计算化学公社

标题: chemshell的咨询 [打印本页]

作者
Author: 小范范1989 时间: 2016-5-29 10:52
标题: chemshell的咨询
通过sob老师的培训班知道，这个chemshell是“通用接口程序”

1：这个接口程序什么意思？我看文献，他们是QMMM模拟。说高斯等做QM DL-POLY做MM。
我想咨询的是，QM用高斯做我明白，就是优化，td，以及freq等等呗，针对是单个分子，
这个MM也明白点，应该是通过这个DL-POLY软件做MM优化或者其他(不确定哈，毕竟没用过).
然后这个chemshell对接什么意思？
用chemshell来计算吗？还是怎么处理？

2：自己从网上下载了一个chemshell想练练手chemshell-package-3.5.0.tar.gz
不知道如何安装以及有没有相应的输入文件的介绍或者其他？

谢谢指点

作者
Author: sobereva 时间: 2016-5-29 18:39
如果MM和QM程序之间其中一方本身就给对方留了接口，那么MM程序跑MD或优化的时候可以直接调用QM程序来对QM区域进行计算，或者QM程序在优化的时候可以调用MM程序来用分子力场方式计算MM区域。
但很多时候QM和MM程序之间没有留相应的接口，没法结合在一起用，此时要结合使用就可以用chemshell、pupil之类接口程序，起到一个能相互调用彼此的中介作用。

安装和使用方式看手册吧，应该没有第三方教程之类

作者
Author: 小范范1989 时间: 2016-5-29 21:00

sobereva 发表于 2016-5-29 18:39
如果MM和QM程序之间其中一方本身就给对方留了接口，那么MM程序跑MD或优化的时候可以直接调用QM程序来对QM区 ...

好的，谢谢sob老师指点。

作者
Author: greatzdk 时间: 2016-5-30 09:04

小范范1989 发表于 2016-5-29 21:00
好的，谢谢sob老师指点。

可否分享一下程序

作者
Author: 小范范1989 时间: 2016-5-30 09:08

greatzdk 发表于 2016-5-30 09:04
可否分享一下程序

可以啊，就是从网上下载的，不一定能行哈，我也没试试。哎呀，通过附件说太大。要不我传到百度云给你，你下载试试
http://pan.baidu.com/s/1jHGbqAi

作者
Author: 小范范1989 时间: 2016-6-1 17:13

sobereva 发表于 2016-5-29 18:39
如果MM和QM程序之间其中一方本身就给对方留了接口，那么MM程序跑MD或优化的时候可以直接调用QM程序来对QM区 ...

咨询一下老师，
我想用chemshell来对接高斯和DL-POLY程序，这个能实现吧？如果买了chemshell是不是他们能负责对接？
这个软件对接是什么意思？需要把高斯的计算完的文件和DL_poly计算完的文件放到一起，用chemshell再计算？还是怎样？
谢谢sob老师指点

作者
Author: bluewhale 时间: 2016-6-1 17:45
它是用tcl语言将两类东西串在一起，要用它先找一本tk/tcl的书。
ChemShell is a computational Chemistry environment, based on the Tcl
interpreter. While it supports standard quantum chemical or force field
calculations, its main strength lies in hybrid QM/MM calculations. The concept
is to leave the time-consuming energy evaluation to external specialised codes,
while ChemShell takes over the communication and data handling.

作者
Author: 小范范1989 时间: 2016-6-1 17:51

bluewhale 发表于 2016-6-1 17:45
它是用tcl语言将两类东西串在一起，要用它先找一本tk/tcl的书。
ChemShell is a computational Chemistry ...

偶，谢谢你。这段话我看到过，但是也不理解。
你说的这个：是用tcl语言将两类东西串在一起，要用它先找一本tk/tcl的书。
类似于一个环境变量吗？chemshell是一个环境变量还是？比较菜鸟，所以问题比较low，望见谅。谢谢

作者
Author: sobereva 时间: 2016-6-1 21:19

小范范1989 发表于 2016-6-1 17:51
偶，谢谢你。这段话我看到过，但是也不理解。
你说的这个：是用tcl语言将两类东西串在一起，要用它先找 ...

不是环境变量，而是一个框架，在这个框架内可以让QM和MM程序连接起来使用
你可以先照着chemshell的手册尝试运行，实在不行再买个并寻求官方技术支持。

作者
Author: 小范范1989 时间: 2016-6-17 11:11

sobereva 发表于 2016-6-1 21:19
不是环境变量，而是一个框架，在这个框架内可以让QM和MM程序连接起来使用
你可以先照着chemshell的手册 ...

sob老师好，我看讲义，说这个接口软件还有Pipil，我看文章有用Pupil做的，我想咨询一下老师，有没有这个软件？谢谢老师。

作者
Author: sobereva 时间: 2016-6-17 12:28

小范范1989 发表于 2016-6-17 11:11
sob老师好，我看讲义，说这个接口软件还有Pipil，我看文章有用Pupil做的，我想咨询一下老师，有没有这个 ...

http://pupil.sourceforge.net/
得翻墙

作者
Author: 小范范1989 时间: 2016-6-17 15:03

sobereva 发表于 2016-6-17 12:28
http://pupil.sourceforge.net/
得翻墙

谢谢sob老师。

作者
Author: 853474282 时间: 2019-1-16 15:40
chemshell相当于一个平台。
QM/MM的计算是对QM区域和MM区域同时进行计算的，DL-POLY和高斯之间可能没有给对方留接口，意思就是你想用高斯算QM，想用DL-POLY算MM是行不通的，也就是说DL-POLY和高斯不能同时使用，不能同时对QM/MM进行计算。这个时候，chemshell的出现，解决了这个问题。chemshell作为一个平台，对高斯有接口（可以调用高斯），对DL-POLY也有接口，在计算QM/MM的时候，chemshell会同时调用高斯来对QM进行计算，以及调用DL-POLY对MM进行计算。大概这个意思吧，个人理解。

作者
Author: plus 时间: 2019-1-17 16:30
chemshell安装目录下有例子可以参考，官方手册也有部分例子
ps：目前软件是收费的，发表文章请注意

作者
Author: sizj 时间: 2019-1-25 05:55
大家好，想在contos下试试pupil，但是没编译成功，能分享一下相关经验吗？

作者
Author: 找雷 时间: 2020-5-17 10:18

小范范1989 发表于 2016-5-30 09:08
可以啊，就是从网上下载的，不一定能行哈，我也没试试。哎呀，通过附件说太大。要不我传到百度云给你，你 ...

链接失效了，能在分享一次吗，谢谢

作者
Author: 找雷 时间: 2020-8-18 17:54

小范范1989 发表于 2016-5-30 09:08
可以啊，就是从网上下载的，不一定能行哈，我也没试试。哎呀，通过附件说太大。要不我传到百度云给你，你 ...

百度云链接失效了，能否再分享一下？

作者
Author: qxx 时间: 2021-3-2 14:21

小范范1989 发表于 2016-5-30 09:08
可以啊，就是从网上下载的，不一定能行哈，我也没试试。哎呀，通过附件说太大。要不我传到百度云给你，你 ...

老师，能再分享一下这个程序吗？网上找了一圈没找到

作者
Author: wangyh2000 时间: 2021-7-20 09:01

小范范1989 发表于 2016-5-30 09:08
可以啊，就是从网上下载的，不一定能行哈，我也没试试。哎呀，通过附件说太大。要不我传到百度云给你，你 ...

您好，百度网盘下载不了了，能否再发一下，万分感谢！！2271782733@qq.com

作者
Author: Chris——szk 时间: 2021-8-5 15:14
老师您好，能否在分享一下chemshell这样子的一个软件包呢，万分感谢，谢谢您，szkchris@sina.com

作者
Author: 小范范1989 时间: 2021-8-6 09:52
本帖最后由小范范1989 于 2021-8-6 09:55 编辑

各位老师好，我看好多私信要这个软件的。之前的网盘没了，不知道为啥，我又从之前废弃那个电脑找的。各位多测试。
链接：https://pan.baidu.com/s/1NUORzkZBDWEMcWbGWpVcfQ
提取码：4ene

作者
Author: Hamilton1758 时间: 2024-2-29 22:02
最近我在网上看到一篇文献也是用了chemshell，创造了ice water的框架，然后分析OH+H2的反应在表面的速率，doi：https://doi.org/10.1021/acsearthspacechem.7b00052，可能会提供一些帮助

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)