公社群聊Q&A整理：2016.05.24 05 ~ 2016.05.26 04 Concate - 计算化学公社

2016.05.24 04:41:00
Q:
大家好，突然发现，基态E lumo-E homo要比激发能大
是不是Egap并不是激发能，但是通常几个分子的Egap 之间大小关系可以间接说明激发能大小关系，不知道对不？
正常情况是不是就是要大于激发能？
Nto 分析是，跃迁贡献电子态与homo到lumo很吻合
A:
看此贴http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=188
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2016.05.24 04:44:
Q:
老师，我想问一下，上次我问基态最优化考虑溶剂化效应用不用加freq，您说不用加，但是我怎么知道算出来的有没有虚频，究竟是不是最优结构呢？
A:
什么时候说的？什么前提下说的？
Q:
[图片]
[图片]
[图片]
这是以前问的
A:
本来你一开始也没写freq啊
Q:
是不是写上好点？
A:
没什么好不好，看你自己的经验和直觉和严谨和强迫症的程度
Q:
嗯，谢谢老师，如果有虚频是不是就说明不是稳定结构？
A:
y
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2016.05.24 04:44:
Q:
sob,szabo那本书可有答案？
A:
没有
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2016.05.24 04:56:18
Q:
我看了您的帖子，提一个帖子里提过的问题，cis 和tddft 结论一样吗
A:
不一样，TDDFT还得考虑交换相关泛函部分的影响
Q:
但是无论cis还是tddft
Egap都不能代表激发能
是吗
A:
y
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2016.05.24 05:01:22
Q:
gaussian的初始猜测，怎么猜的，好像不是0[表情] @Sobereva
A:
这里都提了
解决SCF不收敛问题的方法
http://sobereva.com/61
最简单也是用单位矩阵而不可能是0矩阵
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2016.05.24 05:02:00
Q:
红外曲线拟合方面的资料，各位有推荐的吗？
A:
使用Multiwfn绘制红外、拉曼、UV-Vis、ECD和VCD光谱图
http://sobereva.com/224
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2016.05.24 05:02:36
Q:
老师，你的手册5.2里面，字符串开头的-1是干什么的
[表情]老师没理我
A:
去掉
-1
4
Q:
难道说是没用的？
A:
没用
Q:
最后还要输入medinfo.txt，我不想看这个不行吗？
A:
medinfo是输出信息，想留着你就重定向到它，不想留着就甭写> medinfo.txt
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2016.05.24 05:07:56
Q:
请问下算相互作用能用的是用电子能量还是Sum of electronic and thermal Energies？
A:
纯理论方式研究相互作用，用前者
Q:
sob老师后面的能量适合什么条件下呀
A:
那个内能没用
要考察放热量用焓变，考察自发性或分布比例用自由能变
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2016.05.24 05:24:03
Q:
老师，如果编写.bat文件，有没有办法，比如说我想把当前目录下所有的.log文件统统输出超级化率，而名字都不一样，难道必须把所有的名字都输入进去一遍吗？
我用Multiwfn做批处理和沉默模式
A:
可以，挨个循环每个.log文件喂进Multiwfn
Q:
手册里有说明吗
A:
参考
从高斯windows下的批量执行谈dos批处理文件
http://sobereva.com/6
这里也用了dos批处理脚本可参考
通过键级曲线和ELF/LOL/RDG等值面动画研究化学反应过程
http://sobereva.com/200
看看例子很快就会了
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2016.05.24 05:28:05
Q:
各位朋友好，请问一下，什么是绝热电离势。如何用高斯计算呢？[表情]
A:
[图片]
两个态各自优化后能量相减
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2016.05.24 05:54:33
Q:
sob老师，请问下当相互作用能出现正值了，该从哪几个方面分析，有可能为正值吗
A:
算的方式不对
Q:
我是根据E(AB)-E(A)-E(B)进行计算的，两种物质团簇作用能还为负，但当再加到四种物质团簇就为正了，不知道您所说的算的方式不对具体指？
A:
E(ABCD)-E(A)-E(B)-E(C)-E(D)这种情况计算四聚能为正？
Q:
是E（ABCD）-E（A）-E（BCD）
其中BCD三种算了簇
A:
计算E（A）和E（BCD）的时候直接用的优化过的复合物里的结构？
Q:
BCD选了个能量最低的簇结构
与A作用，结构算能量出现正值了
算多种物质作用时：E(ABCD)-E(A)-E(B)-E(C)-E(D)这种对？还是E（ABCD）-E（A）-E（BCD）算对呢
感觉两种都合理
A:
看你研究什么
E（ABCD）-E（A）-E（BCD）为正的输出文件传上来一看就知道了
Q:
老师您好，不好意思上线晚了，这是ABCD、A、BCD文件，还请老师指点
(整理Q&A) 李老师，帮我看看相互作用能为啥成正值了吧，文件早上传上去了
A:
你A.log和ABCD.log里的A的结构明显不一样啊
算相互作用能你就直接取复合物优化后的结构中相应片段的结构直接算单点就完了，干嘛还优化？
Q:
[图片]
好像是一样的（差不多的）？
A:
随便量一下键长就知道不同
要把一个问题搞清楚，要极力排除一切乱七八糟的或大或小的干扰因素
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2016.05.24 07:27:34
Q:
老师：我输入的是fch文件，我这里显示的是片段的gif文件
[图片]
A:
用最新版本。如果还闪退，文件发给我
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2016.05.24 09:11:30
Q:
[图片]
这本书谁有电子版？
A:
你前两天问的有没有电子版的那个材料计算的书刚买了一本，104元，感觉了无新意，又是大面积铺公式，虽然标题上说重视算法实现，但书里也没给个具体计算实现的代码。连具体问题应用实例都很少。没意思
Q:
国内的书，一个字坑
看来我又被骗了
每次都认为国内会有好书[表情]
A:
印象中那个人以前还出没在大话西游那个第一性原理区，结果还是让我失望了
Q:
大话西游区和紫霞量化BBS以前有个郭勇，写了高斯的使用指南，感觉比高斯说明书还乱
我高中刚玩Gaussian的时候抱着那个使用指南看，完全不知道它在说什么
A:
那个指南，收了网上一堆乱七八糟的言论，有正有误，看这种东西对初学者太危险
Q:
[表情]话说，突然想到我用个自然语言解析+Supervised Classification；把聊天记录+论坛讨论分类一下，就可以做出一本新的高斯使用指南
A:
[表情]
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2016.05.24 16:44:02
Q:
请问用TDDFT算激发态，然后看偶极矩变化是由哪个激发态贡献的，应该怎么找？
请问各位大侠，用TDDFT算激发态，然后看偶极矩变化是由哪个激发态贡献的，应该怎么找？是直接根据 f 的大小来判断吗？
A:
这种说法完全错误，根本不能这么说
每个态有每个态的偶极矩
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2016.05.24 18:50:06
Q:
你是说我的cpu坏了？
[图片] 实用思想家公社的实用脚本计算当前目录下的所有gif文件，不能运行，怎么解决？
A:
直接./runall.sh运行。先用dos2unix转一下再试
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2016.05.24 19:04:30
Q:
量子化学中，计算方法CASMCSCF和MRSDCI有什么区别，它们分别适应于什么计算？？？
A:
看群规，不要用彩色大字号斜体。
根本没有CASMCSCF这种东西。MCSCF，是泛称，包含CASSCF和RASSCF。MRCI是在MCSCF波函数上做CI
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2016.05.24 22:09:30
Q:
加了D3对于弱作用的能量计算就没有必要BSSE了
影响很小的，真心没必要
A:
Lee D3和BSSE还是没有任何互补关系的，可以看看grimme搞HF-3c、PBEh-3c的思想
Q:
有时候加BSSE可能会出现过矫正问题
http://www.sobereva.com/46 BSSE
http://www.sobereva.com/83 DFT-D
[图片]
反正BSSE自己看着办 /阴险
A:
<=3-zeta，counterpoise方式考虑BSSE对相互作用能计算精度绝对有益无害
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2016.05.25 00:20:30
Q:
老师：您好！请问TDOS分析中，您说在-0.4 a.u 有很高的态密度，请问这个的物理意义是？换句话说，态密度峰的高低代表的物理意义是？[图片]，谢谢！
A:
不同能态范围内，单位能量区间内态的数目
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2016.05.25 00:42:38
Q:
sob老师您好！我用Multiwfn打印重叠积分，屏幕放不下只显示部分，如何才能显示全部的积分？
A:
手册5.5节
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2016.05.25 00:43:03
Q:
[图片]老师，为什么右侧没有显示等值面图？
下面是一个大的分子，上面和一些小基团的相互作用
A:
格点数据计算范围太小，没包进去那部分
Q:
那如果相互作用的部分，已经很好的显示了，是不是那部分不显示也没有关系？
A:
是
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2016.05.25 00:44:11
Q:
请问老师，从基组网上查到的可以直接拷过来用吗？
A
看此文
详解Gaussian中混合基组、自定义基组和赝势基组的输入
http://sobereva.com/60
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2016.05.25 00:44:11
Q:
[图片][图片]
是高斯对有的单词不识别吗
A:
去掉可耻的scfcyc=1000和optcyc=200
Q:
请问老师，除此之外，其他地方还有什么问题吗？
A:
没
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2016.05.25 00:46:54
Q:
sob老师，你说的溶剂化的自由能等于溶解自由能加上气相的热力学能，可以具体说下是气相的热力学能指哪个能量吗
A:
一直都说是说气相自由能啊！
Q:
具体是指那个呀，你刚才告诉我在输出文件的末尾
A:
你看末尾啊
凭知识一看就知道
Q:
[图片]
不是这个能量吗，最后一个
A:
热力学组合方法你看这里干嘛
[图片]
Q:
不太懂你说的具体是哪个，老师可以说下嘛
那气相的热力学能直接是这个吧
sob老师是不是气相下的吉布斯自由能就是
[图片]
A:
y
Q:
用opt加上freq计算的自由能是什么呢
A:
热力学组合方法：昂贵、精确、周到一条龙计算气相自由能
[图片]
真是，培训班讲的内容涵盖>70%的人会问的问题
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2016.05.25 00:50:44
Q:
[表情]我明白了，因为我的体系是Mn和碳之间的作用，属于静电作用比较多，不考虑BSSE可以原谅，是这样吧
A:
你要不考虑BSSE，单点计算起码6-311+G**
Q:
6-311+G**优化，ma-def2-TZVP单点
A:
可
若算着累，优化时可以去掉弥散
Q:
谢谢李老师指点，关于弥散问题上完sob课，我也跟这边老师讲过，不过这边老师说算氢键就用这个，没办法所以就加了，太顽固讲不通；乙二醇是参加反应的，隐式模型看不到氢键，故外加了一个来相互作用。
A:
恩
关键是色散主导的，应当考虑
静电主导的不那么重要
Q:
可能BCD的簇没有找全，的确是得需要再试试
谢谢sob老师，在选取复合物优化后的结构中相应片段的结构直接算单点的时候，相应片段是否需要单独拿出再算单点，要不相互作用能没法确定，不太理解您的意思
A:
就是拿出结构算单点就完了，甭优化片段
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2016.05.25 00:56:07
Q:
[图片]sob老师，这句话是代表不用BSSE校正吗？
较好的基组是指“def2-QZVP”级别的吗？感觉好大……
A:
是。不过相对于考虑这种不利情况，counterpoise带来好处的情况更多
就靠orca了
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2016.05.25 01:19:29
Q:
高斯里面的Density=AllTransition为什么一直报错，可以用什么方法解决[表情]
A:
甭用它就完了
Q:
用Multiwfn计算Gaussian输出的激发态之间的跃迁偶极矩，对于编号相同的输出，得到的为什么只有激发态自身偶极矩没有能量捏
A:
输出能量干嘛，高斯输出文件里直接就给出了
Q:
利用Multiwfn计算Gaussian输出的激发态之间的跃迁偶极矩对于编号相同的输出可以解决高斯里面的Density=AllTransition，是不是啊
A:
什么叫解决？你想得到什么？
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2016.05.25 01:19:35
Q:
[图片]（配体-金属-配体-金属-配体）亲们，像这样的配合物结构，用什么方法和基组优化比较好？尝试了m062x，不行。现在尝试调整结构还有固定半个结构，不知行不行。有做这方面的么？
A:
可以，有
Q:
配体-金属-配体-金属-配体，这样一个结构特点的。原先将这个体系劈成一半优化了下，然后再组合起来，就不行了
是的，配位作用。。。不好弄
SSD是不是直接用关键词设置就好了？因为基组选择根据文献来的，SSD也有，但文献中这个体系不多
嗯，用的recp@蝈蝈
A:
光写个RECP一定是外行
RECP=相对论赝势，是一类赝势，而不是具体指代用的哪个
U就老老实实用SDD，甭想别的
Q:
[图片]EMSL数据库查的
因为文献中这种体系是用Stuttgart RSC 1997 ECP，所以就选了它，那我试试SSD看看吧
A:
SDD就是指stuttgart赝势+标配赝势基组
不要老把SDD叫SSD，后者是固态硬盘！
Q:
因为最近刚整了个ssd，哈哈
谢谢，那方法的话用b3lyp和m062x都行么？
因为考虑到体系一个方向太长，色散等是否应该考虑下？现在用的09 A版本的，没法用b3lyp-d3(bj)，就试了下m062x
A:
这体系优化B3LYP结合6-31G* & SDD就完了
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2016.05.25 01:21:29
Q:
sob老师，我用B3LYP-D3优化后，可以用M062X-D3算单点的fchk文件分析弱相互作用么？里面也有所需要的波函数信息吧@Sobereva
A:
可以，有
Q:
老师，是不是后者分析氢键BCP处键能，势能密度一半更为准确些呢？
A:
“BCP处键能”没这说法
Q:
氢键键能，说错了
A:
BCP势能密度的一半可以估算氢键键能
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2016.05.25 01:27:29
Q:
--------Markdown Markdown--------
A:
--------Markdown Markdown--------
要想精确得到，root挨个设成它们依次计算，再用density关键词。这样得到的是弛豫的密度
如果要得到非弛豫密度，就用Multiwfn那么直接算
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2016.05.25 01:28:01
Q:
恩，我就想用它估算氢键键能。相比于B3LYP-D3优化的波函数, 后面用 M062X-D3算单点的fchk波函数是不是用于估算氢键键能更准确些呢？包括电子密度和势能密度的值
A:
不代表更准确。
算键能方法准不准，和得到波函数的准确程度没必然关系
你就用B3LYP优化完的波函数直接放Multiwfn里分析就完了
Q:
就是说这只能是定性估算，本身方法就不一定准确。
A:
恩
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2016.05.25 01:45:11
Q:
老师，最近在做一个关于金属催化的反应体系，优化时老是出现收敛失败，l502错误怎么办，结构调整了好多次了，还是不行？？？
[图片]
A:
解决SCF不收敛问题的方法
http://sobereva.com/61
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2016.05.25 01:59:53
Q:
multiwfn手册第四章开头：
first perform post-HF task with “density” keyword, and then rerun the task only with "guess=(save,only,naturalorbitals) chkbasis" in route section.
请问这个第二步意思是只使用括号里的关键词还是加上括号里的关键词？
A:
只写guess=(save,only,naturalorbitals) chkbasis
Q:
谢谢老师，但是出错提示galloc: could not allocate memory
A:
先找个诸如水分子小体系试一遍
Q:
还是出错，上一步用的density=rhoci 关键词，是不是必须用density？
A:
density
Q:
请问是说不能加rhoci关键词么？
A:
加它干嘛
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2016.05.25 02:41:24
A:
求两篇wiley文献，都是sci-hub下不了的，谢谢
http://onlinelibrary.wiley.com/wol1/doi/10.1002/cphc.201600271/abstract
http://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1002/adsc.201600046/full
Q:
好像能下。
A:
谢谢
Q:
[图片] 【话唠】冰释之川分享文件 18:56:41
"Zhu_et_al-2016-ChemPhysChem.pdf" 下载
A:
杲已经都发给我了，也谢谢冰释之川
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2016.05.25 03:10:14
Q:
我从晶体里切出几个在相邻的分子，优化在晶体中的激发态，请问用G09怎么做，是这样吗？收敛实在是太慢了
#p opt=tight b3lyp/6-31G(d,p) TD=(NStates=5,singlets,root=1) int=ultrafine empiricaldispersion=gd3
A:
去掉tight、int=ultrafine，氢的极化也可以去掉
Q:
#p opt b3lyp/6-31G* TD=(NStates=5,singlets,root=1) empiricaldispersion=gd3，这样吗？
A:
y
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2016.05.25 03:41:38
Q:
计算荧光[图片]用opt=cartesian不收敛，能量振荡，用opt=gdiis 103报错，这怎么解决，谢谢
计算荧光[图片]用opt=cartesian不收敛，能量振荡，用opt=gdiis 103报错，这怎么解决，谢谢
计算荧光[图片]用opt=cartesian不收敛，能量振荡，用opt=gdiis 103报错，这怎么解决，谢谢
[图片]
好的，谢谢
A:
cartesian时不收敛再用其它别的处理，诸如减小步长上限
你当前报错只能用cartesian解决
ultrafine对于B3LYP下的震荡大多数情况没用，明尼苏阿达系列泛函才优先考虑这个
Q:
哦，那振荡怎么解决呢？
用opt=gdiis这个处理振荡好像很管用，但是没办法解决cartesian的问题
用opt=cartesian又会出现能量振动，如何解决
A:
Sobereva(190258442) 20:05:55
cartesian时不收敛再用其它别的处理，诸如减小步长上限
你当前报错只能用cartesian解决
Q:
能不能同时用opt=cartesian和opt=gdiis
A:
没效果
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2016.05.25 03:54:23
Q:
[图片]
中间那个稀土离子算出来这么多吸引子
是不是结果不合理呢？
[图片]
A:
因为你用了赝势
Q:
用了赝势就不能这样分析了吧？
A:
在赝势下做波函数分析的一些说明
http://sobereva.com/156
可以分析
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2016.05.25 03:56:36
Q:
sob老师您好！基于alpha和beta轨道重叠来计算双自由基成分，是不是重叠积分小于0.1就可以，但是发现HOMO-20小于0.1，而HOMO为0.4，老师您好！哪个轨道反应双自由基成分？是不是HOMO-20？
[图片]
其中132为alfa的HOMO
写错了是HOMO-17小于0.1，不是HOMO-20
A:
语句不通
Q:
老师您好！我想计算双自由基成分
不知道该用哪个轨道
A:
你先用主功能0看轨道图形，找到对应单电子的轨道
或者用文中UNO占据数的方式计算
Q:
老师您好！如何找到单电子的轨道？是不是HOMO？
A:
往往是
可以去对照轨道图形和自旋密度判断
Q:
是不是只要alfa轨道和对应的beta轨道不重合就可以？
A:
自旋极化的体系，价层alpha都会与beta轨道不重合，只不过是程度的问题。不重合程度最大的那一对往往就是对应于双自由基的两个单电子的轨道
Q:
1 O -0.051248
2 O 0.051248
3 N -0.400684
4 N 0.400685
5 C 0.054613
6 C -0.113872
7 H 0.005494
8 C 0.032883
9 C -0.229550
10 H 0.010439
11 C 0.094200
12 C -0.231897
13 C -0.054614
14 C 0.113873
15 H -0.005494
16 C -0.032884
17 C 0.229551
18 H -0.010439
19 C -0.094200
20 C 0.231897
21 C -0.002003
22 C 0.001067
23 C 0.009411
24 H -0.000451
25 C -0.005245
26 H 0.000158
27 C 0.010594
28 H -0.000491
29 C -0.004566
30 H 0.000338
31 C 0.009148
32 H -0.000312
33 C -0.001067
34 C -0.009148
35 H 0.000312
36 C 0.004566
37 H -0.000338
38 C -0.010594
39 H 0.000491
40 C 0.005245
41 H -0.000158
42 C -0.009410
43 H 0.000451
44 H 0.000627
45 H 0.000543
46 H 0.000377
47 C 0.028063
48 H -0.008044
49 H -0.027802
50 H -0.007152
51 C 0.005454
52 H -0.002894
53 H -0.002780
54 H -0.000489
55 C 0.002003
56 H -0.000627
57 H -0.000543
58 H -0.000377
59 C -0.005454
60 H 0.002894
61 H 0.002780
62 H 0.000489
63 C -0.028063
64 H 0.008045
65 H 0.027802
66 H 0.007152
67 Ti 0.000000
老师您好！从spin density如何看单电子轨道？
A:
看自旋密度多好
Q:
sob老师您好！我用您开放的Multiwfn计算了alfa与beta之间的重叠积分，是不是只要数值小于0.1，就是想要的单电子轨道。用它可以计算双自由基成分，这样对吗？
A:
你先看看轨道图形，是否确实两个轨道分离程度很高，差不多是两个单电子各自主要出现的区域。不管什么数据，凡是能通过图形验证的，就看看图形，这样心里更有数。
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2016.05.25 04:10:30
Q:
empiricaldispersion=gd3 老师这个是什么意思啊优化激发态的时候都要加这个？谢谢老师@Sobereva
A:
DFT-D色散校正的使用
http://sobereva.com/210
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2016.05.25 04:21:32
Q:
sob老师，优化激发态加上步长，notrust,还是报错no map to 再怎么处理呢
A:
步长上限再小点，nstates再多点，还不行就换换初始结构，或者换换泛函/基组再试试
----------------------------------------------------
2016.05.25 04:24:41
Q:
请教一下大家，我在使用弥散函数处理一些体系时发现cycle超过限度无法收敛，看到老师的帖子建议int=ultrafine 或者SCF=NoVarAcc来提高精度，我的疑惑是两者应该结合使用还是分开呢？刚刚看到老师说B3lyp用提高积分格点精度处理效果不好，那么cam-b3lyp呢？
老师您好！从spin density是不是只要含有3N,4N,6C,9C,12C,17C,20C的轨道就可以
A:
结合使用没坏处（虽然会增加耗时），只不过int=ultrafine起到的帮助收敛的作用对于B3LYP、cam-b3lyp等非meta-系的泛函药效没那么强
病句
对于带弥散的情况NoVarAcc更优先值得尝试
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2016.05.25 04:26:18
Q:
老师，您好，我按照文献中提供的基组和泛函计算分子的TD后，对照文献提供的n、π轨道图形，发现我自己算出的n，π轨道是与文献中的相反，这是为什么呢？
A:
相位相反？
Q:
不是，文献中n轨道在π轨道上面，我算出的是π轨道在n轨道的上面
A:
你指能量顺序？
Q:
对
A:
要么计算级别、条件不严格一致，要么结构不一致，要么天知道
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2016.05.25 04:56:23
Q:
[图片]
想跟老师求证一下，用b2plyp/ma-tzvp计算单点能得到的结果是不是图中的E(B2PLYP)后面的值呢？
A:
是
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2016.05.25 04:59:08
Q:
老师您好，我在用mp2/6-311+g(d)计算开壳层阳离子时[图片]出现这个错误[图片]，请教老师这个问题怎么解决啊?
最后也空行了
A:
贴出更上头的报错信息
Q:
[图片]
就是这个问题
这个问题怎么解决啊？
A:
上传输出文件
可能临时文件把硬盘写满了
这年头没特殊情况甭老用MP2
Q:
这个老板让用，没办法啊[表情]
这个老板让用，没办法啊/呲牙
A:
MP2日渐式微，双杂化方兴未艾
不关注方法学进展的人常会出馊主意
终有一天MP2会像HF一样，一露头就会被人打死
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2016.05.25 05:22:21
Q:
已知反应中间体能量，过渡态能量，产物能量，温度，请问可有办法预测产率
A:
得考虑反应条件、反应时间等因素
Q:
如果反应条件足以保证每条路径反应都能发生，且反应时间足够长，用产物的吉布斯自由能做个含量分布能否近似预测？
好像也不行哈
有点糊涂了
A:
假定反应温度足够高、时间足够长，势能面上所有极小点之间就满足热力学平衡分布，按照玻尔兹曼分布算比例就完了
Q:
如果不同路径的势垒相差不多这样做应该是可以的吧
A:
只要满足我说的那两个前提，势垒高低就不会影响产物分布。
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2016.05.25 05:46:03
Q:
[图片]
Gaussian Help 对 iop(5/13=1)的回复
除给程序Debug之外，Gaussian认为不应该在*任何*计算中使用iop(5/13=1)
A:
[表情]
/鞭炮
这个邮件转发到论坛吧
Q:
后面提供了一系列解决SCF收敛的方法，除了一个SCF=YQC的关键词之外和Sob的/61文章内容类似。在过柱子，一会儿完事发到论坛上。
这是给的7条建议中的最后一条
优先级很低
A:
貌似就是在xqc前面增加最陡下降法过程，对有效性还是有些质疑的
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2016.05.25 05:59:28
Q:
请问一下，AIM分析中，E(r)为负值表示共价相互作用，为正值表示闭壳层相互作用，这里的闭壳层相互作用具体怎么解释呢？
A:
就是非共价相互作用
Q:
具体是什么作用得具体分析，能确定的只有不是共价相互作用，是这样吗
A:
那个判断标准也并非很可靠，也有反例
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2016.05.25 06:08:18
Q:
老师，请问一下，我优化S1这是关键字# opt freq b3lyp/6-311+g(d,p) TD scf=xqc 但是计算结果出错，我重算了还是出错停止
[图片]
这是输出文件
为什么前面一个是正常结束，最后又是错误终止呢？
A:
输入文件传上来
Q:
看不懂
[图片]这是对应的关键词
A:
%chk下边别留空行。TDDFT没事甭算freq，耗时甚巨
at错了，是snail
如果非要算，凡是超级耗时的任务，甭和其它任务搅合在一起
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2016.05.25 06:15:20
Q:
各位老师，我计算的过渡态能量怎么比反应物能量还低呢？
A:
[图片]
[图片]
漏了中间体
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2016.05.25 06:20:00
Q:
sob老师，也就是分子力学能量越接近于0，说明这个结构越处于平衡状态，结构越合理，是吗？谢谢您。
A:
不代表一定越合理
Q:
对于弱相互作用力体系，用分子力学做初步优化，如何判断那个结构比较合理，能进一步用大基组计算呢？
A:
之后能用从头算/DFT算的体系，何不用半经验优化而用分子力场？
Q:
分子力场更快啊，如果分子力场能做的话，用分子力场很快的。
A:
MOPAC用PM7之类优化很快的！
大体系弱相互作用计算的解决之道
http://sobereva.com/214
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2016.05.25 06:50:21
Q:
老师，您的构象搜索的软件在哪里可以下的到呢，我想买一个
A:
使用molclus程序做团簇构型搜索和分子构象搜索
http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=577
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2016.05.25 08:04:54
Q:
提交一个任务到服务器。假如服务器一个节点是八核，如果我的任务长时间，占了8个核，而且每个核是百分之百的占据率。这是不是说，这个任务已经僵死了？
A:
如果按照以前的经验你的任务早就应该算完了，可能是如此
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2016.05.25 08:07:00
Q:
老师 oniom计算采用b3lyp:hf两层计算，mulliken电荷一共输出三次在开始的时候，都是初始结构的吗？分子结构优化收敛后，没有找到电荷输出[表情]
老师 oniom计算采用b3lyp:hf两层计算，mulliken电荷一共输出三次在开始的时候，都是初始结构的吗？分子结构优化收敛后，没有找到电荷输出/冷汗
想要找到优化结构后的hf电荷，要做单点计算吗
A:
根本没有hf电荷这东西
你用B3LYP:HF这么分层毫无意义，计算量都在同一级别，而且B3LYP精度明显高于HF
不仅耗时会比直接都用B3LYP更高，精度还会明显更低
Q:
审稿人要求这么算的
至于结果怎样再分析
根本没有hf电荷这东西？？？
不是有 charge embedding的背景电荷植入
我想知道hf的背景电荷
A:
审稿人胡搞
Q:
/强同感
A:
原子电荷计算方法多种多样，没有“hf电荷”这个词
Q:
不好意思 oniom计算输出三次mulliken电荷
A:
如果要获得整体在HF级别下的原子电荷，自己直接对整体做个HF计算就完了，加相应关键词算相应类型的原子电荷
Q:
好的谢谢老师
A:
两层情况，三次计算最后一次是用low方法算整体，Mulliken电荷取这次的
电子嵌入高斯里仅对ONIOM(QM:MM)有效，对QM:QM没法用
而且用Mulliken电荷根本不能很好表现low layer原子对model区域的静电作用
Q:
最后一次输出的low layer原子电荷算是0
只有第一次输出的整个体系每个原子都给出了非零值的原子电荷
A:
用第一次的
Q:
第一次的电荷输出是初始结构的还是结构收敛后的？结构优化输出在文件最后…不懂了…一般的高斯计算会在初始结构和收敛后的结构分别计算体系特性，包括电荷分析的…
A:
如果当前任务是opt，仔细阅读输出文件，找最后一步优化的部分
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2016.05.25 16:22:01
Q:
各位，有没有什么方法能较精确计算团簇中各原子所得电荷呢？优化结构给出的密里肯电荷好像不合理
团簇里有过渡金属、短周期的非金属元素，金属使用了赝势基组、非金属原子使用了高斯基组，这个是不是对电荷分布结果有重要影响呢
哦，谢谢，我担心是不是基组影响的原因@monica
A:
从来没有密里肯电荷，看
量子化学中的一些常见不良写法和用词
http://sobereva.com/298
原子电荷的讨论看群共享里《原子电荷计算方法的对比》
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2016.05.25 16:39:10
Q:
[图片] 老师，是这样的吗，可是我已经用这个方法计算了很多结果了。
A:
你截图里的文字一看就是菜鸟写的，不要理睬。pi-pi堆积居然能写成P-P堆栈。
截图里几乎每句话都是错的
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2016.05.25 17:58:28
Q:
请教各位老师，gauss单点计算中出现下面的问题，增大内存继续算也不管用，是哪里的问题呢？下面是输入文件的路径和关键词 [图片]
[图片]
A:
把内存再设大点，TDDFT是很耗内存的。内存实在不够大可以尝试把nproc设小点
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2016.05.25 18:14:33
Q:
[图片]
各位前辈好！占据数0.3-0.8有70多个轨道，该如何计算T，计算双自由基的成分？
其中172为HOMO
A:
看此文，Chemical Physics Letters 454 (2008) 97–104
此时光考虑一对UNO轨道已经不够了
不过你这体系看起来很诡异，那么多占据数都偏离整数。怀疑算得有问题。
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2016.05.25 19:07:27
Q:
求教各位大神，原子间的拉伸力常数和相应的拉伸频率怎么算？不胜感激。
A:
看物理书里谐振子部分。记得连高中物理都讲过
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2016.05.25 19:27:21
Q:
今天爆了三个答辩的硕士的头，我每个人问了三个问题，几乎都是答不上来，然后他的导师帮着解答的，还有三个，各种原因没提问到。其中就有一个关于溶剂的问题，爆了一个头，看着特爽。可见吉大硕士也就是这个德行了
说实话，你对你的研究领域理解比较深，对别人的研究领域还真懂点皮毛，不要拿出来炫。还在这里嘲讽吉大硕士，请问你是不是吉大硕士，是不是要连自己一起嘲讽
首先你懂得挺多，可以说是个有才能的人，但是有才能的人如果不与自己所在的组织一条心，那就可能是一个毒瘤。你身在理化所，也是理化所得硕士，却说着理化所的坏话，就是说明你并没有把自己当做理化所的人呗。现在培养你的地方你就这个态度，以后去其他地方谁还敢要你。即便你自己将来创业当个领导也可能因为自负，看不到每个人都有优点，总拿自己的长处比别人的短处而感觉谁都不如你，而导致你的那个组织土崩瓦解。
首先我挺你蜗牛我不认识你但你的言论最其让人感觉到正义尚存现在我要开始骂你不知道什么时候起这个群多了个叫什么娃娃的人我毫不客气的说你他妈的就是个搅屎棍你有有人格可言么好像你懂的挺多懂得多就可以给人难堪？就可以羞辱别人？大家往上翻翻几个月以来的聊天记录看看这个狗逼说的每一句话仔细体会下这狗犊子有没有人格算不算人第一次注意他是他八卦他老板爆出他老板照片侮辱吉大理化所我曾经私聊过他让他注意点没想到这个不是人的玩应越来越不要脸更奇怪的是每当这狗东西在那所谓”卖萌“的时候竟然会有一票人附和你们是在讨好他么？？？你们问问自己的良心！！我尊敬群主，所以一直以来看到那个狗东西说话就直接关闭对话以免脾气爆发今天我实在忍无可忍了
如果中国科研的人能够容忍这种算不上人的人存在老子绝不与尔等为伍从退群做起
sob 老师你是我十分尊敬的老师走之前给您个建议请审视群里的败类
作为师弟，那么跳
请问你的导师知不知道
@朝圣刘老师组的我手下留情了几分，丁老师组的我火力大开一次
说实话，你对你的研究领域理解比较深，对别人的研究领域还真懂点皮毛，不要拿出来炫。还在这里嘲讽吉大硕士，请问你是不是吉大硕士，是不是要连自己一起嘲讽
做人，首先，要爱自己的家，要爱自己的学习，自己的祖国，尊重自己毕业的师兄师姐
本来不想再这个群里说话，实在是看不惯如此的嘲讽，鄙视
我的回答完毕
作为一个学术机构，答辩的时候“师弟”不敢“跳”才是问题，有某种“约定”的氛围，有不懂得问题不敢问，有合理的质疑不敢提出才是问题。“拿自己的长处比别人的短处”才能让短处变成长处，这才是互相学习。所有人都拿自己的短处和别人的长处比，成天的溢美之词难以言表还做什么突破？刘忠范老师讲报告就说（印象很深，几乎是原话）：“现在有些机构的报告、答辩和和气气、不红脸是完全不正常的现象，该骂的应该骂、该指出的、该吵的也必须吵，这是学习的过程、经验交流的过程，脸红完了、桌子拍完了、甚至哭完了，该毕业的也仍然应该毕业。”应该批判的是提出的问题不是学术相关的问题、或提出的学术问题没有道理、不讲实际情况，亦或是无端指责或滑坡谬误。
A:
上午娃娃的事讨论很热烈
娃娃纠正别人的错误，纠正得也没错，这点是值得夸奖的。只不过措辞、表达方式过激。
学术上的事也没必要往其它不相干的乃至政治上靠。
而搞研究的人，特别是研究生们，特别要记住：落后就要挨打。如果不想答辩时被喷，就要努力提高水平，到时候不仅不会被喷，被别人瞎喷的时候还能把对方打脸。
Q:
这个鸡汤有动力
A:
强大才是硬道理
其实我特讨厌心灵鸡汤这词
更从来不会给谁灌这玩意儿
Q:
吉大理化所的都听好了，只要我在吉大一天，理化所的不论谁答辩，我就一定提问题，不管你高不高兴，愿不愿意，有本事就别答辩，立此为据，除非我不去，否则，你们都在劫难逃
本群不谈政治，只谈科学，是一个氛围非常良好的群，可以说，对学生到老师，都是受益的。本人也从未冒犯，今日口舌之过，唯日后禁言以赎之。然，群众各位，请听我一言。
在座的2000人，相信一定有吉大理化所出身。但毕竟绝大多数还是没有去过，甚至没有百度过。绝大多数朋友，你们不了解吉大理化所的底蕴，即便你们最近各路听到的消息，可能包含走衰的言论，但她的深厚底蕴，是老一辈科学家打拼积攒起来的，她仍然在成长，但绝不会被抛弃，绝不会被攻破。
那个叫“娃娃”的人，你身为吉大理化所一个学生，在一个2000人的群里说三到四，你是人么？儿不嫌母丑，狗不嫌家贫，你是否连狗都不如？你和你导师有什么过节，你对单位有什么意见，你就拿到2000人大群里来喷？你对吉大理化所造成多大影响？不了解吉大理化所的人，你的言论作为第一印象接触，会造成何等后果？？打个最简单的比喻，在一个世界各国人都有的群里，有人说中国人是马路大，你作何感想？
我这些文字还没有打完，那个叫“娃娃”的就出来叫唤了，有群主的庇护，此刻更加嚣张。
身为吉大理化所一个学生，在一个2000人的群里说三到四，你是人么？儿不嫌母丑，狗不嫌家贫，你是否连狗都不如？你和你导师有什么过节，你对单位有什么意见，你就拿到2000人大群里来喷？你对吉大理化所造成多大影响？不了解吉大理化所的人，你的言论作为第一印象接触，会造成何等后果？？打个最简单的比喻，在一个世界各国人都有的群里，有人说中国人是马路大，你作何感想？
我这些文字还没有打完，那个叫“娃娃”的就出来叫唤了，有群主的庇护，此刻更加嚣张。
不敢苟同群主这般偏袒维护的鸡汤，这是人品问题。
娃娃那个人人品绝对低下，一个硕士研究生，竟然能自负狂妄到如此地步，日后简直不可想象。
从娃娃之前的言论也不难看出，此人甚爱羞辱，讽刺，嘲笑别人，以此为乐，其现实人品也可见一斑。
这样的人，即便科研再的再好，有何用？做科研，先做人，这样的浅显道理难道不懂？
群主这般偏袒，难道是在助长其恃强凌弱？果真如此，我无话可说。
不会做人的人来做科研简直就是导师的败笔眼拙
A:
╮(╯▽╰)╭
Q:
吉大理化所的都听好了，只要我在吉大一天，理化所的不论谁答辩，我就一定提问题，不管你高不高兴，愿不愿意，有本事就别答辩，立此为据，除非我不去，否则，你们都在劫难逃
[表情]
[表情]（与今天的事无关）一听这种“连XX都做不好，怎么能做好XX”的句式就想吐槽。你来给我论证一下“做人”和“做好科研”的相关性是什么？Schrodinger有十多个情妇你知道么，和老婆+情妇 3P 可听过？爱因斯坦和自己的表妹结婚。费喜欢逛夜总会嫖娼、还在他自己写的书里向别人传授如何勾搭酒吧女......偷别人成果的、嫖别人老婆的、政治争权斗利的伟大科学家一抓一大把。什么要做X先做人、一屋不扫何以扫天下、齐家才能治国blablabla，小时候说说就完了，作为一个搞科学的人，先不说因果性应该思考，连相关性都找不出来。
更正，喜欢逛夜总会嫖娼的是“费曼”
A:
+10
说得太好
感觉有些实力不强的人，看到有比较牛的人哪怕批评的不是自己，而是批别人，自己都觉得有代入感，好像自己被欺负一样
Q:
发现了，如果和一个人学术观点不同，第一个应该做的事情就是听社长你的，然后静静地看着他装X，他就会闭嘴，接受我的观点
A:
[emoji]
Q:
刚才和老板因为polar关键词起争执，我就把高斯说明书的解释给他看了，他就闭嘴，接受了我的观点，间接地接受了你的观点
A:
以后有些顽固不化怎么说都不听的，可以直接给高斯客服写邮件，官方回复总不至于他不听
Q:
其实高斯说明书都写的很详细，老顽固就是不愿意看一眼，
他会说，哎呀，这个是高斯的bug，不要理会。
顽固的人，是无可救药的
发现了，好多舔着大脸的博士，教授，副教授，还不如社长你对高斯的理解深入
A:
不在一线计算，显然了解不深入
往往到后来就会纸上谈兵了
Q:
看吧，给他点权利，他能清除三分之一。给他桶汽油，他喝一口，屁股后面点把火，他都能起飞了。猖狂，自负，目无尊长，毫无荣辱观的狗东西。吉大有你真是造孽，你要是还有一点逼脸，以后别特么说自己是吉大人，当心挨揍。
不用群主禁言，自己走。今天也算是看出来了，猖狂小人占了上风，毫无道德修养和信念的人已经聚堆，更有群主大神庇佑，肆意猖獗。更奇怪的是，每每这种人放屁，总有捧臭脚的，譬如 LiYuanhe(133063300)。
群里经常私聊我的“老实人”们，今后你们正义的观点请直接发在群里，“老实人”不该受到欺凌，侮辱。请恕我懦弱，无力与自大猖狂之人做口舌之争，这些人毫无道德观念可言，这种地方不呆也罢，走了。
更有一些心术不正，貌似想借机强化舆论导向的人，你们最好给自己积点德，话不说满，到此为止。且看世风到底是日上还是日下。
求同存异，这个社会本来就是多元化的，不犯法，不触犯道德的底线的行为都是可以的
挺chemphys
[图片]
sorry 发错了...
[表情]截图领赏么
唉尴尬了
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2016.05.25 19:45:06
Q:
SAPT做能量分解是不是更精确？
A:
倒也不是说SAPT分解就更精确，不同能量分解分析有不同的分法。只不过色散作用很明显的时候，SAPT会比较好，因为本身就能明确计算色散项，而不是像诸如LMOEDA那样凑出来。
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2016.05.25 21:46:32
Q:
问各位老师一个问题，我的体系含有两个芳环和一个铜原子，用M062X算势垒，过渡态，搭配Def2-TZVPPD会不会有点浪费？
我也觉得太慢了，算频率LanL2DZ要一个小时，它要6天10小时…… @银色荆棘
而且从LanL2DZ切到Def2-TZVP，有个别的过渡态也被否了
我是打算LanL2DZ，6-31G+ => Def2-TZVP => Def2-TZVPPD
是用Def2-TZVP再算的时候跑到别的构型上去了，个别的
另外各位老师，我还有个问题，我跑IRC用的是LQA算法，这个比高斯默认的HPC怎么样，可靠吗？
A:
用def2-TZVP足矣
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2016.05.25 22:45:23
Q:
请问老师，用热力学组合方法计算过渡态热力学性质精度如何呢？您在培训时写了加opt（ts）关键词可计算，又说不提倡用组合方法计算过渡态热力学量，那计算自由能能垒时是都用freq+scale的方法才比较好吗？
谢谢。原来是这样，那我还是用freq计算好了。不过为啥计算气相自由能时要先用溶剂模型优化结构[表情]，所有都是吗？
A:
我不怎么建议拿热力学组合方法算过渡态，虽然也有人这么做，可能结果也不错，但起码没有什么测试来证明其合理性，当初弄热力学组合方法参数的时候也没有考虑算过渡态的情况。所以算势垒还是用freq+scale更放心
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2016.05.25 23:07:28
Q:
[图片]
这个图能不能用来说明体系有弱相互作用？
体系中存在与不存在弱相互作用时散点图最主要区别在于图中最左侧是否有一个竖条
嗯，现在看这个的话，能说明存在竖条吗？
A:
用Multiwfn+VMD做RDG分析时的一些要点和常见问题
http://sobereva.com/291
[图片]
Q:
[图片]老师说的是这个吗？
用这个图表现弱相互作用
A:
填色等值面图，不是等值面图
Q:
老师，等值面图有什么意义？
A:
就是这个面上函数的值都相等，等于你设定的isovalue值，就叫等值面
仔细再看看博文，或者手册4.100.1节的例子
Q:
[图片]老师，这种不全显示，是什么取小了？
[图片]
是这项吗？
A:
恩
Q:
这两项都应该再增大？
A:
你要想全显示，你就把extension distance设为0，然后直接选high quality grid就完了
你当前这是自己定义盒子中心，又不把盒子尺寸设大（extended distance决定），显然包不住整体
Q:
老师，活性中心只能选两个吗？
A:
如果理解不了Multiwfn怎么定义格点的，看手册3.6节
哪有什么活性中心？
你当前那个是通过两个原子之间连线的中心定义盒子中心，你感兴趣的是某两个原子之间的相互作用才用这种方式定义盒子
Q:
对，如果作用范围大写，不止两个原子呢
A:
你先看手册，仔细弄明白Multiwfn几种定义盒子的方式的差异、初衷、思想
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2016.05.25 23:28:08
Q:
请问计算能量rb3lyp和ub3lyp结果差异大吗？用哪一个有什么特别要求吗
我用的rb3lyp计算相互作用能，需要重新计算吗
A:
闭壳层体系二者结果一样，后者白耽误很多时间
看你算什么相互作用，色散主导的必须重算
Q:
若氢键
弱氢键
A:
B3LYP没戏，拿这个算氢键只会被人笑话
Q:
构型优化后，bsse校正
看文献很多用这个方法啊，计算分子印记功能单体
15，16
A:
2年前B3LYP算氢键都没市场了
一看作者就是理论外行
阅读此文
乱谈DFT-D
http://sobereva.com/83
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2016.05.25 23:29:54
Q:
气相下的自由能，sob老实说用G4比较好，还是按照上面说的呢
你是很大，大概60个原子，都是C H O
A:
60个原子G4没戏。最烂的CBS-4M算这样大小的都很慢
[图片]
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2016.05.25 23:38:12
Q:
[图片]
能帮我看一下这个QST
为什么老是出错，这是输出文件，麻烦你们了
A:
给的结构大抵不怎么合理
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2016.05.25 23:54:38
Q:
大家好，求推荐几款合适做第一性原理计算的开源软件？
A:
quantum espresso
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2016.05.25 23:54:58
Q:
老师，您好！请问在计算形成能时，要用体系能量减去各部分能量，这些能量值看有文献上取的是单点能相加减，可是我计算的体系零点能对体系稳定性影响很大。此时计算形成能，需不需要加上零点能修正呢
A:
你算的晶体的形成能？
Q:
老师，是分子团簇的
A:
是否考虑ZPE的结果你都可以报道。不考虑ZPE就是纯理论上的结合能，考虑之后更和实际稳定性对应
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2016.05.26 00:12:02
Q:
咨询一下老师：我是用选定泛函的方式计算了分子，然后审稿有这段话说的是什么意思，我对理论不太理解：Such non-empirically-optimized functionals are often obtained by tuning parameters such that the Koopmans' theorem is satisfied. The authors should describe how well Koopmans' theorem is satisfied with their optimized method. 谢谢老师。
A:
你算了分子什么性质？
Q:
算分子的吸收和发射，以及能差
A:
这审稿人瞎叽叽歪歪
你找几篇benchmark文献证明你的泛函适合算这类问题就完了
Q:
就是采用当时在第二次量化培训班上的OHF方法，然后对不同的分子根据OHF=42*q选定了泛函，然后计算的。谢谢sob老师
A:
那你就把那篇文章以及也用了OHF方法的文章塞给他，说明这个已经比较流行，很多数据都证明其合用
这根koopman定理扯不上关系
Q:
DFT的koopman成立么？
偶，好的，谢谢sob老师。
这个审稿人问的这个 tuning parameters such that the Koopmans' theorem is satisfied.是不是就是当时在论坛里讨论的LC-wpbe这样的泛函，调节w的这个意思？
A:
否，你看LC-wpbe原文和相关的测试，根本没有koopman的事
专门去调参数去尽量满足koopman定理的泛函也很少有这么做的
Q:
满足Koopmann定理，说的是调泛函参数使之跟电离能数据吻合么？
Ionization energies calculated from DFT orbital energies are usually poorer than those of Koopmans' theorem, with errors much larger than two electron volts possible depending on the exchange-correlation approximation employed.
http://link.springer.com/article/10.1007%2Fs002140050307
http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0368204802000324
这两篇文章有讨论Koopmann定理跟 DFT计算的电离能的差别
HF理论推导Koopmann定理时候就是那几项，
KS轨道那么些交换、相关项加进去，很多都是arbitrary的。所以满不满足koopmann定理可能需要看DFT怎么个造法了吧。
A:
对于精确的泛函，HOMO的能量和电离能精确相等，相当于koopmann定理完全满足
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2016.05.26 00:20:12
Q:
[图片]请问这种图是怎么做出来的啊
A:
如果是密度差图看
使用Multiwfn作电子密度差图
http://sobereva.com/113
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2016.05.26 00:32:30
Q:
Sobereva老师你好，1.Gaussian里面怎么做出特定原子间的伸缩力常数啊？我在网上收到关键词加入opt=CalcFC iop(7/33=1)可以计算，但out文件中的数据又不懂如何读取。
A:
你做了freq之后直接就回给你内坐标下的力常数矩阵，取对应那两个原子的就行了
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2016.05.26 00:34:32
Q:
sob老师，我在用Multiwfn_VMD画分子间弱相互作用，参见了手册4.13.4节的实例用Multiwfn的主功能13处理一下RDG格点数据把不感兴趣的部分屏蔽掉，也得到了我想要的RDG等值面图。但是现在我想把更新后的RDG.cub和原来的Sign(lambda2)*rho.cub画散点图，即我需要画分子间弱相互作用的散点图，该怎么实现呢？@Sobereva
A:
直接有两个cube文件就可以绘制它们之间的散点图了，3.100.1节末尾有说明（要用最新版本程序）
[图片]
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2016.05.26 00:42:08
Q:
60个原子没戏，还有什么好方法计算溶剂下的自由能，是不是单点能相减以后加上Sum of electronic and thermal Free Energies就可以了
sob老师[图片]是不是最后一项就等于你说的1.89kcal/mol。
A:
是
Q:
那里面的R是8.314. T是298K.里面的P因该是多少呢
A:
P就是1atm=101325Pa
不过他那个式子写得有歧义
Q:
那sob老师可以说个没歧义的吗
A:
Phys. Chem. Chem. Phys., 2014, 16, 15068--15106
[图片]
Q:
谢谢老师
我看看
A:
按comment那个文章，ln里都有量纲，并不合理
Q:
好的
sob老师，计算的时候是不是直接加上1.89kcal/mol就可以了，也不用管里面的公式
A:
恩，常温下就是这个
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2016.05.26 01:00:16
Q:
sob老师我算deltG的时候也要这么算吗
A:
什么deltaG？气相or液相？
Q:
液相，但构象在气相和液相不同
A:
看你具体算什么过程的deltaG，液相下deltaG计算一般都要设计热力学循环，其中就牵扯到浓度改变对应的自由能变，诸如：
[图片]
Q:
就是氨基酸的互变异构化过程，应该不用设计热力学循环
A:
得啊
你能直接计算的只有气相下的deltaG，液相下的deltaG就要牵扯溶解自由能，类似图中
除非是懒汉，直接来个opt freq scrf=SMD就读G了
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2016.05.26 01:09:04
Q:
我们在计算振动光谱的时候，我们是在是势能面的最低点计算振动频率，这个频率-强度，在谱图上体现的是一根线，完事之后我们对他进行展宽，但是展宽的时候后，如果我们为了和实验进行对照，进行shift，我们以nm和ev进行shift得到的谱图是不一样的，我知道我们是应该在能量的基础上shift才是对的，可是不知道为什么，总是想不明白
完事，我就计算了一个态的电子谱，就用gaussView查看展宽谱，我如果选横坐标为nm[图片]，谱图基于这条线是明显不对称的，但是我如果换成ev,或者波数得到的是对称的谱，就越来越糊涂[图片]
A:
nm是非线性的能量单位。你按照能量(eV）来展宽得到对称的峰，转化到nm就是非对称的了。
Q:
老师，为什么我们得到的谱图横坐标是波长和ev，得到的展宽谱不一样
A:
不清楚你的意思，横坐标单位可以自己选
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2016.05.26 01:11:54
Q:
在有过渡态的反应能垒图上，通常会有气相和液相（溶剂）两个能垒，气相下大多用电子能相减得到，液相下也是电子能相减么？
A:
看你算哪种。电子能垒还是自由能垒，前者你就用scrf下的单点，后者你还得把气相下的热力学校正量加进去
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2016.05.26 01:23:14
Q:
@sob，我想请教下怎么计算R+OH.H2O体系的反应速率（原先体系是R+OH），就是如何考虑后来加了一个H2O（起氢键降低势垒的作用）对反应速率的影响，不知道可不可以用KiSTHelP计算，或者有其他的办法，非常感谢！
A:
你算的时候就用考虑了H2O的过渡态结构，用OH.H2O当反应物结构之一就完了
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2016.05.26 01:53:31
Q:
中国人怎么不自己写个量子化学软件呢
之前讨论过，一个像样的量化程序没十几年几十年积累很难行程竞争力
还不如做些现在软件没有的东西
国产软件最近慢慢开始涌现了。
A:
--------Markdown Markdown--------
不是我写的：
[图片]
[图片]
Q:
BDF没有什么可用啊
比如刘文剑老师的
呐BDF
听说国内有哪个老师写CCSDT(Q)
有个Xi'an软件一直在弄
厦门vb
对就是这个 Calypso。调用也不错啊。
VB说实话不知道有什么可能的优势
[图片]刘文剑老师的BDF不公开，要用得合作。其实有个问题想合作一下，不过觉得太折腾最后没搞。感觉一个程序要做出名肯定得公开，甚至要努力推广
中国人喜欢山寨
不是要开源，公开能用就完了
而且这也不是一下就山寨的过去的。做在前面的人总在前面，来不及抄。
[表情]我也不知道刘文剑老师为什么决定不公开，不敢问
A:
国产程序默认不公开
如果猴年马月公开了才应该问为什么决定公开
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2016.05.26 02:49:51
Q:
各位，不好意思打搅一下，问个很初级的问题。
我在已经优化好的结构上继续freq计算，关于分子结构的获得，1、直接geom=allcheck；2、直接在gauss view中Ctrl+C到新的文件视窗中；3、用gauss view打开优化好的.log文件，直接点“calculate”菜单中的“....setup”。这三种操作都一样吧？/冷汗
A:
一样
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2016.05.26 03:22:41
Q:
我看老师的文章“谈谈谐振频率校正因子”中说M06-2X缺乏焓变和熵的校正因子，想请问下大家近几年有数据了吗？（因为体系有一定的弱相互作用力）
A:
--------Markdown Markdown--------
没有
Q:
[表情]谢谢老师，那我还是当做1来计算吧？
A:
你姑且用M05-2X的也比当成1合适
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2016.05.26 03:26:59
Q:
请问下CCSD（T）在高斯09B的版本里能算吗
[图片]我试了几次，都报错，但用b3lyp/6-31g(d,p)这类的是可以的
A:
能
B01还不支持月份基组
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2016.05.26 03:38:31
Q:
我偷了个G09 E01
A:
不可独享
Q:
往哪儿传不知道啊..
1.8GB
A:
百度网盘吧
Q:
我让我一个师弟传吧..他在国内..
A:
nice
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2016.05.26 03:41:55
Q:
[图片]请问计算NBO算到这就结束了是怎么回事啊谢谢
A:
你要做NLMO分析？
Q:
不是啊老师我就加了pop=nboread
A:
$NBO里写了什么？
Q:
[图片] [图片]
A:
plot会让程序给出各种轨道，包括NLMO。但是做NLMO的时候程序又卡住了
要么你别plot，要么换个新的NBO版本
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2016.05.26 03:55:00
Q:
请问一下，我是用G09的# b3lyp/6-31G* opt算一个硼酸酯分子（近50个原子），现在算到这里一直不动，快5个小时了，个位大侠这是什么原因？
Petite list used in FoFCou.
Requested convergence on RMS density matrix=1.00D-08 within 128 cycles.
Requested convergence on MAX density matrix=1.00D-06.
Requested convergence on energy=1.00D-06.
No special actions if energy rises.
Integral accuracy reduced to 1.0D-05 until final iterations.
Initial convergence to 1.0D-05 achieved. Increase integral accuracy.
A:
总要加#P省得被蒙
8成是SCF震荡了
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2016.05.26 03:56:16
Q:
请教一个问题，我用GV的atom list editor 调整了原子序号，想得所有的到键长、键角和二面角信息该怎么办？一个一个查看有点慢啊，有什么快捷的方法么？谢谢
A:
用chem3D，Structure-Measurements里依次选Generate All Bond Lengths和Generate All Bond angles
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