计算化学公社

标题: 求助计算H2O和Zn的结合能的问题 [打印本页]

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Author: xiaobai1 时间: 2022-11-29 16:46
标题: 求助计算H2O和Zn的结合能的问题
请问各位老师，我在计算H2O和Zn的结合能时，先通过molclus确定了Zn-6H2O的初始构型后进行优化，我的想法是根据 EAB-EA-EB来确定结合能的大小，这里EAB我认为就是Zn-6H2O，然后算水的时候，我是重新生成了6个水的团簇构型并将优化后的作为初始构型，但是从优化的结果显示，6H2O的构型和Zn-6H2O中的水构型产生了很大的区别，不知道这样的优化结果是不是可信

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Author: wzkchem5 时间: 2022-11-29 17:16
本来就应该有很大区别，因为Zn和H2O的相互作用会改变H2O分子的取向

作者
Author: xiaobai1 时间: 2022-11-29 19:38

wzkchem5 发表于 2022-11-29 17:16
本来就应该有很大区别，因为Zn和H2O的相互作用会改变H2O分子的取向

嗯嗯好的老师，我现在的做法是水溶液体系里优化并得到各部分的自由能校正项，在def2TZVP基组下（也在水溶液体系里）计算各部分的单点能，然后在相加作差，老师我得第一个问题是这里的Zn是不是得在真空环境下计算，然后去算一个溶解自由能呢？其次我在算Zn和其他有机分子的结合能的时候，是不是拿掉1个H2O换成我的有机分子用同样的方法去得到结合能呢？谢谢老师

作者
Author: wzkchem5 时间: 2022-11-29 20:30

xiaobai1 发表于 2022-11-29 12:38
嗯嗯好的老师，我现在的做法是水溶液体系里优化并得到各部分的自由能校正项，在def2TZVP基组下（也在水溶 ...

首先，你要算的是Zn2+还是Zn原子？

作者
Author: chands 时间: 2022-11-29 21:08

wzkchem5 发表于 2022-11-29 17:16
本来就应该有很大区别，因为Zn和H2O的相互作用会改变H2O分子的取向

这个不太好处理啊，Zn2+的六水合物未必对称性很高，水分子之间说不定都有氢键，说不清是Zn2+和水分子的作用还是水分子之间的作用。

作者
Author: jiminfu 时间: 2022-11-30 00:18
根据 EAB-EA-EB来确定结合能的大小的算法没错，但是这里的EAB，EA，EB的定义是整个团簇下优化后整体和某个片段的单点能，EA，EB不是各自独立时候优化后的单点能，结合能的计算可以参考社长的http://sobereva.com/542

作者
Author: xiaobai1 时间: 2022-11-30 08:13

wzkchem5 发表于 2022-11-29 20:30
首先，你要算的是Zn2+还是Zn原子？

Zn2+

作者
Author: wzkchem5 时间: 2022-11-30 15:04

xiaobai1 发表于 2022-11-30 01:13
Zn2+

那一般只能算溶解自由能，或者气相里面的结合能。参见http://bbs.keinsci.com/forum.php ... =%BD%E1%BA%CF%C4%DC

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Author: xiaobai1 时间: 2022-11-30 16:27

wzkchem5 发表于 2022-11-30 15:04
那一般只能算溶解自由能，或者气相里面的结合能。参见http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread& ...

老师您好，我大概看了下那篇帖子，我也是想比较我的几个有机小分子和Zn2+的结合能力强弱，帖子里提到了用真空下的结合能作为评判标准，这里的话我的单个Zn+还需要opt+freq来得到自由能校正项吗，还是直接在高精度下计算单点能作为E（Zn2+）就可以了

作者
Author: wzkchem5 时间: 2022-11-30 17:18

xiaobai1 发表于 2022-11-30 09:27
老师您好，我大概看了下那篇帖子，我也是想比较我的几个有机小分子和Zn2+的结合能力强弱，帖子里提到了用 ...

不需要opt。自由能校正项需要算，因为即使是单原子离子，自由能校正项也不是0，只不过转动、振动贡献为0而已。
当然如果只关心结合能的相对大小，那么Zn2+这边即使不加自由能校正项也不影响结论，但问题是算出来的量就不能叫结合自由能了。

作者
Author: xiaobai1 时间: 2022-12-1 08:47
本帖最后由 xiaobai1 于 2022-12-1 08:51 编辑

wzkchem5 发表于 2022-11-30 17:18
不需要opt。自由能校正项需要算，因为即使是单原子离子，自由能校正项也不是0，只不过转动、振动贡献为0 ...

好的老师，那再计算高精度电子能的时候还需要用混合基组吗？我现在算高精度电子能的时候，对一般的C H O用的是M062X/6-311++g(d,p),Zn的话用了M062X/def2TZVP，不知道这样是否可行

作者
Author: wzkchem5 时间: 2022-12-1 15:09

xiaobai1 发表于 2022-12-1 01:47
好的老师，那再计算高精度电子能的时候还需要用混合基组吗？我现在算高精度电子能的时候，对一般的C H O ...

可以，但注意不要加不必要的弥散函数

作者
Author: xiaobai1 时间: 2022-12-2 10:14

wzkchem5 发表于 2022-12-1 15:09
可以，但注意不要加不必要的弥散函数

好的谢谢老师

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