计算化学公社

标题: VMD统计氢键数量——氢键饱和性的问题 [打印本页]

作者
Author: 吞木木 时间: 2022-12-1 16:06
标题: VMD统计氢键数量——氢键饱和性的问题
本帖最后由吞木木于 2022-12-1 16:06 编辑

在使用VMD的H键统计小工具的时候，设置氢键的长度为3.5埃，角度为35°，但是这样最后统计出来的结果不满足氢键的饱和性，就是一个H原子可能被统计的时候形成了两个氢键，如下图。我想问下大家这种情况应该怎么避免啊？
(, 下载次数 Times of downloads: 7) (, 下载次数 Times of downloads: 7)

作者
Author: sobereva 时间: 2022-12-2 02:57
MD过程中瞬时一个氢形成两个氢键（满足几何判据）是非常正常的事，没什么可避免的

作者
Author: 吞木木 时间: 2022-12-2 07:54

sobereva 发表于 2022-12-2 02:57
MD过程中瞬时一个氢形成两个氢键（满足几何判据）是非常正常的事，没什么可避免的

好嘞，谢谢社长的恢复

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)