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标题: 请问输入mol2转top文件时LJ参数错误怎么解决， Error: Unable to find LJ parameter [打印本页]

作者
Author: fengxie 时间: 2022-11-28 19:09
标题: 请问输入mol2转top文件时LJ参数错误怎么解决， Error: Unable to find LJ parameter
本帖最后由 fengxie 于 2022-11-28 19:14 编辑

本人在使用sobtop过程中，有以下提示” Error: Unable to find LJ parameter for atom 3N with type N1 !
Please modify your assignment or LJ_param.dat file“ ，请问该如何解决，该如何修改参数数据文件或者有没有别的替代方法

下图是用openbabel 3.1.1 做到pdb转mol2，在使用sob转mol2到top文件时报错
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作者
Author: sobereva 时间: 2022-11-28 20:34
起码把输入文件上传
别人都不知道你处理的什么体系

作者
Author: fengxie 时间: 2022-11-28 22:58

sobereva 发表于 2022-11-28 20:34
起码把输入文件上传
别人都不知道你处理的什么体系

是氯代烟腈，发现在选择Amber atom types 的时候，出现界面上原子类型，出现了unknown。
可能已解决：回顾文件信息，发现这个N1是GAFF的类型，输入第一次Amber atom之后，选择6，Manually set atom type for selected atoms，手动输入“3”，改成NY，就没有报错了。
可能原因：某些写法Amber读不出来，根据lj_para.dat文件里面的注释，可以自行更改，有些H的写法，可能也可以这么操作。

请问sob老师，我在这样解决的前提下，选择“1” “Without bonded parameters” 这样得到的top文件和我在“Acpype Server”网站中得到的top文件有什么区别嘛，因为我本意就是想找一个代替改网站的本地生成top文件的方法。

作者
Author: sobereva 时间: 2022-11-28 23:44

fengxie 发表于 2022-11-28 22:58
是氯代烟腈，发现在选择Amber atom types 的时候，出现界面上原子类型，出现了unknown。
可能已解决：回 ...

为什么不选2 Assign GAFF atom types first and then UFF, then go to next step？选这个指认GAFF原子类型，所有原子就都能指认出来。对小分子体系没有任何理由用AMBER原子类型。明明http://sobereva.com/soft/Sobtop里的例子对有机小分子用的都是GAFF原子类型

Current atom types and meaning:
1Cl: cl       Chlorine
2N : nb       Sp2 N in pure aromatic systems
3N : n1       Sp N
4C : ca       Sp2 C in pure aromatic systems
5C : ca       Sp2 C in pure aromatic systems
6C : ca       Sp2 C in pure aromatic systems
7C : ca       Sp2 C in pure aromatic systems
8C : ca       Sp2 C in pure aromatic systems
9C : cg       Inner Sp carbons in conjugated systems
10H : ha       H bonded to aromatic carbon
11H : ha       H bonded to aromatic carbon
12H : h4       H bonded to non-sp3 carbon with 1 electrwd. group

作者
Author: Mornight 时间: 2022-12-3 19:17

sobereva 发表于 2022-11-28 23:44
为什么不选2 Assign GAFF atom types first and then UFF, then go to next step？选这个指认GAFF原子类 ...

老师，我来替他回复一下，他做的是蛋白配体复合物，其中配体是氯代烟腈，所以采用Amber力场。但是在指认Amber原子类型的时候腈的那个sp N并没有指认成NY，而是指认成N1 Unknown，但下方仍然显示“All atom types have been successfully assigned.”不知道这是否属于bug？虽然看是能看出来，手动改改就好了

作者
Author: sobereva 时间: 2022-12-4 01:06

Mornight 发表于 2022-12-3 19:17
老师，我来替他回复一下，他做的是蛋白配体复合物，其中配体是氯代烟腈，所以采用Amber力场。但是在指认A ...

显然不是bug，不要随便怀疑
AMBER本来就没法像GAFF支持那么丰富的化学环境。搞清楚AMBER和GAFF的关系和GAFF发展的初衷，sobtop主页FAQ2都写明了

作者
Author: sobereva 时间: 2022-12-4 01:09

Mornight 发表于 2022-12-3 19:17
老师，我来替他回复一下，他做的是蛋白配体复合物，其中配体是氯代烟腈，所以采用Amber力场。但是在指认A ...

显然不是bug，不要随便怀疑
AMBER本来就没法像GAFF支持那么丰富的化学环境。搞清楚AMBER和GAFF的关系和GAFF发展的初衷，sobtop主页FAQ2都写明了

作者
Author: Mornight 时间: 2022-12-4 12:18

sobereva 发表于 2022-12-4 01:06
显然不是bug，不要随便怀疑
AMBER本来就没法像GAFF支持那么丰富的化学环境。搞清楚AMBER和GAFF的关系和G ...

明白了，谢谢老师回复

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