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标题: 怎样构建氧化石墨烯和二氧化硅的分子构型 [打印本页]

作者
Author: HERO 时间: 2016-5-29 10:24
标题: 怎样构建氧化石墨烯和二氧化硅的分子构型
本帖最后由 HERO 于 2016-5-29 21:26 编辑

各位大侠，在看到文献中氧化石墨烯和二氧化硅的构型，如图，怎样才能在绘图软件Gv或DSviewpro中等软件中构建出合理的构型？即单双键怎样选择才能与文中相一致，最好是用xyz坐标显示出来。

作者
Author: sobereva 时间: 2016-5-29 19:31
图呢？
传图方式看指定的新人必读
二氧化硅能找到现成的cif文件，用不着自己画
DSviewpro主要是看生物体系的，并不适合此目的
没有GW这程序，只有gview，简写为GV
单双键设置没有意义，量化计算结果只看原子坐标，而完全无视你在可视化程序里设的单双键

作者
Author: HERO 时间: 2016-5-29 20:18
本帖最后由 HERO 于 2016-5-29 21:30 编辑

sobereva 发表于 2016-5-29 19:31
图呢？
传图方式看指定的新人必读
二氧化硅能找到现成的cif文件，用不着自己画

谢谢sob 我找人帮查了二氧化硅的cif文件，还是没看明白。一个Si原子上面应该是连接4个氧原子，成锥形结构，硅原子在核心，但是在cif文件中一个Si连了三个氧，怎样看图，理解？具体是怎样画图图一中（C和D）二氧化硅的比较合理的构型。另外，图一A和B中，氧化石墨烯不应该是C-O-C的外桥键吗？文献中给出的直接加入的苯环中了，外接的C-O键是不是应该是C=O键？谢谢

作者
Author: sobereva 时间: 2016-5-30 01:02
SiO2有多种晶型，你找的这个是Stishovite晶型，在很高压下才有，拿这个建模没意义

常见的诸如石英晶型是这样
(, 下载次数 Times of downloads: 56)

作者
Author: zyj19831206 时间: 2016-5-30 07:14
你这是Maps 界面吧？

作者
Author: HERO 时间: 2016-5-30 09:25

sobereva 发表于 2016-5-30 01:02
SiO2有多种晶型，你找的这个是Stishovite晶型，在很高压下才有，拿这个建模没意义

常见的诸如石英晶型是 ...

谢谢sob 对晶体这块咋没接触过红色的是氧，黄色的是硅吗？按照石英晶型怎样参照图一中的C和D取出一个片段出来进行理论计算？如下图可以不，谢谢：

作者
Author: sobereva 时间: 2016-5-30 09:26

HERO 发表于 2016-5-30 09:25
谢谢sob 对晶体这块咋没接触过红色的是氧，黄色的是硅吗？按照石英晶型怎样参照图一中的C和D取出一个片 ...

是。
但要弄清楚文献具体怎么搞的，是否下面还有SiO2只不过截图中截掉了。光是取这么点SiO2就计算边界效应太明显。

作者
Author: HERO 时间: 2016-5-30 09:36

sobereva 发表于 2016-5-30 09:26
是。
但要弄清楚文献具体怎么搞的，是否下面还有SiO2只不过截图中截掉了。光是取这么点SiO2就计算边界效 ...

好的哈我再看下文献内容，主要是看不懂，看怎样更能说明问题。谢sob。

作者
Author: HERO 时间: 2016-5-30 09:38

zyj19831206 发表于 2016-5-30 07:14
你这是Maps 界面吧？

我的图二是找别人查的，ADK做的。

作者
Author: xxzj 时间: 2021-10-25 19:43

sobereva 发表于 2016-5-30 09:26
是。
但要弄清楚文献具体怎么搞的，是否下面还有SiO2只不过截图中截掉了。光是取这么点SiO2就计算边界效 ...

老师，实验文章给出了下面这样的一个分子结构式，我现在想对其进行优化，但是不知道该结构如何绘制，在gaussview中进行建模时，Ag离子应该如何放置，谢谢老师 (, 下载次数 Times of downloads: 38)

作者
Author: wzkchem5 时间: 2021-10-25 19:58

xxzj 发表于 2021-10-25 12:43
老师，实验文章给出了下面这样的一个分子结构式，我现在想对其进行优化，但是不知道该结构如何绘制，在ga ...

建议找一本金属有机教材，看一下pi配合物有关章节

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