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标题: 通过VMD的tcl脚本可以实现特定化学键成键，而其他键不成键嘛？ [打印本页]

作者
Author: sigusigu 时间: 2022-11-30 12:44
标题: 通过VMD的tcl脚本可以实现特定化学键成键，而其他键不成键嘛？
最近在做黏土矿物纳米孔隙内流体行为分析，其中黏土矿物为伊利石，采用ClayFF力场，该力场的成键作用只考虑OH，其他Al-O和Si-O都视为不存在。在这种情况下如果使用VMD的guessbonds命令则会生成所有的化学键，但是除了OH外其他的键都不需要，如何指定只生成OH呢？
通过tcl脚本能实现嘛？还是通过Python脚本才能实现这种操作？

作者
Author: 乐平 时间: 2022-11-30 19:50
看你的描述，是希望用 VMD 显示轨迹文件里的某些化学键（比如 O-H 键），而不显示另一些化学键（比如 Al-O, Si-O 键）？

其实不需要 Tcl 语言，只用设置显示的样式就行了。

在 VMD 主界面的菜单栏上点击 “Graphics” ——> “Representations” 。在弹出的对话框中如下设置
(, 下载次数 Times of downloads: 19)

简单地说，就是将原始图层用 VDW 显示，可以调节半径到你喜欢的大小。然后新建一个图层，如红框所示，选择你关注的 O H （name O H），然后将显示方法改为 Dynamic Bonds，然后设置合适的 Distance Cutoff 值（即显示为成键的范围）。

作者
Author: sigusigu 时间: 2022-11-30 22:17

乐平发表于 2022-11-30 19:50
看你的描述，是希望用 VMD 显示轨迹文件里的某些化学键（比如 O-H 键），而不显示另一些化学键（比如 Al-O, ...

我这个不是显示轨迹文件，是想通过VMD生成lammps的data文件。研究方向是纳米孔隙内的流体行为。建模流程是：作为纳米孔的伊利石在MS里面建模，然后导出的pdb文件，通过packmol在里面填充流体分子，导出整体伊利石+流体分子的pdb文件，然后再VMD中生成包含键、角、二面角信息的data文件，但是使用guessbond的话，就生成所有的化学键了，而要用的伊利石力场又要求只考虑OH的成键作用，就很纠结...

作者
Author: sobereva 时间: 2022-12-1 06:31
得自己写VMD tcl脚本

作者
Author: sigusigu 时间: 2022-12-1 09:41

sobereva 发表于 2022-12-1 06:31
得自己写VMD tcl脚本

好的，感谢站长大大，我去学习一下tcl命令，之前不太确定能不能用tcl做这个，怕白学了

。我准备参考下面这个tcl脚本：http://bbs.keinsci.com/thread-4753-1-1.html

作者
Author: sigusigu 时间: 2022-12-1 20:31

sobereva 发表于 2022-12-1 06:31
得自己写VMD tcl脚本

站长！我遇到了一个小问题，我今天学习了一下tcl命令，按照我的需求编译了一下：
topo clearbonds
topo clearangles
set ilist [[atomselect top "name OH"] get index]; #select O of OH
foreach i $ilist {
set j [atomselect top "name HO and within 2 of index $i"];
set k [atomselect top "name Al and within 2 of index $i"];
topo addbond [$j get index] $i -bondtype 1;
topo addangle [$k get index] $i [$j get index] 2;
}
但是VMD报错为expected integer but got "69 71"
逐句排查了一下，发现如果不涉及变量k，能正确形成OH键，所以问题应该出在set k [atomselect top "name Al and within 2 of index $i"];或者topo addangle [$k get index] $i [$j get index] 2; 但是这句话很简洁而且我也找不出问题，希望您指点一下！[img][/img]

作者
Author: sigusigu 时间: 2022-12-2 09:20

sobereva 发表于 2022-12-1 06:31
得自己写VMD tcl脚本

站长，问题已解决，我是在晶胞里给给上下两个对称Al元素定义了不同的type（Al1，Al2），然后就不会一起被选中了。

作者
Author: sigusigu 时间: 2022-12-8 21:04
更新一下，其实给Al元素定义不同type的话也不太能解决问题，最后发现通过以下代码能实现基本功能，给大家参考一下。
set OH [[atomselect top "type OH"] get index];
foreach i $OH {
set j [atomselect top "type HO and within 2 of index $i"];
topo addbond [$j get index] $i;
}

set Al [[atomselect top "type Al"] get index];
set HO [[atomselect top "type HO"] get index];
foreach k $OH {foreach l $HO {foreach m $Al {
set dist1 [measure bond "$m $k"]
set dist2 [measure bond "$l $k"]
if {($dist1<2)&&($dist2<2)} {topo addangle $k $l $m}
}}}

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