计算化学公社

标题: 关于用genmer生出初始结构后如何确定配位数 [打印本页]

作者
Author: xiaobai1 时间: 2022-11-21 20:27
标题: 关于用genmer生出初始结构后如何确定配位数
我用genmer生成了1个Zn2+和10个H2O的初始结构。如果想确定1个Zn2+和几个H2O配位的话应该怎么做呢

作者
Author: sobereva 时间: 2022-11-22 01:27
用molclus做Zn2+周围围绕诸多H2O的构型搜索，自然会优化出来诸多Zn2+与H2O的配合物结构，直接就能看出来配位数。

作者
Author: xiaobai1 时间: 2022-11-22 08:34

sobereva 发表于 2022-11-22 01:27
用molclus做Zn2+周围围绕诸多H2O的构型搜索，自然会优化出来诸多Zn2+与H2O的配合物结构，直接就能看出来配 ...

sob老师，我用molclus调用gaussian做了结构优化，这是其中一个结构，是通过看Zn2+和几个H2O有虚键来确定和哪几H2O个形成了配位吗C:\Users\fpd\Desktop\11.png

作者
Author: sobereva 时间: 2022-11-23 00:19

xiaobai1 发表于 2022-11-22 08:34
sob老师，我用molclus调用gaussian做了结构优化，这是其中一个结构，是通过看Zn2+和几个H2O有虚键来确定 ...

明显不是能量最低结构，Zn左边还有配位能力

Zn与水的配合物早就被无数文章研究过了，直接用google去搜文章（google图片搜索还可能能直接找到图），照着文章里的结构在gview手动摆就完了，都没必要做构型搜索

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)