计算化学公社

标题: 求助：ORCA做结构优化计算RESP电荷报错 [打印本页]

作者
Author: nku_linz 时间: 2022-11-22 01:05
标题: 求助：ORCA做结构优化计算RESP电荷报错
本帖最后由 nku_linz 于 2022-11-24 10:00 编辑

机器16核128G，优化用的B97-3c，SMD溶剂为水，nprocs=8，maxcore=3000，结构有180个左右原子，调整过nprocs和maxcore，增大maxcore也报错。换其他原子数目少的文件可正常跑，OpenMPI安装应该没问题，centos 7.6系统。麻烦各位老师帮忙看看 (, 下载次数 Times of downloads: 3)

此处计算RESP电荷使用了Sob老师写的脚本。原文：《ORCA结合Multiwfn计算RESP、RESP2和1.2*CM5原子电荷的懒人脚本》 http://sobereva.com/637（http://bbs.keinsci.com/thread-28178-1-1.html）

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Author: sobereva 时间: 2022-11-22 01:16
直接贴我的原文就完了，里面直接给了脚本，没必要在这里再贴一遍脚本
ORCA结合Multiwfn计算RESP、RESP2和1.2*CM5原子电荷的懒人脚本
http://sobereva.com/637（http://bbs.keinsci.com/thread-28178-1-1.html）
用的脚本的出处要说清楚，正如同写文章的时候要恰当引用一样

你的初始结构太烂，诸如H110和H116都挨到一起了，没准优化完了就成了H2了。此体系做量化级别的优化之前应当用诸如OpenBabel或Avogadro在分子力场级别做个预优化消除明显不合理接触。之后如果还要有同样的问题到时候再说。

作者
Author: nku_linz 时间: 2022-11-22 01:26

sobereva 发表于 2022-11-22 01:16
直接贴我的原文就完了，里面直接给了脚本，没必要在这里再贴一遍脚本
ORCA结合Multiwfn计算RESP、RESP2和1 ...

谢谢sob老师的指导，下次严格规范发帖格式和脚本引用的标注问题！

作者
Author: nku_linz 时间: 2022-11-24 10:07

sobereva 发表于 2022-11-22 01:16
直接贴我的原文就完了，里面直接给了脚本，没必要在这里再贴一遍脚本
ORCA结合Multiwfn计算RESP、RESP2和1 ...

问题已解决，谢谢老师的指点

做出以下调整：
1. 采用OpenBabel对分子结构基于MMFF94力场进行预优化，再用量化软件ORCA进行优化，程序可正常进行。操作方法借鉴sob老师的文章《基于OpenBabel批量产生特定基团以任意方式接到苯上的结构的方法》http://sobereva.com/440

2.原贴没有正确标注使用的脚本来源，已在原来的帖子上进行补充

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