用谐振子模型再算一遍吸附自由能之类的，和动力学结果对比，两者的差别可以在一定程度上反映anharmonic effect的贡献。

作者
Author: my_aman 时间: 2022-11-26 20:15

sobereva 发表于 2022-11-20 14:22
看你具体算什么问题
如果是振动光谱，基于AIMD轨迹得到的振动光谱直接就体现了非谐振效应。Gaussian做freq ...

谢谢社长，基于您和文献，打算参考这个图回复审稿人。其中上图的关键词是freq，下图的关键词是freq=anharm，从而绘制出来比较，请问是这样实现的吗？ (, 下载次数 Times of downloads: 19)

作者
Author: my_aman 时间: 2022-11-26 20:18

wzkchem5 发表于 2022-11-21 02:37
可能审稿人看你的文章没看仔细。
可以说一下，分子动力学本来就是包含anharmonic effect的，所以审稿人 ...

谢谢您，打算算个红外谱，比较harmonic 和anharmonic 的区别

作者
Author: wzkchem5 时间: 2022-11-26 21:02

my_aman 发表于 2022-11-26 13:15
谢谢社长，基于您和文献，打算参考这个图回复审稿人。其中上图的关键词是freq，下图的关键词是freq=anhar ...

这个结构优化收敛了吗？
正常情况下谐振谱和非谐振谱不会差这么多吧

作者
Author: my_aman 时间: 2022-11-26 21:08

wzkchem5 发表于 2022-11-26 21:02
这个结构优化收敛了吗？
正常情况下谐振谱和非谐振谱不会差这么多吧

这个是文献上的图，请问关键词分别设置成freq和freq=anharm，就能实现上图？

作者
Author: wzkchem5 时间: 2022-11-26 21:47

my_aman 发表于 2022-11-26 14:08
这个是文献上的图，请问关键词分别设置成freq和freq=anharm，就能实现上图？

这得看文献的计算细节部分。freq=anharm不是计算非谐振谱的唯一方式

作者
Author: sobereva 时间: 2022-11-27 00:57

my_aman 发表于 2022-11-26 20:15
谢谢社长，基于您和文献，打算参考这个图回复审稿人。其中上图的关键词是freq，下图的关键词是freq=anhar ...

审稿人也没提振动的问题，给这么张图也未必有什么意义。而且你的体系做非谐振计算都可能算不动

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