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标题: 怎么模拟有机分子在水相中和在晶体状态下的最优堆积模式？ [打印本页]

作者
Author: wanyingpeng 时间: 2022-11-24 22:55
标题: 怎么模拟有机分子在水相中和在晶体状态下的最优堆积模式？
有个有机分子长不出单晶，但是需要讨论其聚集态下的的堆积模式，想做以下两个模拟：
1. 模拟其单晶的堆积模式（二聚体即可）。
2. 模拟其在水中形成聚集体的堆积状态。
求Sob老师指导。多谢多谢。

作者
Author: sobereva 时间: 2022-11-25 00:27
预测晶体结构需要专门的程序，诸如USPEX等。直接用动力学程序跑的话，需要非常缓慢的退火来试图模拟结晶
水中的模拟就用GROMACS跑就行了。跑出轨迹后可以做簇分析，对容量较大的簇查看里面代表性结构的堆积构型

作者
Author: wanyingpeng 时间: 2022-11-25 13:49
收到，谢谢sob老师

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