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标题: 尝试各种方法也跳不出能量震荡的坑 [打印本页]

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Author: xiaowandouer 时间: 2016-5-31 18:37
标题: 尝试各种方法也跳不出能量震荡的坑
在优化一个过渡态，这个过渡态是用柔性扫描的方法找到的，根据扫描的过程判断这个过渡态极有可能是对的，但取出构型优化的时候，能量一直在震荡，一直，一直，一直~~~~~~~~~~~~~~~~~~

我尝试了Sobereva在这篇文章中提到的很多方法，http://sobereva.com/164
包括微调构型，减小步长，notrust固定步长，改变opt算法为rfo，gdiis，增加积分格点，也尝试了另外一种泛函，因为体系比较大，所以基组仅加极化做了尝试，以上这所有的方法都不奏效，连calcall都试了，还是震荡震荡震荡！举其中一个例子，收敛到这种程度：
      Item             Value    Threshold  Converged?
Maximum Force          0.006465    0.000450    NO
RMS    Force          0.000361    0.000300    NO
Maximum Displacement    0.065134    0.001800    NO
RMS    Displacement    0.006255    0.001200    NO

我得有多幸运才遇上这样一个重症作业啊！现在不知道该怎么办了，谁还有高招？

作者
Author: liyuanhe211 时间: 2016-5-31 19:08
传个输出看一眼体系长什么样

作者
Author: 冰释之川 时间: 2016-5-31 19:16
多换几种泛函试试看

作者
Author: sobereva 时间: 2016-5-31 21:00
把calcall,maxstep=5,notrust结合int=ultrafine跑出来的输出文件上传一看就知道了，语言说不清楚。

作者
Author: xiaowandouer 时间: 2016-6-1 08:55

sobereva 发表于 2016-5-31 21:00
把calcall,maxstep=5,notrust结合int=ultrafine跑出来的输出文件上传一看就知道了，语言说不清楚。

恩，作业已提交，待有输出，我来上传。

作者
Author: xiaowandouer 时间: 2016-6-1 08:56

冰释之川发表于 2016-5-31 19:16
多换几种泛函试试看

正在尝试，希望有结果啊

作者
Author: xiaowandouer 时间: 2016-6-1 09:00

liyuanhe211 发表于 2016-5-31 19:08
传个输出看一眼体系长什么样

输出来了，帮忙医治下

作者
Author: sobereva 时间: 2016-6-1 09:12

xiaowandouer 发表于 2016-6-1 09:00
输出来了，帮忙医治下

#p opt=(calcfc,ts,noeigent,maxcycl=100) freq=noraman ub3lyp/genecp emp
iricaldispersion=gd2 temperature=243.15 scrf=(cpcm,solvent=acetonitril
e) nosymm scf=(xqc,maxcycl=300) geom=check guess=read gfinput gfoldpri
nt pop=spinnatural iop(6/7=3,1/8=5)

你这关键词写得看着简直要吐血
#p opt(calcfc,ts,noeigen) B3LYP/genecp scrf=solvent=acetonitrile就完了，之后该加什么关键词再说

TS找不出来明显是初猜不合理。明显看到乙烯在那里晃悠，显然是跑到极小点附近了。

作者
Author: xiaowandouer 时间: 2016-6-1 09:53

sobereva 发表于 2016-6-1 09:12
#p opt=(calcfc,ts,noeigent,maxcycl=100) freq=noraman ub3lyp/genecp emp
iricaldispersion=gd2 tem ...

这个初猜是基于scan的结果，我自己也有尝试调整结构构建初猜，但结果均不理想

作者
Author: nkallwar 时间: 2016-6-2 22:29

xiaowandouer 发表于 2016-6-1 09:53
这个初猜是基于scan的结果，我自己也有尝试调整结构构建初猜，但结果均不理想

你这是个什么反应？烯烃环氧化吗？

作者
Author: xiaowandouer 时间: 2016-6-3 14:20

nkallwar 发表于 2016-6-2 22:29
你这是个什么反应？烯烃环氧化吗？

对的。

作者
Author: xiaowandouer 时间: 2016-6-3 14:22
最新的情况是，我换成别的泛函之后，找到TS，但换回我原来的泛函，能量依然震荡

作者
Author: nkallwar 时间: 2016-6-3 16:30

xiaowandouer 发表于 2016-6-3 14:22
最新的情况是，我换成别的泛函之后，找到TS，但换回我原来的泛函，能量依然震荡

用什么泛函找到的？能把结果发上来看看吗？你原来的结构感觉更接近反应的起始物

作者
Author: xiaowandouer 时间: 2016-6-4 14:59

nkallwar 发表于 2016-6-3 16:30
用什么泛函找到的？能把结果发上来看看吗？你原来的结构感觉更接近反应的起始物

B97D，没加色散矫正。

作者
Author: sobereva 时间: 2016-6-5 00:36

xiaowandouer 发表于 2016-6-4 14:59
B97D，没加色散矫正。

何来没加色散校正？B97D的D本身就是DFT-D2色散校正
基于B97D找到TS重算的时候用B3LYP加零阻尼D3校正，并且步长上限改为2再试。

作者
Author: xiaowandouer 时间: 2016-6-6 09:50

sobereva 发表于 2016-6-5 00:36
何来没加色散校正？B97D的D本身就是DFT-D2色散校正
基于B97D找到TS重算的时候用B3LYP加零阻尼D3校正， ...

汗。。。。。。思维定式，见笑了

我再试试您说的方法

另外，您之前提到的“把calcall,maxstep=5,notrust结合int=ultrafine跑出来的输出文件上传一看就知道了”，我也试了，能量还是震荡的。

作者
Author: xiaowandouer 时间: 2016-6-7 14:40

sobereva 发表于 2016-6-5 00:36
何来没加色散校正？B97D的D本身就是DFT-D2色散校正
基于B97D找到TS重算的时候用B3LYP加零阻尼D3校正， ...

这是B3LYP加零阻尼D3校正，步长限为2的结果，还是不行

作者
Author: sobereva 时间: 2016-6-7 14:52

xiaowandouer 发表于 2016-6-7 14:40
这是B3LYP加零阻尼D3校正，步长限为2的结果，还是不行

基于B97D的结构用M062X试试

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