计算化学公社

标题: 求助细胞膜法线上的自由体积分布计算问题 [打印本页]

作者
Author: 熊小熊 时间: 2022-11-30 11:55
标题: 求助细胞膜法线上的自由体积分布计算问题
大家好，我想请教一个关于自由体积计算得问题。
首先我所做的体系是细胞膜体系，我想计算沿膜法线上的自由体积分布，但是GROMACS本身只能计算时间关系上的自由体积变化，所以我想请问以下计算沿膜法线即Z方向上的自由体积分布，有什么好的方法吗？因为我对代码不懂，所以想求得一个比较好的方法，谢谢大家!

作者
Author: sobereva 时间: 2022-12-1 06:39
下文的例子介绍了怎么计算整个空间的自由体积
使用Multiwfn计算晶体结构中自由区域的体积、图形化展现自由区域
http://sobereva.com/617（http://bbs.keinsci.com/thread-25241-1-1.html）

参考下文，写个脚本，依靠上文介绍的功能依次每次计算一个薄层的自由体积就能实现目的。计算每个薄层时恰当定义计算区域的原点和边长即可
详谈Multiwfn的命令行方式运行和批量运行的方法
http://sobereva.com/612（http://bbs.keinsci.com/thread-24929-1-1.html）

如果计算的帧数不多还好。如果计算的帧数很多，可能会很耗时，应考虑是否能通过别的做法实现类似最终目的，比如用gmx density计算密度分布曲线。

作者
Author: 熊小熊 时间: 2022-12-1 14:08

sobereva 发表于 2022-12-1 06:39
下文的例子介绍了怎么计算整个空间的自由体积
使用Multiwfn计算晶体结构中自由区域的体积、图形化展现自由 ...

好勒，谢谢老师!

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