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标题: 关于Berendsen和PR压浴选择问题 [打印本页]
作者
Author: Lemon97z    时间: 2022-11-26 15:39
标题: 关于Berendsen和PR压浴选择问题
本帖最后由 Lemon97z 于 2022-11-26 15:46 编辑

我在用社长编译好的gmx2019.6_gpu计算5ns的npt过程  ,体系为有机电解液 , packmol产生结构盒子，PF6-拓扑来自OPLSAA-2009IL，Li+用的是OPLSAA力场中自带的，溶剂EC/EMC均是Ligpargen产生的，EC和EMC电荷使用Multiwfn产生的1.2*CM5电荷， 能量最小化和npt退火升温过程没问题。
因为之前在贴子中看到社长说变温过程用Berendsen压浴，稳定了可以改为PR压浴，因此在npt退火过程设置Berendsen，tau_p=0.5 ps ，退火过程计算没问题， npt_md的时候改为使用PR压浴，tau_p设为1ps或者2ps时，均停在某一步，且无提示，1ps在130000步停止，2ps时在500000+步停止
当tau_p=1ps 时，计算结果如下
  1. Compiled SIMD: AVX_256, but for this host/run AVX2_256 might be better (see log).
  2. Reading file npt_md.tpr, VERSION 2019.6 (single precision)
  3. Changing nstlist from 20 to 100, rlist from 1.2 to 1.276

  5. Using 1 MPI thread
  6. Using 6 OpenMP threads

  8. 1 GPU selected for this run.
  9. Mapping of GPU IDs to the 2 GPU tasks in the 1 rank on this node:
  10.   PP:0,PME:0
  11. PP tasks will do (non-perturbed) short-ranged interactions on the GPU
  12. PME tasks will do all aspects on the GPU
  13. starting mdrun 'blank_electrolyte'
  14. 5000000 steps,   5000.0 ps.
  15. step  200: timed with pme grid 36 36 36, coulomb cutoff 1.200: 136.8 M-cycles
  16. step  400: timed with pme grid 28 28 28, coulomb cutoff 1.427: 155.5 M-cycles
  17. step  600: timed with pme grid 32 32 32, coulomb cutoff 1.249: 126.9 M-cycles
  18. step  800: timed with pme grid 36 36 36, coulomb cutoff 1.200: 130.8 M-cycles
  19. step 1000: timed with pme grid 32 32 32, coulomb cutoff 1.249: 121.2 M-cycles

  21.               optimal pme grid 36 36 36, coulomb cutoff 1.200
  22. step 130000, will finish Sat Nov 26 11:10:58 2022
  23. C:\Users\87187\Desktop\blank>
复制代码

我猜测是否是因为压浴选择问题，然后尝试了Berendsen，tau_p=0.5 ps 计算就没问题，因此我想请问一下：
（1）这种情况是为什么呢？
（2）我这种有机电解液体系 用Berendsen和PR压浴的 结果差距大吗？或者有更合适的？




作者
Author: sobereva    时间: 2022-11-27 02:19
可以换成linux版或者其它版本再试
用Berendsen压浴不会有什么实际问题，虽然可能被较真的审稿人吐槽
作者
Author: Lemon97z    时间: 2022-11-27 18:38
sobereva 发表于 2022-11-27 02:19
可以换成linux版或者其它版本再试
用Berendsen压浴不会有什么实际问题，虽然可能被较真的审稿人吐槽

好的 谢谢社长 ！
作者
Author: zhangfaxue    时间: 2023-12-14 16:45
请问你这里
step  200: timed with pme grid 36 36 36, coulomb cutoff 1.200: 136.8 M-cycles
step  400: timed with pme grid 28 28 28, coulomb cutoff 1.427: 155.5 M-cycles
step  600: timed with pme grid 32 32 32, coulomb cutoff 1.249: 126.9 M-cycles
step  800: timed with pme grid 36 36 36, coulomb cutoff 1.200: 130.8 M-cycles
step 1000: timed with pme grid 32 32 32, coulom
怎么让他显示出来？我每次运行都是模拟结束后显示最终信息，不会每一步显示
作者
Author: Lemon97z    时间: 2023-12-28 08:42
zhangfaxue 发表于 2023-12-14 16:45
请问你这里
step  200: timed with pme grid 36 36 36, coulomb cutoff 1.200: 136.8 M-cycles
step  400 ...

你gmx mdrun的时候加 -v 了吗
作者
Author: zhangfaxue    时间: 2023-12-29 16:56
Lemon97z 发表于 2023-12-28 08:42
你gmx mdrun的时候加 -v 了吗

多谢解答！我忘记加了



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