计算化学公社

标题: 利用MS中Forcite模块进行几何优化时Algorithm如何选择？ [打印本页]

作者
Author: tjyjy 时间: 2022-12-1 21:07
标题: 利用MS中Forcite模块进行几何优化时Algorithm如何选择？
我研究的体系是分子量在1000~20000间的一系列有机分子（8种），想请问大家利用MS中Forcite模块对其进行几何优化时，Algorithm如何选择？
看了我这个领域有关计算的文献，大家进行几何优化通常选的是Smart，所以我平常进行几何优化时，都是直接选择的Smart。今天试选了一下其他的方法，发现选择Quasi-Newton方法后最后优化所得的total energy最低，我是否可以对于我所设计的一系列有机分子都用这种方法呢？还是说对于每一种分子都可以用所有的algorithm算一下，取total energy最小的作为我的计算结果呢？

作者
Author: sobereva 时间: 2022-12-2 05:27
不要说分子量，一律说原子数。分子量对于计算化学没有意义

不管smart还是准牛顿法，都是优化局部极小点的算法，绝不代表对某个体系用其中一个算法得到的能量更低就说明这个方法更好，因为很有可能只是因为巧合这个算法相对于另一个算法优化到了能量更低的极小点。另外，还要考虑收敛限、迭代次数上限等原因，要从原理上正确理解结果。

把各种局部优化算法都试一遍毫无意义。要明白什么叫构象搜索，仔细看：
构型和构象搜索程序Molclus主页：http://www.keinsci.com/research/molclus.html
使用molclus程序做团簇构型搜索和分子构象搜索
http://bbs.keinsci.com/thread-577-1-1.html
gentor：扫描方式做分子构象搜索的便捷工具
http://bbs.keinsci.com/thread-2388-1-1.html
将Confab或Frog2与Molclus联用对有机体系做构象搜索
http://bbs.keinsci.com/thread-20063-1-1.html
使用Molclus结合xtb做的动力学模拟对瑞德西韦(Remdesivir)做构象搜索
http://bbs.keinsci.com/thread-16255-1-1.html

作者
Author: tjyjy 时间: 2022-12-2 09:51

sobereva 发表于 2022-12-2 05:27
不要说分子量，一律说原子数。分子量对于计算化学没有意义

不管smart还是准牛顿法，都是优化局部极小点 ...

收到，谢谢老师。我仔细学习下您分享的文章。

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