计算化学公社

标题: 求助 gromacs可以计算模拟过程中的不同构象吗 [打印本页]

作者
Author: xuan12138 时间: 2022-11-28 10:24
标题: 求助 gromacs可以计算模拟过程中的不同构象吗
gromacs有类似与molclus一样可以找出模拟过程中的给定分子的所有结构，然后isostat去除重复结构的功能和命令吗

作者
Author: sobereva 时间: 2022-11-28 10:38
没有完全相同的功能
但是用gmx cluster做簇分析可以起到一定程度类似的用处，把RMSD相差小于阈值的帧归到相同的簇，每个簇给出一个有代表性的结构

作者
Author: xuan12138 时间: 2022-11-29 09:22

sobereva 发表于 2022-11-28 10:38
没有完全相同的功能
但是用gmx cluster做簇分析可以起到一定程度类似的用处，把RMSD相差小于阈值的帧归到 ...

谢谢老师我去看一下

作者
Author: xuan12138 时间: 2022-12-5 15:42

sobereva 发表于 2022-11-28 10:38
没有完全相同的功能
但是用gmx cluster做簇分析可以起到一定程度类似的用处，把RMSD相差小于阈值的帧归到 ...

老师我是用 gmx cluster 命令最后都显示已杀死请问这是什么原因

作者
Author: sobereva 时间: 2022-12-6 08:05

xuan12138 发表于 2022-12-5 15:42
老师我是用 gmx cluster 命令最后都显示已杀死请问这是什么原因

用法不对，或者输入文件有问题，或者gromacs装的有问题

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)