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标题: 关于对分子模拟后的轨迹开展氢键分析的问题 [打印本页]

作者
Author: Yura 时间: 2022-11-23 11:21
标题: 关于对分子模拟后的轨迹开展氢键分析的问题
求问:

如果有个体系,大概有3000多个水分子想分析溶质和这些水分子之间的氢键网络, 处理使用gmx hbond的方式统计氢键数目等信息之外,
对于氢键的能量, 体系的焓变熵变等方面可以用那种方式分析? 特别是如果想分析这个大体系的氢键能量(假设只存在氢键关系) 模拟的时候该怎么建模?

作者
Author: sobereva 时间: 2022-11-24 02:30
氢键不算单独的力场项，而且也没有通过几何标准准确计算氢键作用能的方法，原理上没法光靠结构信息准确得到氢键的能量
计算性质和建模是两个层面的问题

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