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标题: 请教关于CP2K找不到势文件的解决方法 [打印本页]
作者
Author: 白皛白    时间: 2022-11-28 22:49
标题: 请教关于CP2K找不到势文件的解决方法
老师们好
前几天刚刚接触CP2K，想要尝试用CP2K计算一个含有Ce Cu O三种原子的体系，使用Multiwfn生成inp文件后发现出现了以下的报错信息
The requested basis set <DZVP-MOLOPT-SR-GTH-Q12> for element <CE> was not found in the basis set files <BASIS_MOLOPT>
看了看data里的各个文件发现只有 BASIS_MOLOPT_LnPP1的文件里包含镧系的信息，于是我将其中铈的信息拷贝到了BASIS_MOLOPT中。再修改inp发现CP2K可以正常运行了。想要请教下各位老师们，这种解决方法是否可行呢？会不会在后续的计算中带来问题呢？
请您不吝赐教，谢谢。


作者
Author: 乐平    时间: 2022-11-28 23:01
本帖最后由 乐平 于 2022-11-28 23:23 编辑

emmmmm……
如果你在 data/ 目录下 grep Ce *，应该能看到含有 Ce 的基组不止 BASIS_MOLOPT_LnPP1，还有以下内容
  1. [huan@master data]$ grep Ce *
  2. BASIS_ccGRB_UZH:# Cesium
  3. BASIS_MOLOPT_LnPP1:Ce DZV-MOLOPT-SR-GTH
  4. BASIS_MOLOPT_UCL:Ce SZV-MOLOPT-SR-GTH SZV-MOLOPT-SR-GTH-q12
  5. BASIS_MOLOPT_UCL:Ce DZVP-MOLOPT-SR-GTH DZVP-MOLOPT-SR-GTH-q12
  6. BASIS_MOLOPT_UCL:Ce TZVP-MOLOPT-SR-GTH TZVP-MOLOPT-SR-GTH-q12
  7. BASIS_MOLOPT_UCL:Ce TZV2P-MOLOPT-SR-GTH TZV2P-MOLOPT-SR-GTH-q12
  8. BASIS_MOLOPT_UCL:Ce SZV-MOLOPT-SR-GTH-q30
  9. BASIS_MOLOPT_UCL:Ce DZV-MOLOPT-SR-GTH-q30
  10. BASIS_MOLOPT_UCL:Ce DZVP-MOLOPT-SR-GTH-q30
  11. BASIS_MOLOPT_UCL:Ce TZVP-MOLOPT-SR-GTH-q30
  12. BASIS_MOLOPT_UCL:Ce TZV2P-MOLOPT-SR-GTH-q30
  13. BASIS_MOLOPT_UZH:# Cesium
  14. BASIS_MOLOPT_UZH:# Cesium
  15. grep: DFTB: Is a directory
  16. ECP_POTENTIALS:Ce nelec 28
  17. ECP_POTENTIALS:Ce ul
  18. ECP_POTENTIALS:Ce S
  19. ECP_POTENTIALS:Ce P
  20. ECP_POTENTIALS:Ce D
  21. ECP_POTENTIALS:Ce F
  22. ECP_POTENTIALS:Ce G
  23. ECP_POTENTIALS:# Ce - Lu: R.B. Ross, W.C. Ermler, S. Das, To be published
  24. ECP_POTENTIALS:Ce nelec 54
  25. ECP_POTENTIALS:Ce ul
  26. ECP_POTENTIALS:Ce S
  27. ECP_POTENTIALS:Ce P
  28. ECP_POTENTIALS:Ce D
  29. GTH_POTENTIALS:Ce GTH-BLYP-q12 GTH-BLYP
  30. GTH_POTENTIALS:Ce GTH-PADE-q12 GTH-LDA-q12 GTH-PADE GTH-LDA
  31. GTH_POTENTIALS:Ce GTH-PBE-q12 GTH-PBE
  32. GTH_POTENTIALS:Ce GTH-PBE-q30
  33. LnPP1_POTENTIALS:Ce GTH-PBE-q12
  34. grep: NNP: Is a directory
  35. POTENTIAL:Ce GTH-BLYP-q12 GTH-BLYP
  36. POTENTIAL:Ce GTH-PADE-q12 GTH-LDA-q12 GTH-PADE GTH-LDA
  37. POTENTIAL:Ce GTH-PBE-q12 GTH-PBE
  38. POTENTIAL:Ce GTH-PBE-q30
  39. POTENTIAL_UZH:#  58  Ce        54      4
  40. POTENTIAL_UZH:#  58  Ce  4    NA
  41. POTENTIAL_UZH:#  58  Ce 12    0.006572       -0.000986       -0.005229
  42. POTENTIAL_UZH:#  58  Ce 30    0.002963       -0.002831       -0.001768
  43. POTENTIAL_UZH:Ce GTH-PBE-q4 GTH-GGA-q4
  44. POTENTIAL_UZH:Ce GTH-PBE-q12 GTH-GGA-q12
  45. POTENTIAL_UZH:Ce GTH-PBE-q30 GTH-GGA-q30
  46. POTENTIAL_UZH:#  58  Ce        54      4
  47. POTENTIAL_UZH:#  58  Ce  4    NA
  48. POTENTIAL_UZH:#  58  Ce 12   -0.000363       -0.000431       -0.010483
  49. POTENTIAL_UZH:#  58  Ce 30   -0.002957       -0.004674       -0.008319
  50. POTENTIAL_UZH:Ce GTH-SCAN-q4 GTH-MGGA-q4
  51. POTENTIAL_UZH:Ce GTH-SCAN-q12 GTH-MGGA-q12
  52. POTENTIAL_UZH:Ce GTH-SCAN-q30 GTH-MGGA-q30
  53. POTENTIAL_UZH:#  58  Ce        54      4
  54. POTENTIAL_UZH:#  58  Ce  4    NA
  55. POTENTIAL_UZH:#  58  Ce 12   -0.002690        0.000477       -0.002189
  56. POTENTIAL_UZH:#  58  Ce 30   -0.004002       -0.003255       -0.001825
  57. POTENTIAL_UZH:Ce GTH-PBE0-q4 GTH-HYB-q4
  58. POTENTIAL_UZH:Ce GTH-PBE0-q12 GTH-HYB-q12
  59. POTENTIAL_UZH:Ce GTH-PBE0-q30 GTH-HYB-q30
  60. grep: xc_section: Is a directory
  61. xTB_parameters:                    Ce       0.350000   1.200000  0.839861  30.638143   5d   -36.440945 -5.245538   -5.032003 3.000000
  62. [huan@master data][        DISCUZ_CODE_82        ]nbsp;
复制代码

至少BASIS_MOLOPT_LnPP1， BASIS_MOLOPT_UCL， GTH_POTENTIALS， POTENTIAL， POTENTIAL_UZH 里有 Ce 元素的基组。



另外，你想调用上述基组的话，在 BASIS_SET 关键词后面把基组的完整的路径写上就行了。比如
  1. &KIND
  2.    ELEMENT Ce
  3.    BASIS_SET /YOUR_DIR/cp2k/data/BASIS_MOLOPT_LnPP1/DZV-MOLOPT-SR-GTH
  4.    POTENTIAL GTH-PBE
复制代码

不需要你自己复制 BASIS_MOLOPT_LnPP1 里的 Ce 信息然后粘贴到 BASIS_MOLOPT 里……




作者
Author: 白皛白    时间: 2022-11-29 12:30
乐平 发表于 2022-11-28 23:01
emmmmm……
如果你在 data/ 目录下 grep Ce *，应该能看到含有 Ce 的基组不止 BASIS_MOLOPT_LnPP1，还有以 ...

我按照您说的方法尝试了一下，问题已经迎刃而解了，非常感谢您的指教。
作者
Author: honest    时间: 2023-2-7 22:45
本帖最后由 honest 于 2023-2-7 22:47 编辑
乐平 发表于 2022-11-28 23:01
emmmmm……
如果你在 data/ 目录下 grep Ce *，应该能看到含有 Ce 的基组不止 BASIS_MOLOPT_LnPP1，还有以 ...

老师，您好！同样是CP2K的新人，计算一个MOF的能量时，遇到了基组中找不到Gd元素的问题。参考您给出的建议，我在后面加入了路径，但是依然显示找不到，该怎么处理呢？
(, 下载次数 Times of downloads: 4)
inp文件中输入设置
(, 下载次数 Times of downloads: 4)
output文件中提醒错误
(, 下载次数 Times of downloads: 4)
Gd元素所在基组的路径查看

**本来基组文件是data文件下的，但是我按照路径输入后又显示路径大于80个字节，所以我将该文件copy到当前目前下，然后再把路径写进去的。

期待您的回复，非常感谢！


作者
Author: sobereva    时间: 2023-2-8 03:11
honest 发表于 2023-2-7 22:45
老师，您好！同样是CP2K的新人，计算一个MOF的能量时，遇到了基组中找不到Gd元素的问题。参考您给出的建 ...

分清楚基组名和基组定义文件
BASIS_SET设的是基组文件里定义的基组名，不是让你在这里设基组文件路径
基组文件路径是在BASIS_SET_FILE_NAME里设的
作者
Author: honest    时间: 2023-2-8 10:42
sobereva 发表于 2023-2-8 03:11
分清楚基组名和基组定义文件
BASIS SET设的是基组文件里定义的基组名，不是让你在这里设基组文件路径
...

卢老师，非常感谢您的解答。我在BASIS_SET_FILE_NAME后面加了Gd元素的基组文件路径后（/home/zheng/software/cp2k-9.1/data/BASIS_MOLOPT_UCL），Gd元素的基组没有报错。但是output文件又显示其他元素（F，C，H，O）的基组文件找不到了，请问又该怎么设置呢？
我试了以下几种方式，都没有解决:
① /home/zheng/software/cp2k-9.1/data/BASIS_MOLOPT_UCL & BASIS_MOLOPT
②/home/zheng/software/cp2k-9.1/data/BASIS_MOLOPT_UCL & /home/zheng/software/cp2k-9.1/data/BASIS_MOLOPT
作者
Author: Eudaimonia    时间: 2023-2-8 17:50
honest 发表于 2023-2-8 10:42
卢老师，非常感谢您的解答。我在BASIS_SET_FILE_NAME后面加了Gd元素的基组文件路径后（/home/zheng/softw ...

    BASIS_SET_FILE_NAME  BASIS_MOLOPT
    BASIS_SET_FILE_NAME  BASIS_MOLOPT_UCL

没想到吧，这个关键字可以写好几个，在data文件夹下面的应该不需要把路径写完去
作者
Author: reid    时间: 2023-2-8 19:40
honest 发表于 2023-2-8 10:42
卢老师，非常感谢您的解答。我在BASIS_SET_FILE_NAME后面加了Gd元素的基组文件路径后（/home/zheng/softw ...

BASIS SET可以多写几行，你用的那个可能含有Gd，但是没有FCHO，另起一行，把含FCHO的也写上
作者
Author: reid    时间: 2023-2-8 19:43
honest 发表于 2023-2-8 10:42
卢老师，非常感谢您的解答。我在BASIS_SET_FILE_NAME后面加了Gd元素的基组文件路径后（/home/zheng/softw ...

例如：
&DFT
    BASIS_SET_FILE_NAME  /home/DFT/cp2k-2022.1/data/BASIS_MOLOPT_UZH
    BASIS_SET_FILE_NAME  /home/DFT/cp2k-2022.1/data/BASIS_MOLOPT
    POTENTIAL_FILE_NAME  /home/DFT/cp2k-2022.1/data/POTENTIAL_UZH
作者
Author: honest    时间: 2023-2-9 09:05
Eudaimonia 发表于 2023-2-8 17:50
BASIS_SET_FILE_NAME  BASIS_MOLOPT
    BASIS_SET_FILE_NAME  BASIS_MOLOPT_UCL

这个是真没想到，多谢您的回复
作者
Author: honest    时间: 2023-2-9 09:06
reid 发表于 2023-2-8 19:43
例如：
&DFT
    BASIS_SET_FILE_NAME  /home/DFT/cp2k-2022.1/data/BASIS_MOLOPT_UZH

谢谢reid的指导，非常有用



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