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标题: 求助离子反应中抗衡离子的加入 [打印本页]

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Author: han- 时间: 2022-11-21 22:37
标题: 求助离子反应中抗衡离子的加入
本帖最后由 han- 于 2022-11-22 22:14 编辑

老师们好，我最近在模拟固体熔融时的离子反应，反应见下图
单独两个阴离子模拟时一直报错且越来越远，然后在帖子中其他老师提到要加入抗衡离子和背景电荷
但是这个抗衡离子的放置和模拟一直不对，放置近了会成键变成分子离得远了又报错
请问我的输入是哪里不对吗？

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Author: wzkchem5 时间: 2022-11-21 22:45
背景电荷和溶剂模型是两个概念，SMD属于溶剂模型，溶剂模型可以很粗略地代替背景电荷，但是不能叫做背景电荷。
这个体系不太适合用溶剂模型代替背景电荷，因为溶剂模型不能恰当描述单原子离子的第一配位层的溶剂化作用。所以建议还是老老实实跑个熔融体的动力学，如果反应很快的话跑动力学的时候就能看到反应了，如果看不到的话再抠一个团簇出来，团簇外面的离子用点电荷描述，然后找反应过渡态。

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Author: han- 时间: 2022-11-22 09:21

wzkchem5 发表于 2022-11-21 22:45
背景电荷和溶剂模型是两个概念，SMD属于溶剂模型，溶剂模型可以很粗略地代替背景电荷，但是不能叫做背景电 ...

老师反应的irc和过渡态都已经走通和找到了，然后把起始拿出来优化发现不成功，然后按第一幅图加了钾距离很远了还是走不通

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Author: wzkchem5 时间: 2022-11-22 14:56

han- 发表于 2022-11-22 02:21
老师反应的irc和过渡态都已经走通和找到了，然后把起始拿出来优化发现不成功，然后按第一幅图加了钾距 ...

我已经说了，必须加背景电荷。加那几个K+和加背景电荷是两个概念

作者
Author: han- 时间: 2022-11-22 22:13

wzkchem5 发表于 2022-11-22 14:56
我已经说了，必须加背景电荷。加那几个K+和加背景电荷是两个概念

老师我看帖子中说背景电荷是代表体系的带电量，这个是说的加入抗衡离子之前还是之后呀？
参考其他帖子加了背景电荷，也放置了抗衡离子上传了我的输入，麻烦老师看一下哪里有错误？一直报错

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Author: wzkchem5 时间: 2022-11-23 00:52

han- 发表于 2022-11-22 15:13
老师我看帖子中说背景电荷是代表体系的带电量，这个是说的加入抗衡离子之前还是之后呀？
参考其他帖子 ...

参照http://sobereva.com/579的方法重新做。要从晶体结构里（或者用MD的snapshot也行）抠出一个团簇，中间的一个或几个离子用DFT描述，外面的离子至少要把中间的离子包满一层，最好包好几层，然后把外面的离子用点电荷描述。所以点电荷最最起码有几十个，一般有成百上千个，如果精度要求高一些的话上万都有可能。我没看你的结构，但是你只加了3个点电荷，肯定是理解错了加点电荷的目的。

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Author: han- 时间: 2022-11-23 15:24

wzkchem5 发表于 2022-11-23 00:52
参照http://sobereva.com/579的方法重新做。要从晶体结构里（或者用MD的snapshot也行）抠出一个团簇，中 ...

老师，有个问题：熔融态的碳酸钾不是晶体了也要从晶体抠出来团簇吗？老师您说的包满一层，是说我把一个碳酸根拿出来，周围其他的钾离子、碳酸根离子作为点电荷吗？还有一个问题是老师背景电荷的带电量要和我的体系带电量一致，对吗？

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Author: wzkchem5 时间: 2022-11-23 15:31

han- 发表于 2022-11-23 08:24
老师，有个问题：熔融态的碳酸钾不是晶体了也要从晶体抠出来团簇吗？老师您说的包满一层，是说我把一 ...

熔融态就需要跑MD然后取一个snapshot，更好的做法是取很多个snapshot分别计算。
对，但是QM区只有一个碳酸根很可能不够，建议查一下你们这种体系的计算文献，看看文献的QM区一般选多大
背景电荷的总带电量加上QM区的总带电量尽量接近0，但无需严格为0。我不知道什么叫你的体系的带电量，如果指的是整块晶体，那带电量就是0

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