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标题: dcd格式分子动力学文件如何计算结合能 [打印本页]

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Author: 二十一 时间: 2022-11-28 08:43
标题: dcd格式分子动力学文件如何计算结合能

各位老师，用charm-gui软件计算酶分子与底物的经典分子动力学，得到dcd格式的轨迹文件。之后如何通过轨迹文件计算底物和酶分子的结合能呢

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Author: sobereva 时间: 2022-11-28 08:57
拓扑文件和轨迹转成AMBER的，用AmberTools里的MMPBSA脚本

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Author: 二十一 时间: 2022-11-28 11:01

sobereva 发表于 2022-11-28 08:57
拓扑文件和轨迹转成AMBER的，用AmberTools里的MMPBSA脚本

谢谢sob老师的解答！charmm立场如何转成amber的拓扑文件，我在amber官网没有看到相关拓扑立场转变说明。麻烦老师解答！

作者
Author: k64_cc 时间: 2022-11-28 13:59
Charmm-gui本身可以提供gromacs的topology文件，而Amber官网介绍了的Parmed工具恰恰可以做gromacs topology -> Amber topology的转换。

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