计算化学公社

标题: 求助：gmx可以算不同部分的密度吗 [打印本页]

作者
Author: FrancisLi 时间: 2022-11-20 13:42
标题: 求助：gmx可以算不同部分的密度吗
各位老师好，我最近跑一种有亲水段和疏水段的分子，想算不同段的局部密度，请问gmx可以算吗，我看gmx energy只能算系统整体的密度，不知道有没有办法分成几个group分别算密度？感谢各位老师！

作者
Author: sobereva 时间: 2022-11-20 13:43
对具体结构截图才能判断

作者
Author: FrancisLi 时间: 2022-11-20 15:58

sobereva 发表于 2022-11-20 13:43
对具体结构截图才能判断

sob老师好，我的分子是一种嵌段共聚物，分子的两个不同的block（由不同的monomer组成，top文件里的原子命名也不一样）会相分离成层状薄膜的结构，我是想算膜内的密度和两层膜之间的密度。这里没有其他分子，就只有我这一种分子

作者
Author: sobereva 时间: 2022-11-20 16:02

FrancisLi 发表于 2022-11-20 15:58
sob老师好，我的分子是一种嵌段共聚物，分子的两个不同的block（由不同的monomer组成，top文件里的原子命 ...

原理上，只要你要计算密度的空间区域的原子能在VMD能通过恰当的选择语句选中，并且通过立体几何知识能求出那部分区域的体积，总能得到密度

作者
Author: FrancisLi 时间: 2022-11-21 03:45
哦哦好的，那我去试试，感谢sob老师！

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