计算化学公社

标题: 计算第四周期过渡金属团簇，用哪些基组比较合适？ [打印本页]

作者
Author: cxwudi 时间: 2022-11-25 11:39
标题: 计算第四周期过渡金属团簇，用哪些基组比较合适？
计算条件一般看了社长的博文，带赝势基组可能比较好，但是对赝势基组不是很了解

想在耗时和精度直接取个恰当的平衡，哪些基组值得考虑

作者
Author: cxwudi 时间: 2022-11-25 11:40
算OPT和能量

作者
Author: chands 时间: 2022-11-25 13:45

cxwudi 发表于 2022-11-25 11:40
算OPT和能量

如果你考虑耗时，还是上赝势基组吧。
http://sobereva.com/373

作者
Author: cxwudi 时间: 2022-11-25 14:40

chands 发表于 2022-11-25 13:45
如果你考虑耗时，还是上赝势基组吧。
http://sobereva.com/373

ok 谢谢

作者
Author: sobereva 时间: 2022-11-25 20:42
没细节没法说，看下文Q11了解怎么问
在网上求助计算化学问题的时候必须把问题描述得详细、具体、准确、清楚
http://sobereva.com/620（http://bbs.keinsci.com/thread-25787-1-1.html）

作者
Author: cxwudi 时间: 2022-11-26 16:45

sobereva 发表于 2022-11-25 20:42
没细节没法说，看下文Q11了解怎么问
在网上求助计算化学问题的时候必须把问题描述得详细、具体、准确、清 ...

谢谢社长提醒
想要计算130个左右的Zn原子团簇和小分子聚合物之间的吸附能，打算用ORCA程序计算，最多能调用的物理核是20个。希望在算的动的情况下精度尽可能的高。看过您一些博文，对于第四周期有赝势的基组有很多可选的，但之前基本都是全电子基组算，没使用过赝势基组。

作者
Author: 七尺贱 时间: 2022-11-26 18:33

cxwudi 发表于 2022-11-26 16:45
谢谢社长提醒
想要计算130个左右的Zn原子团簇和小分子聚合物之间的吸附能，打算用ORCA程序计算，最多能 ...

内存也说一说把

作者
Author: cxwudi 时间: 2022-11-26 19:13

七尺贱发表于 2022-11-26 18:33
内存也说一说把

内存可以调用120G

作者
Author: 七尺贱 时间: 2022-11-26 21:17

cxwudi 发表于 2022-11-26 19:13
内存可以调用120G

个人愚见def2-QZVPP算单点能，算的动

作者
Author: cxwudi 时间: 2022-11-26 21:33

七尺贱发表于 2022-11-26 21:17
个人愚见def2-QZVPP算单点能，算的动

我也想着单点的时候用全电子，就是整体算OPT的时候，想着看能不能省一点

作者
Author: sobereva 时间: 2022-11-27 01:03

cxwudi 发表于 2022-11-26 16:45
谢谢社长提醒
想要计算130个左右的Zn原子团簇和小分子聚合物之间的吸附能，打算用ORCA程序计算，最多能 ...

说具体化学组成
Zn的数目很多和很少的情况答案截然不同

作者
Author: cxwudi 时间: 2022-11-27 20:48

sobereva 发表于 2022-11-27 01:03
说具体化学组成
Zn的数目很多和很少的情况答案截然不同

264个Zn原子。小分子聚合物12个C，1个N，1个S，1个Na，1个O，16个H。高斯VIEW作图模型在附件里。

作者
Author: wzkchem5 时间: 2022-11-27 21:25

cxwudi 发表于 2022-11-27 13:48
264个Zn原子。小分子聚合物12个C，1个N，1个S，1个Na，1个O，16个H。高斯VIEW作图模型在附件里。

首先，你这个Zn团簇是实验上就那么大，还是说实验上是宏观尺寸的Zn，抠出一个团簇来近似整个Zn表面？如果是后者的话，建议用embedded cluster方法，参见https://pubs.acs.org/doi/10.1021/acs.inorgchem.9b00994，这样QM区很可能可以取得比现在这样小一些，精度还更高。此外还可以考虑用ONIOM，高级别用DFT，低级别用GFN2-xTB。
其次，建议反复确认是不是想研究表面上完全没有被氧化的Zn。现实中的Zn表面有（相比原子尺寸而言）很厚的氧化层，所以实验测的Zn表面的吸附很可能相当于是吸附在了ZnO或Zn(OH)2上。只有用plasma、惰性气氛下球磨等手段，得到的才是干净的Zn表面，计算用干净的Zn表面才有意义。
再其次，这个分子会不会和Zn表面发生化学反应，也是值得考虑的。
这几个问题确认没问题以后，才可以考虑基组的问题。可以参照http://sobereva.com/373，结合自己是否能算得动来选择。可以先用LANL2DZ预优化看看，如果已经快到可用计算资源的上限了，那就接着用LANL2DZ优化，但是单点得用至少LANL2TZ(f)、def2-TZVP才放心；如果LANL2DZ结构优化尚有余力，那就尝试LANL2TZ。

作者
Author: cxwudi 时间: 2022-11-27 21:50

wzkchem5 发表于 2022-11-27 21:25
首先，你这个Zn团簇是实验上就那么大，还是说实验上是宏观尺寸的Zn，抠出一个团簇来近似整个Zn表面？如果 ...

谢谢老师指导。实验时Zn表面是打磨过的，保证尽量无氧化的情况下。模型是参见团簇模型抠的。还有个小问题就是用混合基组，对非Zn原子用全电子基组是不是会更好一点？

作者
Author: wzkchem5 时间: 2022-11-27 22:47

cxwudi 发表于 2022-11-27 14:50
谢谢老师指导。实验时Zn表面是打磨过的，保证尽量无氧化的情况下。模型是参见团簇模型抠的。还有个小问题 ...

对，但是有一定概率算不动。所以不妨赝势基组和全电子基组都试一下，全电子基组能算得动就用全电子基组，反之用赝势基组

作者
Author: cxwudi 时间: 2022-11-28 08:19

wzkchem5 发表于 2022-11-27 22:47
对，但是有一定概率算不动。所以不妨赝势基组和全电子基组都试一下，全电子基组能算得动就用全电子基组， ...

好的。谢谢老师。

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