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标题: 求助对COF膜的水通量分析流程和方法 [打印本页]

作者
Author: zyp1999 时间: 2022-11-23 13:20
标题: 求助对COF膜的水通量分析流程和方法
本帖最后由 zyp1999 于 2022-11-23 13:20 编辑

想请教一下大家，就是我想要做一个三维COF膜的水通量分析的模拟，准备将膜放置在真空盒子中间，在上层的真空区加水让水穿过膜上的孔，那我是按照em-nvt-npt-md的流程进行吗?还有就是怎么根据结果分析膜的水通量呢？

作者
Author: sobereva 时间: 2022-11-24 02:33
显然不能控压，否则真空层就没了（除非把垂直于界面方向的可压缩系数设为0）
直接做em和NVT就完了

“em-nvt-npt-md”是个有极度误导性的描述（还特别常见，令我很反感）。nvt/npt和md根本就不是并列的关系，NVT和NPT都是MD用的系综。对于平衡体系平衡性质的模拟，有能量极小化、预平衡（平衡相）和产生相之分。对于像你当前这样本来就是非平衡过程的模拟，根本不区分平衡相和产生相。

通量问题，自己写个VMD脚本分析就完了

作者
Author: zyp1999 时间: 2022-11-24 10:39
谢谢sob老师，但我目前还没有写过vmd脚本来分析模拟结果，那如果写分析水通量的脚本的话，有哪些点需要注意？或者有没有一些具体的例子可以参考学习一下？

作者
Author: zyp1999 时间: 2022-11-28 11:33

sobereva 发表于 2022-11-24 02:33
显然不能控压，否则真空层就没了（除非把垂直于界面方向的可压缩系数设为0）
直接做em和NVT就完了

老师我还有个问题就是，这个实验在测试COF膜的水通量的时候分别在不同的测试压力（0.2MPa、0.3MPa、0.4MPa）下测试了水通量，这样如果做NVT的话怎么和实验结果相佐证啊？

作者
Author: sobereva 时间: 2022-11-28 23:41

zyp1999 发表于 2022-11-24 10:39
谢谢sob老师，但我目前还没有写过vmd脚本来分析模拟结果，那如果写分析水通量的脚本的话，有哪些点需要注意 ...

北京科音分子动力学与GROMACS程序培训班（http://www.keinsci.com/workshop/KGMX_content.html）里有非常全面充分的讲解以及好几十个各类脚本的例子，举一反三就什么都能分析

作者
Author: sobereva 时间: 2022-11-28 23:42

zyp1999 发表于 2022-11-28 11:33
老师我还有个问题就是，这个实验在测试COF膜的水通量的时候分别在不同的测试压力（0.2MPa、0.3MPa、0.4MP ...

可以尝试水层上侧加一块石墨烯板往下加不同大小的外力进行模拟

作者
Author: zyp1999 时间: 2022-11-29 10:25

sobereva 发表于 2022-11-28 23:42
可以尝试水层上侧加一块石墨烯板往下加不同大小的外力进行模拟

好的老师，我试一下

作者
Author: cgy 时间: 2024-6-28 10:01

zyp1999 发表于 2022-11-24 10:39
谢谢sob老师，但我目前还没有写过vmd脚本来分析模拟结果，那如果写分析水通量的脚本的话，有哪些点需要注意 ...

您好，请问一下您用VMD写成脚本了吗，有偿

作者
Author: zyp1999 时间: 2024-7-8 09:48

cgy 发表于 2024-6-28 10:01
您好，请问一下您用VMD写成脚本了吗，有偿

我是参考这个脚本改的，稍微理解一下你应该就懂了 http://bbs.keinsci.com/forum.php ... A%D0%C4%BE%E0%C0%EB

作者
Author: cgy 时间: 2024-7-8 09:51

zyp1999 发表于 2024-7-8 09:48
我是参考这个脚本改的，稍微理解一下你应该就懂了 http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid ...

好的，谢谢您，我学习一下

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