公社群聊Q&A整理：2016.05.12 20 ~ 2016.05.21 02 Concate - 计算化学公社

2016.05.12 19:51:27
Q:
--------Markdown Markdown--------
A:
--------Markdown Markdown--------
@我是谁
别对大核赝势的原子做波函数分析
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2016.05.16 16:55:16
Q:
[图片]请问，这是我优化结构的优化曲线，按理说应该可以收敛优化成功了，可还是没结束，我应该怎么处理呢
A:
Gery 量子化学计算中帮助几何优化收敛的常用方法
http://sobereva.com/164
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2016.05.16 17:02:30
Q:
[图片]还有这里的选项，ground state 是基态的意思吗？那其他的是代表什么？不是很清楚。[图片]当选择基态以后会出现这些方法。我会对这些方法间的精度大小次序很混乱。您之前给了我两张PPT，但是，这里有一些新的像BD，CASSCF完全不知道什么意思。老师能否帮我看看。我每次在计算的时候，都十分机械，因为我只了解DFT。所以，想弄明白这些。@Sobereva
[图片]还有这里的选项，ground state 是基态的意思吗？那其他的是代表什么？不是很清楚。[图片]当选择基态以后会出现这些方法。我会对这些方法间的精度大小次序很混乱。您之前给了我两张PPT，但是，这里有一些新的像BD，CA
SSCF完全不知道什么意思。老师能否帮我看看。我每次在计算的时候，都十分机械，因为我只了解DFT。所以，想弄明白这些。@Sobereva
[图片][图片]这个计算一提交就报错，不知道哪里设置错误了。请大家帮我看看。好着急呀。
A:
其它都是算激发态的方法。
那些东西想弄明白搜google，看书，或者参加科音的量化培训，对理论讲得很全面透彻。
BD类似于CCSD，精度没什么提升，耗时也没什么降低，没什么用处。
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2016.05.16 18:29:46
Q:
请问一下，在vmd的中如何设置计算作出rmsf vs. residues的图？折腾了好久，还是没折腾出来，求指点～～感激不尽啊~~
我找一下类似的图哈
[图片]是用这个插件吗？
在插件的设置上就不明白，算出来的rmsf是一个一个的然后在整理，还是直接就能算出来的？
A:
这个只能给出RMSD
动力学程序很多都带有算RMSF的功能，比如gmx里g_rmsf
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2016.05.19 15:57:22
Q:
老师，做AIMD可以用哪些软件组合呢？
老师，做AIMD可以用哪些软件组合呢？
A:
高斯、ORCA、nwchem、dmol3、CP2K、CPMD、VASP等等
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2016.05.19 19:08:10
Q:
谢谢你，请问辅助高斯算Marcus理论的电子转移速率常数其他程序都有哪些，除了Q-CHEM,ADF
我表达的可能不准确，Q-CHEM,ADF可以直接算电子转移速率常数；我想问的是一些小程序。因为Q-CHEM,ADF是收费的。
A:
用j-from-g03 http://code.google.com/p/j-from-g03/
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2016.05.19 21:47:59
Q:
请问在用GV看HOMO和LUMO轨道的时候，等值面的大小是需要根据根据什么选取呢
这个不是很懂，比如我只是想用这个来作为说明亲核亲电的位置的一个论证，是不是等值面的值大一些小一些都可以呢，也就是只要能看出来轨道在哪些地方比较密集就行吗？
A:
调整到合适的值，可以区分出不同反应位点的数值差异即可。或者通过计算轨道成份来定量表征
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2016.05.19 22:14:56
Q:
老师用Multiwfn做局域态密度 ,我看说明书，里面里面没有介绍功能10和11，我现在做到这步了：[图片]下面我改怎么输入
A:
看最新版本手册，4.10节有相应LDOS例子
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2016.05.19 22:45:50
Q:
请问老师：高斯09里面算不同温度对反应的影响，应该算ΔG，ΔH，ΔG≠还是速率常数k
因为我发现ΔG≠随温度升高而增加，接下来要用k=Aexp(-ΔG≠/RT)来计算速率常数吗
A:
算k
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2016.05.19 23:22:45
Q:
请教老师同一个用multiwfn生成的cube文件怎么在gv中显示有negative的区域（左图蓝色）以及positive区域（灰色吧不太确定怎么叫），但是VMD中只显示positive区域，isovalue的值是一样的[图片]
A:
你再建立一个representation，isovalue设成负值
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2016.05.19 23:30:40
Q:
请问老师壳层（S P D F G）与原子的s ,p d轨道怎么对应的啊
在multiwfn手册266页看到，type:x的基函数可以代表px轨道，所以想知道比如dx轨道 type是哪个
A:
Multiwfn里显示的是基函数，不是指原子轨道
没有dx轨道这种东西
[图片]
看你用什么基组
基组部分讲过，几zeta就是几个基函数描述一个价层原子轨道，亦即几个基函数壳层描述一个价层原子轨道壳层
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2016.05.19 23:47:44
Q:
请问一下 IRC计算是不是只能从能量最高点做能不能从反应前的物质直接forward做到反应结束啊
A:
[图片]
Life is not easy
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2016.05.20 00:09:36
Q:
# b3lyp/6-31g(d) nosymm geom=connectivity iop(6/33=2,6/42=6) pop=mk
算MK电荷。
然后用 antechamber -i CWY.log -fi gout -fo ac -o CWY.ac -c resp -at amber 计算resp电荷，结果居然是：
No atom read in, the gaussian output file may not complete, exit
此前，我用同样的方法成功计算resp电荷N次……。
A:
查查高斯输出文件有无异常
Q:
是正常结束的
找到表面原因了
不成功的输出文件里，最后是 [图片]
成功的输出文件里，最后是 [图片]
A:
原子数太多了
Q:
找到解决办法了
[图片]表示拟合没收敛
A:
不是没收敛，而是静电势拟合点数上限是9999个，高斯输出格式只留了4位，所以>9999就显示不出来了。
你要想让之正常显示，就自行修改输出文件，挨个写上10000、10001...这样，或许antechamber能认
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2016.05.20 00:09:42
Q:
老师您好，我在用解析导数（CPHF）和数值导数（有限场方法）计算超极化率时，其他结构的结果比较合理，但是有一个结构这两种结果相差很大，应该怎么解释这种现象呢？@Sobereva
A:
甭管后者，能用解析导数何必用数值导数
如果确定后者操作上无误，尝试用不同的差分步长
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2016.05.20 00:49:03
Q:
Sobereva 老师请教一个问题要模拟一个大体系想使用GPU加速看了amber的官网，最大模拟原子数目受 GPU显存限制，这个可以通过单节点增加多张显卡采用pmemd.cuda.MPI 计算解决吗？
官网上有这一句话 the atom count limitations imposed on systems by the GPU memory is roughly constant whether you run in serial or in parallel. 是不是意味着不论几张显卡最大支持原子数目都是一样的呢？
A:
没试过，可以问问开发者。gmx对显存的要求感觉比amber低很多。
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2016.05.20 00:49:32
Q:
Sob冒昧的问一句，你的fortran到如此水平花了多少年
A:
时间并非很久。
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2016.05.20 00:52:43
Q:
老师用Multiwfn看轨道信息，屏幕上只显示了后面的轨道信息，我如何才能看到前面的轨道信息
A:
看手册5.5节
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2016.05.20 01:02:52
Q:
老师我在用Multiwfen分析CDA，用到的是您给出的例子COBH3在学习，您在思想家公社里写过（这里我们对复合物轨道9进行分解。输入0返回上一级菜单，选选项6，然后输入9，然后输入0.005，这样对复合物轨道9的d,b,r项任意之一贡献大于0.005的片段轨道对儿就会被输出出来），但是我在软件里没有看到选项6[图片]
A:
用最新版本
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2016.05.20 01:20:40
Q:
[图片] 对于这个rigid structures想不明白，是要constraint每一个键长，键角和二面角吗，而且分子内的势能可以不考虑吗？还是有什么软件有功能实现rigid？
A:
就是用的刚性水模型。默认情况下，诸如gromacs程序，跑动力学时候是用settle算法把水当成刚性的，模拟过程中键角键长都不变。
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2016.05.20 01:20:49
Q:
老师：您好！在绘制DOS图中，我[图片]看到您这里设置，是根据价层电子的能量来设置的，请问我们怎样才知道价层电子的能量范围呢？谢谢！@Sobereva[表情]
A:
不同体系价电子能量范围也不一样。你把所有轨道能量都列出来，会看到价层和内层之间能量差了老远，很容易就判断哪些轨道是价层，以及价层轨道能量从什么值开始。
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2016.05.20 01:40:09
Q:
gv启动失败，求解决方法。g09d01和gview5.0.9均来自sob老师的网盘分享，不会是安装文件的问题。
[图片]
A:
程序本身绝无问题
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2016.05.20 02:28:34
Q:
群要解散了么？
A:
明日解散
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2016.05.20 02:46:55
Q:
[图片]请问下，这个l508错误是什么原因
A:
QC方式做SCF不收敛
Q:
老师，意思就是不能用QC，得换其他的SCF收敛方法，是吗
A:
y
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2016.05.20 03:01:17
Q:
请问TDDFT计算荧光发射峰误差大概是在什么范围？我用wb97xd/6-311G+（d，p）用特定态方法计算垂直激发能和实验值相差小于0.03eV，但垂直发射能仍相差大于0.3eV
A:
一般在<0.3eV，前提是泛函选合适了
小于0.03eV这样的精度纯属巧合
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2016.05.20 03:22:04
Q:
求教一下sob老师我想用直角坐标做限制对称性的刚性扫描我看讲义上的例子都是内坐标的有没有直角坐标固定的例子？我自己做了一下输出文件提示No variables in Z-matrix. 输入命令我只写了scan 这个必须用内坐标吗
A:
只可能用内坐标，笛卡尔坐标只能扫x,y,z变量，除非特殊情况否则达不到你的目的
Q:
在直角坐标下面固定键长设置步数也不行吗类似这样的B 7 6 1.450000 S 1 0.100000
A:
输入文件里你可以用笛卡尔坐标，但你这么设，必然是对应柔性扫描
Q:
柔性扫描也行
A:
你要固定键长，用opt=modredundant，坐标后面空一行写7 6 F将6-7键冻住
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2016.05.20 03:42:51
Q:
大家谁给推荐下紫外光谱归属的文章啊？
您写过有关紫外光谱归属的帖子吗？
分析轨道成分？如何分析啊？
有这方面的帖子吗？
A:
看：
图解电子激发的分类
http://sobereva.com/284
跃迁密度分析方法-自然跃迁轨道(NTO)简介
http://sobereva.com/91
Multiwfn手册4.18节的例子
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2016.05.20 03:57:28
Q:
谢谢老师，我的体系属于电荷转移激发，和极性溶剂有较强相互作用，所以选用了wb97xd泛函，使用了极性不同的溶剂计算。总的来说算激发能差别不大，线性响应方法高估约0.2eV，态特定和实验几乎一致；但发射能均低估，且溶剂极性越强低估的越多，线性响应低估倒是都在0.3eV以下，但态特定低估的更多。
所以，如果说发射能随溶剂极性变化而变化是由于体系与溶剂相互作用的缘故，为何激发能的变化要小得多？
A:
没准S0结构下和S1结构下，S0和S1态的极性差异是不同的。诸如S0结构下这两个态极性相差小，但S1结构下相差大，所以溶剂极性对后者影响大
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2016.05.20 04:08:10
Q:
谢谢老师解答！还有一个问题，讲义中计算溶剂下的自由能，有个4步的最佳流程，请问这个有相关文献吗？
A:
浓度变化导致自由能的变化跟溶剂毫无关系
没有专门的文献
但你有兴趣可以看看SMD原文、J. Phys. Chem. A 2010, 114, 13442–13444
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2016.05.20 04:08:22
Q:
请教下 MP2/aug-cc-pVTZ level of theory 中的“level of theory” 翻译为“理论级别”可以吗？
A:
最好称为级别，见此文第9点
量子化学中的一些常见不良写法和用词
http://sobereva.com/298
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2016.05.20 04:26:15
Q:
老师,我有点不明白PPT上自旋密度与自旋布居的区别是什么,?
A:
自旋密度是函数，一般通过作图考察，或者指定一个点来计算自旋密度。
自旋布居是每个原子（或每个原子轨道，每个基函数）一个值。
诸如计算某个原子自旋布居，可以在原子空间里对自旋密度进行积分得到。
量子化学中的一些常见不良写法和用词
http://sobereva.com/298
看此文第6点
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2016.05.20 04:35:46
Q:
给位老师，scihub现在的域名是啥？
A:
群共享里的群规总会写sci-hub能用的后缀，因为求sci-hub能下的文献扣分要有法可依
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2016.05.20 04:46:27
Q:
求教sob老师如果想精确溶剂环境下的计算热力学数据吉布斯自由能=气象下自由能+溶解自由能+相变能这样求的时候是没考虑频率校正因子的如果想考虑频率校正因子需要用G=H-TS 先计算H 和S 再得到G 可是求H 和S 是怎么考虑溶剂化效应的只能用隐性溶剂模型来优化计算吗是不是不能用smd计算溶解自由能这样的方法了？
A:
你计算气相下自由能时候考虑频率校正因子就完了
溶剂化能和气相下自由能计算是独立的
Q:
sob老师如果想计算溶剂环境下的H 和 S 的数值是不是就只能用隐性溶剂模型优化了？
要计算液态下的某个物质的焓和熵和溶剂模型没关系吗
你说近似使用是指用smd模型算液态的单点能-气象下单点能得到的溶解自由能加到气象下的焓和熵的数值上的这种近似吗
如果熵差不多可不可以用溶液下的自由能和气相的熵然后用G=H-TS求溶液下的焓？
用隐性溶剂模型是不是不能做freq计算啊
A:
隐式溶剂模型的参数基本都是为了准确重现常温下自由能，所以用隐式溶剂模型就注定根本没法精确去计算溶剂下的焓和熵
而且也没法体现不同温度下的溶解自由能的差异
现有的隐式溶剂模型没那么大的能耐
Q:
啊那如果想较精确的计算溶剂下的焓和熵有啥办法吗只能如卖萌君说的用气象下的熵和溶剂下的自由能近似代替熵和焓吗
A:
至少靠隐式溶剂模型没有办法
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2016.05.20 04:52:53
Q:
我在跑bomd的时候，出现1118错误，备份chk和log文件后，如果要restart，是将原先输入文件的#行，如下
#p M062X/6-31g bomd=(rtemp=3500,maxpoint=3000,update=10,ntraj=20) scf=(maxcyc=1000,xqc)
改成，即只在bomd添加restart选项就可以了吗
#p M062X/6-31g bomd=(restart,rtemp=3500,maxpoint=3000,update=10,ntraj=20) scf=(maxcyc=1000,xqc)
我的restart是对的吗
A:
back up .chk file, just try
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2016.05.20 05:13:21
Q:
--------Markdown Markdown--------
A:
--------Markdown Markdown--------
可以做
这有例子：J. Phys. Chem. B 2011, 115, 14556–14562
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2016.05.20 05:26:53
Q:
例如 B3LYP/6-31G(d) 和 M062X/6-31g 我觉得前者顺眼得多
因为有个分子内的请转移过程，所以用了M062X
3-21g(d)是不是比 6-31G好……
A:
氢转移用B3LYP完全没问题。B3LYP比M062X省时不少
3-21g(d)不如6-31G*，因为前者对于第二周期是没有极化的
3-21g(d)不如6-31G，因为前者对于第二周期是没有极化的
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2016.05.20 05:29:09
Q:
下一届波函数分析的培训班大概在什么时候？
li老师，槽点是什么
A:
不好说，可能明年上半年吧
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2016.05.20 05:35:25
Q:
明天这个群就要解散了？
A:
y
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2016.05.20 05:41:21
Q:
咱们讲义中用溶剂化模型的例子都是用smd做单点的是不是如果想在溶剂模型下优化就直接在scrf=smd基础上加 opt就行了
A:
是
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2016.05.20 05:48:28
Q:
请问一下，Sob老师写的寻找MECP点的那个网站是什么
A:
使用MECP程序结合Gaussian程序搜索极小能量交叉点
http://sobereva.com/286
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2016.05.20 05:51:31
Q:
请教一下，开壳层的小分子用什么方法算激发态能量比较好
EOM-CC方法怎样
A:
也可以
Q:
我看到的很多例子都是闭壳层的，不知开壳层的情况会怎样
A:
EOM-CC专门有用于开壳层的形式，Q-Chem在开壳层计算这方面搞得比较充分，有各种变体
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2016.05.20 05:52:32
Q:
老师，您的英文论文“亲核反应位点预测方法比较”中提到静电势的方法，请问[图片]是怎么计算的？如果是multiiwfn输出命令是什么？抱歉，自己看了手册和您的博文但没有找到。还有请问使用[图片]也就是每个原子周围的静电势时，应该采用下图中的哪一组数值呢？多谢[图片]@Sobereva
A:
获取感兴趣的原子的原子核上方1.6埃处的坐标，输入进主功能3里面就会直接输出静电势
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2016.05.20 06:01:42
Q:
Q-Chem里搞开壳层EOM-CC那个女的，是不是当选国际量子分子科学院院士了？
A:
是的，http://www.iaqms.org/members/krylov.php
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2016.05.20 06:03:13
Q:
刚才一个印度哥们问我 multiwfn 中把settings.ini 中的nthread 改成12以后。
用Multiwfn xxx.fchk 打开一个文件，最开始还是显示（ The number of threads: 4)
我想知道里是不是仅仅是显示上没有更新？，而实际计算的时候回使用12核
A:
必须保存文件，然后重启Multiwfn。
而且必须确保Multiwfn已经找到了settings.ini，否则会用默认参数。（详见手册2.1.2节的配置方式）
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2016.05.20 06:10:31
Q:
[图片]
咦，发现了彩蛋
A:
才发现啊
Q:
[表情]这段文字只第一次认真看过一次[图片]
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2016.05.20 06:21:47
Q:
--------Markdown Markdown--------
A:
--------Markdown Markdown--------
公告：明天晚上十点解散本群
别忘了一定要从头到尾仔细复习讲义至少两遍
并且建议放在案头遇到问题随时查阅
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2016.05.20 06:31:42
A:
--------Markdown Markdown--------
大抵你只给了单点能，你就在表中同时给出反应物、产物和TS的吉布斯自由能就完了
Q:
老师，吉布斯是要用最后一个能量吗，还是要做纠正呢[图片]
那这个纠正因子怎么找呢
A:
懒人：直接取最后那个
完美主义者：用合适的校正因子经过多步得到G
Q:
即使懒得用校正因子，把高精度单点和溶剂化分出去似乎还是简单而有好处的
A:
对于懒人，要给他讲明白怎么计算溶剂下自由能，得磨破嘴皮
Q:
是。这是一般人的做法
[图片]确实是
费了劲了
A:
对小体系，直接用热力学组合方法最省事
Q:
多么痛的嘴皮多么痛的领悟
A:
所以培训中讲溶剂下pka、氧化还原势等计算的时候，一律用热力学组合方法，否则...
Q:
正在写一个调用Gaussian自动处理这一套组合、校正的脚本。。。跟组里的人讲半天，发现毛都没听进去
A:
我不信拿出高中做一道中等难度数学题的脑力会搞不懂怎么算
可无数人就是怎么说也不懂
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2016.05.20 06:46:42
Q:
老师，你写的单路攒机的帖子里的机器对于orca可以计算到什么级别，相比于高斯呢
A:
普通4核机子，60个原子用orca 双杂化/def2QZVP算单点so easy
Q:
这里头提供的时间就和单路的那个配置差不多吧：
大体系弱相互作用计算的解决之道
http://sobereva.com/214
A:
然
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2016.05.20 06:49:38
Q:
[表情]以后好好学习，老师，有兴趣写一个orca入门贴吗
A:
orca手册前一小半就是教程
最最基本的使用在那个帖子里也写了
Q:
感觉好乱，没高斯那么直入主题
感觉好乱，没高斯那么直入主题
我觉得ORCA的手册写的比Gaussian不知道高到哪里去了
A:
+1
高斯手册里没几个例子
那个scrf溶剂模型下算激发态的例子还把一批初学者坑死
Q:
以后考虑把orca也纳入培训班吗
还是单独办一个
A:
高级班会用到一些orca的独有的功能，但不可能单独开orca班
高斯能干得漂亮的事没必要换orca
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2016.05.20 16:51:33
Q:
sob老师，做Nd(NO3)3的几何优化，502报错。我同时加大积分网格还有使用qc，结果二次收敛失败，log文件附上，请问该如何处理呢？
A:
博文里明显没有推荐上来就用QC，加大积分格点精度也只是推荐有限对明尼苏达系列泛函考虑。
尝试博文里其它做法
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2016.05.20 16:54:51
Q:
Insufficient memory for a single shell combination in PrsMar called from Prism/PrismC:
LenV= 10992525 MaxCom= 0
Error termination via Lnk1e in C:\G09W\l703.exe at Fri May 20 11:44:06 2016.
请问这个报错是内存不足的原因吗？
A:
是
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2016.05.20 17:14:08
Q:
sob老师[图片]这里的ZPE还需要乘上纠正因子吗
但是他计算G的时候使用的ZPE，是纠正过得吗，纠正过得不是指A吗
单点能纠正是不是等于单点能+Zero-point correction= 0.424341 (Hartree/Particle乘上纠正因子
我的意思是Sum of electronic and zero-point Energies= -853.907512，这个能量是单点能吗
这个我看过了
zero-point Energies是不是这个呀Zero-point correction
sob 老师说用M052X/6-31G* scrf=(smd,solvent=dichloromethane)的单点能减去M052X/6-31G*的单点能，得到溶解自由能，加到热力学组合方法算的气相自由能上，得到溶剂下的自由能。我想着对这个能量校正
A:
当然和ZPE有关系啊。文中最后一句写明了，计算G要有ZPE，第一句就说了ZPE是在ZPE校正因子下算出来的ZPE，就是此时输出文件里的A。
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2016.05.20 17:45:54
Q:
sob,我看SOC算符单电子部分是轨道角动量点乘自旋角动量。那对于原子，原子轨道有角度部分和径向部分。轨道角动量可以作用到角度部分。那分子体系也有SOC效应，但分子不再有球对称性，MO好像也没有角度部分，轨道角动量怎么作用到MO上呢
A:
可以用投影算符投影出不同角动量来
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2016.05.20 18:02:23
Q:
[图片] 老师为什么他的纵坐标不是lnK 而是跟KISTHIP软件中一样用的是LOG
老师那个阿伦尼乌斯公式中是以自然常数e计算的
。哦，对用log 也行不过差一个Loge
一个系数的关系
A:
想用ln想用log都是随便的，作者自定
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2016.05.20 18:10:48
Q:
请教：临界点指的是电子密度梯度为0的点，这里电子密度梯度怎么理解？
A:
函数的梯度就是函数对坐标的导数
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2016.05.20 18:20:47
Q:
各位老师好Analytical evaluation of IR stretching frequencies for imaginary frequencies would be nice to
know that the DFT geometries are at an energy minima.
这个要怎么处理啊
A:
算个freq就完了
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2016.05.20 19:33:32
Q:
[图片]老师：DOS图中这种小竖线是怎么设置的呢？
[图片]老师：您好：这个部分没有绿色说明什么呢？谢谢！
A:
默认就有小竖线
红框区域没有OPDOS说明这些能量区域的轨道内frag1和frag2没有明显相互作用
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2016.05.20 21:22:46
Q:
老师，请问在计算反应能垒时，用m062x/6-311g**搜索过渡态与优化复合物，也用m062x/6-311g**做频率分析得到ZPE，用m062x/6-311+g**计算过渡态单点能，用m062x-d3/6-311+g**加BSSE计算复合物的单点能，最后用电子能量+ZPE获得的能垒精度能达到小数点后几位呢（kcal/mol）？
上述条件中有两个能垒差值为0.67kcal/mol，这样的结果是否可信？
就是很担心。。所以想请教下老师[表情]
A:
差异这么小，还是用双杂化泛函-D3结合ma-TZVP算单点来比较势垒更靠谱
当前级别没法很确信能把这么小势垒差异准确反应出来。
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2016.05.20 21:39:32
Q:
求教sob老师，我用G4方法计算的结果，如果想得到其他温度设定下的热力学数据，或者不同频率校正因子下的热力学校正量，用讲义上写的快捷做法 freqchk工具提示 Error termination in NtrErr:
NtrErr Called from FileIO. 是不是热力学组合方法就不能用这个方式来做了？必须得每个温度下重新计算一下G4的热力学量吗？
A:
是的
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2016.05.20 23:13:12
Q:
[图片]老师，这样的pi-氢键，他的相互作用应该被归属到色散做用还是静电作用？
A:
静电为主
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2016.05.20 23:30:41
Q:
GradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGrad
Berny optimization.
Using GEDIIS/GDIIS optimizer.
Bend failed for angle 1 - 11 - 3
Tors failed for dihedral 9 - 1 - 11 - 3
Tors failed for dihedral 10 - 1 - 11 - 3
Tors failed for dihedral 12 - 1 - 11 - 3
Tors failed for dihedral 14 - 3 - 11 - 1
Tors failed for dihedral 17 - 3 - 11 - 1
FormBX had a problem.
Error termination via Lnk1e in /home/lab/gaussian//g09/l103.exe at Sat May 21 09:56:21 2016.
Job cpu time: 5 days 13 hours 38 minutes 17.0 seconds.
File lengths (MBytes): RWF= 498 Int= 0 D2E= 0 Chk= 37 Scr= 1
这个报错是指什么？
是建模的问题吗？
这是我的输入文件、、
%nprocshare=8
%mem=14GB
# opt b3lyp/sdd geom=connectivity SCF=conver=5
Nanocluster
0 2
O 1.35270000 1.35280000 1.35280000
O 4.05820000 4.05830000 1.35280000
O 4.05820000 1.35280000 4.05830000
O 1.35270000 4.05830000 4.05830000
O 1.35270000 1.35280000 4.05830000
O 4.05820000 4.05830000 4.05830000
O 1.35270000 4.05830000 1.35280000
O 4.05820000 1.35280000 1.35280000
Ce 0.00000000 0.00000000 0.00000000
Ce 0.00000000 2.70550000 2.70550000
Ce
2.70550000 0.00000000 2.70550000
Ce 2.70550000 2.70550000 0.00000000
H 3.50391643 4.61254260 1.90704260
H 3.98713534 1.06501428 4.97138773
H 1.99402249 3.51153524 4.51803227
H 4.65835388 4.80757653 4.05830000
H 4.56457339 3.24271065 4.05830000
1 12 1.0 11 1.0 10 1.0 9 1.0
2 12 1.0 13 1.0
3 11 1.0 14 1.0
4 10 1.0 15 1.0
5 10 1.0 11 1.0
6 16 1.0 17 1.0
7 12 1.0 10 1.0
8 12 1.0 11 1.0
9
10
11
12
13
14
15
16
17
%nprocshare=8
%mem=14GB
# opt b3lyp/sdd geom=connectivity SCF=conver=5
Nanocluster
0 2
O 1.35270000 1.35280000 1.35280000
O 4.05820000 4.05830000 1.35280000
O 4.05820000 1.35280000 4.05830000
O 1.35270000 4.05830000 4.05830000
O 1.35270000 1.35280000 4.05830000
O 4.05820000 4.05830000 4.05830000
O 1.35270000 4.05830000 1.35280000
O 4.05820000 1.35280000 1.35280000
Ce 0.00000000 0.00000000 0.00000000
Ce 0.00000000 2.70550000 2.70550000
Ce 2.70550000 0.00000000 2.70550000
Ce 2.70550000 2.70550000 0.00000000
H 3.50391643 4.61254260 1.90704260
H 3.98713534 1.06501428 4.97138773
H 1.99402249 3.51153524 4.51803227
H 4.65835388 4.80757653 4.05830000
H 4.56457339 3.24271065 4.05830000
1 12 1.0 11 1.0 10 1.0 9 1.0
2 12 1.0 13 1.0
3 11 1.0 14 1.0
4 10 1.0 15 1.0
5 10 1.0 11 1.0
6 16 1.0 17 1.0
7 12 1.0 10 1.0
8 12 1.0 11 1.0
9
10
11
12
13
14
15
16
17
A:
对Ce用SDD就完了，其它原子甭用SDD，否则太low
优化时候不要自行降低scf收敛限
稀土就用SDD就完了，泛函可以考虑B3LYP、M06、BP86
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2016.05.20 23:45:59
Q:
嗯，好的……谢谢老师……可是怎样才能把那个小竖线可以明显的显示出来了……我的看的不是很清楚……
[图片]
A:
怎么不清楚？
你也可以导出数据放origin里画
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2016.05.20 23:48:34
Q:
谢谢sob老师，还想请问一下ma-TZVP是什么基组呀？在课件上一下子没找到...[表情]
A:
[图片]
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2016.05.20 23:54:41
Q:
Sob老师可以收集你发群里的PPT截图嘛～
Sob老师可以收集你发群里的PPT截图嘛[emoji]～
A:
自便
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2016.05.21 00:05:36
Q:
比如，一个新化合物，想对它进行某种改造，这个时候，你不用量化去算一算，哪个部位是活性位点，行吗？
A:
也有一些经验方法可以预测位点，不是一定得经过量化
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2016.05.21 00:08:34
Q:
老师，请教一下，预算两万，用于vasp计算的计算机，怎么配置比较好呢？非常感谢
A:
看你什么渠道买，自攒跟买联想曙光浪潮dell的情况价格差老远
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2016.05.21 00:23:16
Q:
[图片]老师：您好！请问您这里的1.5bohr设置的原因是什么呢？为什么要设置高于C1 1.5Bohr呢？
这个的设置标准是什么呢？谢谢~[表情]
A:
随便选的，只是举例
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2016.05.21 00:28:44
Q:
请问irc单位是什么？
A:
sqrt(amu)*bohr
如群共享群规所示，字号不要超过12
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2016.05.21 00:31:51
Q:
b2plyp/jun-cc-pVTZ计算单点能，L906报错“Internal consistency failure #1 in GetIJB"，请问是什么原因？
A:
高斯bug
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2016.05.21 00:34:31
Q:
请问，对于三聚体系A...B...C，三片段A...B...C相互作用能和二片段A-C...B的相互作用能相比有会是什么情况谢谢
A:
显然不同，不仅差了A-C间相互作用能，还相差三体耦合项
Q:
我觉得他讨论的是双体相互作用势，三体相互作用势这个吧
E(ABC)=E(A)+E(B)+E(C)+V(AB)+V(AC)+V(BC)+V(ABC)
按照多体展开，这样越多的作用势应该更小啊？
A:
即便忽略三体作用，如果他指的前者是A-C、A-B、C-B相互作用能总和，而后者只是A-B、C-B相互作用和，显然是前者相互作用和要大。A-C之间起码不会是互斥的。
显然不同，不仅差了A-C间相互作用能，还相差三体耦合项
Q:
谢谢，如果可比较的话，哪个更大些
A:
当然是前者，一个三聚体拆成三个，和只拆成两个，显然前者耗能多
----------------------------------------------------
2016.05.21 00:34:46
Q:
请问老师，跑IRC，stepsize默认是10？
A:
看讲义IRC部分第10页
常见问题一定能在讲义里找到答案
说错了，是第5页
Q:
嗯
看到了
老师
谢谢
为什么讲义里，有的stepsize可以是15或者25，步长加大了，也有利于跑IRC？
A:
步长越大，同样的点数（耗时）下可以得到越长的IRC，可以更充分地连接反应物和产物
个别情况下诸如跑两三个点就停了，如讲义说的，加大步长往往可以表面上解决问题
Q:
我们遇到的问题，一般都是减小步长，更好
A:
想要曲线跑得更平滑显然步长调小点好
Q:
想要充分的链接产物，反应物，可以增加点数，是吧？
A:
IRC长度=步数*步长
想要跑长的IRC充分连接反应物和产物，增加步数会增加耗时，增加步长可能导致曲线不光滑或中途报错
Q:
老师，上次我跟您讨论过的，我的过渡态，跑IRC都是正常的，但产物的方向继续优化还是出现了结构不合理的情况
A:
减小步长上限
Q:
是这个吗？maxstep?
A:
y
要和notrust联用
----------------------------------------------------
2016.05.21 00:40:21
Q:
多核配合物的CDA一般如何选取片段？例如金属和配体各有三个……咋办…
A:
看自己想怎么研究了，研究哪个片段和哪个片段的作用
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2016.05.21 00:43:57
Q:
请问用高斯计算出来的红外光谱可以用于预测么
可以应用于预测未知物的红外谱鉴定吗
A:
可
Q:
加入关键词freq,所得结果还需要进一步拟合吗？还是直接导出数据即可
A:
一般要考虑频率校正因子
Q:
频率校正因子有参考值吗
A:
谈谈谐振频率校正因子
http://sobereva.com/221
----------------------------------------------------
2016.05.21 00:54:04
Q:
Sob 老师算水团簇用不用加bsse校正，我看有的文献加有的没加
A:
看你用什么基组，要求的精度
Q:
MP2/aug-cc-pvtz//MP2/aug-cc-pvdz
A:
此时可以不考虑BSSE问题
Q:
如果加，在ZPVE校正的基础上加bsse后的基态结构变了，正确吗？（能量最低的两个结构在ZPVE校正后能量很接近，能差小于1kcal/mol)
A:
BSSE仅在计算单点时候考虑，一定要无视BSSE对几何优化和频率的影响
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2016.05.21 00:54:04
Q:
[图片]老师：您好！你您这里说根据6-31G*的基组设定，您选63,67作为基函数的片段，代表px，那么请问如果我的基组是def2tzvp,该选择[图片][图片][图片][图片]谢谢！
[图片]老师：您好！你您这里说根据6-31G*的基组设定，您选63,67作为基函数的片段，代表px，那么请问如果我的基组是def2tzvp,该选择[图片]
[图片][图片][图片]谢谢！
A:
你就取编号最大的三个X型基函数就完了
Q:
[图片]老师：那前面的这个b代表什么呢？所有的基组都是输入b吗？还是？
A:
b代表basis function
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2016.05.21 00:54:06
Q:
[图片]有没有大神做过这个函数的
用高斯程序
求指点
A:
看Multiwfn手册4.7.3节
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2016.05.21 01:02:21
Q:
照片什么时候po出来啊
网站上看到吗？
A:
最近忙得很，所以很多事情会延误
回复三个群+论坛+邮件，还一堆杂事
之后肯定会登在官网上
Q:
是呢，群主太忙了，这么忙有时间写书吗[表情]
A:
得写
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2016.05.21 01:11:04
Q:
multiwfn显示红外光谱时，逐项选择输入时，为什么有时自动无端关闭？
比如输入11-1.输到1，界面无端关闭
A:
输出文件有问题
Q:
fchk
A:
fchk当然不行啊
讲课时候都用.out文件
fchk里没有振动频率和振子强度这些必要的信息
Q:
调入log，就可以了
老师，用wfn软件，对红外进行频率校正，就进入第14项，键入不同基组的矫正因子，就是校正过的谱图，是吧？
A:
是
PS: Multiwfn!=wfn
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