计算化学公社

标题: 求助 一分子结合水能量最小化过程中报错 [打印本页]

作者
Author:
FHFH    时间: 2022-11-27 16:23
标题: 求助 一分子结合水能量最小化过程中报错
Fatal error:
The [molecules] section of your topology specifies more than one block of
a [moleculetype] with a [settles] block. Only one such is allowed.
If you are trying to partition your solvent into different *groups*
(e.g. for freezing, T-coupling, etc.), you are using the wrong approach. Index
files specify groups. Otherwise, you may wish to change the least-used
block of molecules with SETTLE constraints into 3 normal constraints.


(, 下载次数 Times of downloads: 18)       

(, 下载次数 Times of downloads: 20)

按照含结合水蛋白-底物复合物,em之后如何用#ifdef POSRES限制结合水
http://bbs.keinsci.com/forum.php ... 0&fromuid=39319
(出处: 计算化学公社)该贴删除掉【settles】板块依旧报同样的错误

(, 下载次数 Times of downloads: 19)




作者
Author:
FHFH    时间: 2022-11-27 16:44
刚刚看了Sob老师的回答,看成配体尝试了一下,已经解决了
作者
Author:
Newbee_Ccc    时间: 2024-1-23 11:02
FHFH 发表于 2022-11-27 16:44
刚刚看了Sob老师的回答,看成配体尝试了一下,已经解决了

您好!请问您具体是怎么解决的呢?在最后MD的过程中这个水分子不会跟其他水分子交换走吗?




欢迎光临 计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/) Powered by Discuz! X3.3