计算化学公社

标题: 求助：如何构建磷酸二氢钠，磷酸氢二钠缓冲体系？ [打印本页]

作者
Author: boqiang 时间: 2022-11-28 15:18
标题: 求助：如何构建磷酸二氢钠，磷酸氢二钠缓冲体系？
1. 磷酸二氢钠（NaH2PO4），磷酸氢二钠(Na2HPO4) 缓冲盐体系，在水中会发生电离，最终为Na+， H+, PO43-三种离子形式。

问：是否只能构建PO43-离子，然后用gmx genion加入Na+，来表示？H+好像无法单独构建；

尝试构建H2PO4- 和 HPO42-，在能量优化时，能量不收敛，报错原子为H。
构建PO43-，能正常运行。

作者
Author: chands 时间: 2022-11-28 15:54
我不懂GMX。但是你的模型化学上不合理。(PO4)3-碱性特别强，你的NaH2PO4-Na2HPO4体系pH不至于太高，(PO4)3-只在pH很高的情况下才大量存在。

作者
Author: 牧生 时间: 2022-11-28 16:13
本帖最后由牧生于 2022-11-28 16:18 编辑

可以考虑建立H+或者H3O+ ，参数在这里。。如2楼所说，这个参数应该只适用于很稀的溶液 J. Chem. Theory Comput. 2015, 11, 1645−1657

作者
Author: boqiang 时间: 2022-11-29 08:32

chands 发表于 2022-11-28 15:54
我不懂GMX。但是你的模型化学上不合理。(PO4)3-碱性特别强，你的NaH2PO4-Na2HPO4体系pH不至于太高，(PO4)3- ...

感谢，刚查了磷酸钠(Na3PO4)pH在12-13之间，确实很高，不太适合NaH2PO4-Na2HPO4(pH=6-8)体系，还是得考虑引入H+或H3O+

作者
Author: boqiang 时间: 2022-11-29 08:35

牧生发表于 2022-11-28 16:13
可以考虑建立H+或者H3O+ ，参数在这里。。如2楼所说，这个参数应该只适用于很稀的溶液 J. Chem. Theo ...

谢谢，我试了构建H+，sobtop不能单独识别H，生成不了itp，gro，程序自动退出。我尝试手动写这两个文件试试。或者构建H3O+也是一种方法

作者
Author: 牧生 时间: 2022-11-29 08:51

boqiang 发表于 2022-11-29 08:35
谢谢，我试了构建H+，sobtop不能单独识别H，生成不了itp，gro，程序自动退出。我尝试手动写这两个文件试 ...

单原子离子的itp，手动输入数据即可。。参考ions.itp里面的写法，把相关的参数写进ffnonbonded.itp里面。

我见过文献里有使用H3O+，但目前还没见过提到使用H+的

作者
Author: boqiang 时间: 2022-11-30 09:52

牧生发表于 2022-11-29 08:51
单原子离子的itp，手动输入数据即可。。参考ions.itp里面的写法，把相关的参数写进ffnonbonded.itp里面。 ...

谢谢，个人觉得还是H3O+更加正确，已测试通过，能正常跑通。

作者
Author: boqiang 时间: 2022-12-1 13:50
本帖最后由 boqiang 于 2022-12-1 14:07 编辑

牧生发表于 2022-11-29 08:51
单原子离子的itp，手动输入数据即可。。参考ions.itp里面的写法，把相关的参数写进ffnonbonded.itp里面。 ...

C:\Users\liangboqiang\Desktop\share\ABmole\4\PO4-H3O.png
C:\Users\liangboqiang\Desktop\share\ABmole\4\H3O.png
C:\Users\liangboqiang\Desktop\share\ABmole\4\H3Oitp.png
C:\Users\liangboqiang\Desktop\share\ABmole\4\PO4itp.png
牧生，你好。我跑了200ns测试， PO43- 和 H3O+ 结合到一起，但是H3O+的H-O键角有点诡异，请问是参数没设置对导致的吗还是这是正常的？
一个H3O+可以同时结合PO43-上的两个O，我觉得不太对，是否需要手动调整电荷？

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