计算化学公社

标题: 用高斯进行opt+freq计算，计算过程中分子两部分越来越靠近 [打印本页]

作者
Author: wangzh 时间: 2022-11-29 11:50
标题: 用高斯进行opt+freq计算，计算过程中分子两部分越来越靠近
老师们好，我用高斯软件对构型（根据论文里面的坐标建的模型）进行计算：#p b3lyp/6-311g(d,p) opt freq em=gd3，计算过程中构型越来越靠近:请老师们帮我看看我错误的原因，我应该先优化再计算频率吗？图片分别是我现在正在跑的构型，输入构型，论文里的优化后的构型。

作者
Author: chands 时间: 2022-11-29 13:45
文献是在溶液中计算的吗？真空中分子内的两个磺酸基有可能形成分子内氢键，加上分子有一定柔性，所以两个磺酸基可能会靠近。

注意到磺酸是强酸，在溶剂中可能解离。

作者
Author: wangzh 时间: 2022-11-29 15:15
老师您好，是在气相中进行的，我应该做怎样修改？感谢您的指导

作者
Author: chands 时间: 2022-11-29 15:25

wangzh 发表于 2022-11-29 15:15
老师您好，是在气相中进行的，我应该做怎样修改？感谢您的指导

我觉得论文里的构象未必是能量最低的构象，因为两个磺酸基之间可能有分子内氢键，严格来说是要做构象搜索来找全局极小值。当然你可以初始结构扭一下看看能否优化到文献中的构象。

作者
Author: wangzh 时间: 2022-11-29 18:41

chands 发表于 2022-11-29 15:25
我觉得论文里的构象未必是能量最低的构象，因为两个磺酸基之间可能有分子内氢键，严格来说是要做构象搜索 ...

好的感谢老师的指点，我试一下您说的方法！
老师，我的输入文件算这个体系有没有参数方面的修改来解决这个问题？

作者
Author: chands 时间: 2022-11-29 19:25

wangzh 发表于 2022-11-29 18:41
好的感谢老师的指点，我试一下您说的方法！
老师，我的输入文件算这个体系有没有参数方面的修改来解决这 ...

输入没啥问题，不过可以先上低级别（例如B3LYP-D3(BJ)/6-31G*）预优化，再上高点的级别。

作者
Author: wangzh 时间: 2022-11-29 20:33

chands 发表于 2022-11-29 19:25
输入没啥问题，不过可以先上低级别（例如B3LYP-D3(BJ)/6-31G*）预优化，再上高点的级别。

好的非常感谢老师

作者
Author: sobereva 时间: 2022-11-30 09:37

wangzh 发表于 2022-11-29 15:15
老师您好，是在气相中进行的，我应该做怎样修改？感谢您的指导

文献中的构象肯定不是能量最低构象
文献用的计算级别明显不合理。BP86对于这类分子是很烂的选择，而且分子内弱相互作用显著，色散吸引对构象的影响不可忽略，BP86不带色散校正算这个根本没法用。而且考虑ZORA完全多余。

作者
Author: wangzh 时间: 2022-11-30 11:52

sobereva 发表于 2022-11-30 09:37
文献中的构象肯定不是能量最低构象
文献用的计算级别明显不合理。BP86对于这类分子是很烂的选择，而且分 ...

老师您好！
按照您的意思是我必须进行构想搜索找到能量最低构型，然后上低级别（例如B3LYP-D3(BJ)/6-31G*）预优化，再上高点的级别的算优化和频率？
老师，气相中磺酸基会靠近，我是需要加溶剂化模型来解决吗？有些论文中加了CPCM
感谢老师的指点

作者
Author: sobereva 时间: 2022-12-1 04:01

wangzh 发表于 2022-11-30 11:52
老师您好！
按照您的意思是我必须进行构想搜索找到能量最低构型，然后上低级别（例如B3LYP-D3(BJ)/6-31G ...

磺酸基之间本来就会自发靠近，有什么可解决的
如果研究的溶剂环境，带上溶剂模型稳妥。Gaussian里绝对不要用CPCM，下文明确说了
谈谈隐式溶剂模型下溶解自由能和体系自由能的计算
http://sobereva.com/327（http://bbs.keinsci.com/thread-3345-1-1.html）

作者
Author: wangzh 时间: 2022-12-1 16:52

sobereva 发表于 2022-12-1 04:01
磺酸基之间本来就会自发靠近，有什么可解决的
如果研究的溶剂环境，带上溶剂模型稳妥。Gaussian里绝对不 ...

老师您好，我有些不懂了，按照你的意思是这个构型优化出来以后就是磺酸基靠近的样子，那我应该怎么得到论文中的样子呢？非常感谢您的指导！

作者
Author: wzkchem5 时间: 2022-12-1 17:41

wangzh 发表于 2022-12-1 09:52
老师您好，我有些不懂了，按照你的意思是这个构型优化出来以后就是磺酸基靠近的样子，那我应该怎么得到论 ...

sob老师已经说了，文献的方法不靠谱。要是一定想要重复文献的结果，那就只能是在明知这个方法不靠谱的情况下，用文献的泛函，且不加色散校正。但是这样没有意义

作者
Author: wangzh 时间: 2023-3-17 10:02

sobereva 发表于 2022-12-1 04:01
磺酸基之间本来就会自发靠近，有什么可解决的
如果研究的溶剂环境，带上溶剂模型稳妥。Gaussian里绝对不 ...

老师您好，如果这个萃取剂在有机相，比如煤油，1,2-二氯乙烷，磺酸基还是会自发靠近吗？感谢老师

作者
Author: 小云仔 时间: 2023-3-17 10:34
分子内相互作用是不可遏制的，你加什么溶剂都抵挡不了这种力量，跟溶剂种类没有关系。除非分子内某些部分带同种净电荷，比如同属阳离子基团或者同属阴离子基团，二者会相互排斥，否则但凡分子大一些并且又有一些柔性键，计算的结果一定是一个内缩的趋势。Gaussian给出的结果就是一个客观的结果，无论你想不想接受这个结果，像你给出的这种大分子一定会内缩，如果你的研究idea是建立在它不缩的基础上，那建议你放弃计算的结果，转而用某些文献支撑你的研究。

作者
Author: wangzh 时间: 2023-3-17 14:39
好的，感谢老师您的指导

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