计算化学公社

标题: CP2K跑QMMM报原子链接错误，建议使用REORDERING关键词 [打印本页]

作者
Author: 疯狂的阿太 时间: 2022-11-21 13:28
标题: CP2K跑QMMM报原子链接错误，建议使用REORDERING关键词
请教大家，我用CP2K跑QMMM，在我PDB文件从INDEX 1-15854存在钙离子，psf文件来自于AMBER建模得到键连关系。报存在原子未链接错误。

请教它提示的使用REORDERING关键词应该是加在哪里？

CP2K报错如下：

作者
Author: leeru 时间: 2022-11-21 18:27
建议你装个gromacs，使用gromacs里面的工具处理界面原子，自己手动调很不方便

作者
Author: 疯狂的阿太 时间: 2022-11-21 20:44
谢谢，这个问题通过调整Ca离子到链最后可用解决。

作者
Author: zhili 时间: 2023-1-6 16:00

疯狂的阿太发表于 2022-11-21 20:44
谢谢，这个问题通过调整Ca离子到链最后可用解决。

你好我也遇见了一样的问题你这是手动调整的吗？可以说的更细致一点吗？

作者
Author: 疯狂的阿太 时间: 2023-1-7 20:59

zhili 发表于 2023-1-6 16:00
你好我也遇见了一样的问题你这是手动调整的吗？可以说的更细致一点吗？

是的，手动调整金属离子到蛋白序号的最后

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)