计算化学公社

标题: 黏土矿物模型中的羟基氢如何确定？ [打印本页]

作者
Author: sigusigu 时间: 2022-11-28 21:40
标题: 黏土矿物模型中的羟基氢如何确定？
请问各位老师同学，如何将黏土矿物中的羟基补上氢（图中标记位置），是在网上下载的cif文件，但是发现只有羟基氧没有羟基氢，网上也很少有人说这个问题，我怀疑是xrd数据不产生氢的位置信息。试了自动补氢键没有反应，用sketch atom键会直接出两个对称的氢元素，删一个另一个也会一起丢失，但是只需要一个，感谢！

作者
Author: exity 时间: 2022-11-29 07:53
H位置一般都被相邻重原子约束，自己靠经验方法补上，然后做QC优化。

作者
Author: sigusigu 时间: 2022-11-29 13:57

exity 发表于 2022-11-29 07:53
H位置一般都被相邻重原子约束，自己靠经验方法补上，然后做QC优化。

QC优化是指？我用MS的forcite进行结构优化可以吗

作者
Author: sigusigu 时间: 2022-11-30 16:44
我后续通过羟基氧坐标和ClayFF力场参数中的bond_coeff参数（键长1埃米），给定了一个羟基氢的坐标（这个坐标和实际坐标肯定是有一定的偏差），随后通过fortice工作进行了结构优化。目前就是这么解决了这个问题，不知道是不是最优解，有更懂的老师同学的话，可以提出自己的做法。

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)