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标题: 已解决：多肽的itp文件能根据pdb2gmx的结果手写吗？ [打印本页]

作者
Author: wyfgg 时间: 2022-12-1 20:02
标题: 已解决：多肽的itp文件能根据pdb2gmx的结果手写吗？
本帖最后由 wyfgg 于 2022-12-2 11:49 编辑

老师们好！我想使用Gromacs中的gmx rdf模块研究polymer中多肽的分布，因此我可能需要在一个盒子中重复放置多条多肽分子，我的思路是这样的：首先使用Packmol建立包含多条重复多肽和polymer的盒子，editconf转换为gro；
然后采用以下两种方案：
方案1、手写多肽的itp文件，并#include进体系的top文件，进行MD；

方案2、pdb2gmx得到蛋白top文件，直接修改top文件中蛋白链数量为Packmol建模数量，进行MD。
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我去试一下方案2，先在这里请教一下方案1中多肽itp怎么手写

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方案2更新
(, 下载次数 Times of downloads: 5)
Packmol-editconf生成的gro原子顺序一致，但是pdb2gmx生成的topol.top原子顺序根据主链方向来的。。。看起来只能手动调整gro文件中的原子顺序？

作者
Author: sobereva 时间: 2022-12-2 03:59
方案1明显是下策，而且谁也不知道你想怎么手写

显然应当用方案2。pdb2gmx处理完单个多肽后会给你新的结构文件，用那个文件作为packmol建模的单体的结构文件，才能确保拓扑文件和结构文件里原子顺序绝对对应。

作者
Author: wyfgg 时间: 2022-12-2 11:50

sobereva 发表于 2022-12-2 03:59
方案1明显是下策，而且谁也不知道你想怎么手写

显然应当用方案2。pdb2gmx处理完单个多肽后会给你新的结 ...

感谢Sob老师！您的方案太棒了！

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