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标题: 求助orca利用TDDFT计算光谱时出现35072错误 [打印本页]

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Author: yaochuang 时间: 2016-5-29 11:19
标题: 求助orca利用TDDFT计算光谱时出现35072错误
本帖最后由 yaochuang 于 2016-5-30 10:15 编辑

各位老师，请教大家一个问题：

最近在利用ORCA计算一个分子（126个原子）的吸收光谱时，总是出现以下错误：（对结果的分析，发现可能是由于硬盘空间不够，所产生的文件已经超过100GB了，这一点很疑惑，ORCA计算光谱需要这么大的空间吗，这是否正常呢？有没有什么办法可以减少一些硬盘的消耗呢？感觉以前用Gaussian算没有这么多硬盘的消耗啊，不知道是不是哪儿出错了，还请各位老师指点一二，谢谢！）
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输入部分：
(, 下载次数 Times of downloads: 44)

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Author: sobereva 时间: 2016-5-29 18:36
基组给得太大，高斯计算的时候肯定不会给上百个原子用这么大基组的
大分子光谱计算目的def2-SVP足矣，提升到3-zeta只有很少的定量改进而已，

作者
Author: 熊琳 时间: 2018-11-6 11:03

sobereva 发表于 2016-5-29 18:36
基组给得太大，高斯计算的时候肯定不会给上百个原子用这么大基组的
大分子光谱计算目的def2-SVP足矣，提升 ...

请问sob老师，如果不用sTDA计算UV-Uis，直接用TDDFT，对于我的体系Au279S84H84，用什么级别合适呢？

作者
Author: sobereva 时间: 2018-11-7 00:24

熊琳发表于 2018-11-6 11:03
请问sob老师，如果不用sTDA计算UV-Uis，直接用TDDFT，对于我的体系Au279S84H84，用什么级别合适呢？

什么程序都算不动

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Author: huangyoyo 时间: 2019-3-19 11:06
本帖最后由 huangyoyo 于 2019-3-19 17:17 编辑

sobereva 发表于 2016-5-29 18:36
基组给得太大，高斯计算的时候肯定不会给上百个原子用这么大基组的
大分子光谱计算目的def2-SVP足矣，提升 ...

您好，我在用ORCA计算TDDFT的时候出现如下错误：ORCA finished by error termination in CIS Calling Command: /BIGDATA1/caep_swcc_gfji_1/orca_4_1_1_linux_x86-64_openmpi313/orca_cis Ne_tddft.cisinp.tmp
[file orca_tools/qcmsg.cpp, line 458]:
  .... aborting the run
输入文件为：
!b3lyp/g D3 gcp(DFT/TZ) ma-def2-TZVP RIJK def2/JK Grid5 FinalGrid6 miniprint
%maxcore 1000
%tddft
nroots 250
maxdim 2500
tda false
end
%output
print[p_MOS] 1
end
*xyz 0 1
把gcp(DFT/TZ) RIJK def2/JK删了就能开始算了。然后就一直卡在                      ****Iteration 0****

Memory handling for direct AO based RPA:
Memory per vector needed    ...    8 MB
Memory needed                ... 63115 MB
Memory available             ...  1000 MB
Number of vectors per batch ... 118
Number of batches          ... 64
Time for densities:    4.491
Time for XC-Integration: 17.601
Using LibInt in JK Direct
两个多小时了（我用24个核）。
然后换了RICOSX就能算了。

作者
Author: sobereva 时间: 2019-3-19 17:15

huangyoyo 发表于 2019-3-19 11:06
您好，我在用ORCA计算TDDFT的时候出现如下错误：ORCA finished by error termination in CIS Calling Com ...

凡是碰到类似于卡住的问题，先把基组改小、计算级别降低，弄清楚是算不动还是其它问题

作者
Author: huangyoyo 时间: 2019-3-19 17:18

sobereva 发表于 2019-3-19 17:15
凡是碰到类似于卡住的问题，先把基组改小、计算级别降低，弄清楚是算不动还是其它问题

换成RICOSX就能算了

作者
Author: sobereva 时间: 2019-3-19 18:29
一般情况都不建议用RIJK，限制多，体系稍微大点效率就显著低于RIJCOSX

作者
Author: huangyoyo 时间: 2019-3-20 09:09

sobereva 发表于 2019-3-19 18:29
一般情况都不建议用RIJK，限制多，体系稍微大点效率就显著低于RIJCOSX

恩，谢谢！
另外我想用NPT系综做分子动力学再将结果在ORCA中计算吸收谱。
首先我的结果算频率分析得到的基态hess文件是有虚频的（因为T和p都较高），其次，ORCA中计算吸收谱需要激发态的hess文件，而您之前提过我的结果是不能进行激发态几何优化的（因为激发态几何优化是在真空下进行的，温度和压力的影响不能反映出来），综合这两个因素，我想问NPT之后的结果能在ORCA中计算吸收谱么？若不能，可否推荐一个可行的方法？

作者
Author: sobereva 时间: 2019-3-20 11:28

huangyoyo 发表于 2019-3-20 09:09
恩，谢谢！
另外我想用NPT系综做分子动力学再将结果在ORCA中计算吸收谱。
首先我的结果算频率分析得到 ...

“ORCA中计算吸收谱需要激发态的hess文件”这是错误认识。只有计算振动分辨的电子光谱才需要激发态的hess
只对某个结构计算吸收谱而且不考虑振动耦合的话，直接做TDDFT，然后用Multiwfn绘图就完了，见

使用ORCA在TDDFT下计算旋轨耦合矩阵元和绘制旋轨耦合校正的UV-Vis光谱
http://sobereva.com/462（http://bbs.keinsci.com/thread-12114-1-1.html）
使用Multiwfn绘制红外、拉曼、UV-Vis、ECD、VCD和ROA光谱图
http://sobereva.com/224

可以对动力学过程的所有帧（或有间隔地提取）计算光谱，然后求平均。这在Multiwfn里相当于绘制构象权重平均光谱，只不过权重都相同。

作者
Author: huangyoyo 时间: 2019-3-20 14:31

sobereva 发表于 2019-3-20 11:28
“ORCA中计算吸收谱需要激发态的hess文件”这是错误认识。只有计算振动分辨的电子光谱才需要激发态的hess ...

我是看他手册里那个ESD模块的输入文件中要求的。

作者
Author: sobereva 时间: 2019-3-20 14:46

huangyoyo 发表于 2019-3-20 14:31
我是看他手册里那个ESD模块的输入文件中要求的。

你没有正确理解这个例子的意图

作者
Author: huangyoyo 时间: 2019-3-20 15:12
本帖最后由 huangyoyo 于 2019-3-20 15:14 编辑

sobereva 发表于 2019-3-20 14:46
你没有正确理解这个例子的意图

这是那一节的所有信息，hess 文件用于计算吸收速率？如果问我仅仅需要吸收谱，只需要用tddft就可以了。

作者
Author: sobereva 时间: 2019-3-20 16:51

huangyoyo 发表于 2019-3-20 15:12
这是那一节的所有信息，hess 文件用于计算吸收速率？如果问我仅仅需要吸收谱，只需要用tddft就可以了。

前面说了，不考虑振动耦合就根本不需要hess

作者
Author: huangyoyo 时间: 2019-3-21 09:37
本帖最后由 huangyoyo 于 2019-3-21 10:01 编辑

sobereva 发表于 2019-3-20 16:51
前面说了，不考虑振动耦合就根本不需要hess

再比如这个输入文件，仅仅考虑S0和S1的振动耦合？为什么要优化所有的激发态？

作者
Author: 让你变成回忆 时间: 2019-3-21 10:01

huangyoyo 发表于 2019-3-21 09:37
再比如这个输入文件，为什么考虑振动耦合仅仅需要S0和S1的hess文件？为什么考虑振动耦合的话需要优化激发 ...

我最近正好也在看ORCA的ESD模块，下面是我的看法：
在社长写的“振动分辨的电子光谱的计算”（http://sobereva.com/223）提到了FC近似、HT近似，考虑了HT效应，就是考虑Vibronic coupling，是需要电子的波函数对核坐标的导数信息，所以这里需要提供一个Hessian。
因为我也是刚开始接触ORCA的ESD模块，以上是个人看法，如有错误，还请sob老师指出。

作者
Author: Novice 时间: 2019-3-21 11:03

huangyoyo 发表于 2019-3-21 09:37
再比如这个输入文件，仅仅考虑S0和S1的振动耦合？为什么要优化所有的激发态？

这个任务我也做了，你这么写估计能算一个月，这是ORCA模拟的振动分辨的精细光谱，Sob老师说的很明白了。

作者
Author: huangyoyo 时间: 2019-3-22 16:25

Novice 发表于 2019-3-21 11:03
这个任务我也做了，你这么写估计能算一个月，这是ORCA模拟的振动分辨的精细光谱，Sob老师说的很明白了。

如果要模拟振动分辨的精细光谱，不是要输入每个激发态的Hess文件么？

作者
Author: sobereva 时间: 2019-3-22 19:22

huangyoyo 发表于 2019-3-22 16:25
如果要模拟振动分辨的精细光谱，不是要输入每个激发态的Hess文件么？

ORCA都不支持TDDFT二阶解析导数，按手册里的方式去算你的体系，猴年马月去

作者
Author: huangyoyo 时间: 2019-3-25 08:17
本帖最后由 huangyoyo 于 2019-3-25 09:19 编辑

sobereva 发表于 2019-3-22 19:22
ORCA都不支持TDDFT二阶解析导数，按手册里的方式去算你的体系，猴年马月去

那么例子中优化所有的激发态的目的是什么？

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