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标题: 求助：gromacs小分子有机盐吸附固体表面问题求助,分子吸附不到固体表面 [打印本页]

作者
Author: wangwenfei 时间: 2022-12-1 21:21
标题: 求助：gromacs小分子有机盐吸附固体表面问题求助,分子吸附不到固体表面
本帖最后由 wangwenfei 于 2022-12-1 21:26 编辑

我想做一个小分子有机盐（黄原酸钠，—C(=S)SNa，简称黄药）在水溶液中吸附固体表面（黄铁矿FeS2矿物表面，元素为S和Fe）的分子动力学，作用机理主要是两个带负电的S与固体表面的带正电的Fe作用，类似形成一个四元环，现在遇到一个问题，我的吸附分子一直在水中运动，固体表面对吸附分子并没有什么吸引力，吸附分子和固体表面的输入文件都是基于sobtop产生的，附上我的各个文件（都是在水环境跑的，为了清楚观察没有展示水）。不知道有没有描述清楚，请各位老师不吝赐教，谢谢。

作者
Author: sobereva 时间: 2022-12-2 03:53
仅仅通过原子电荷描述静电相互作用的话，相对于水，黄原酸根对Fe的结合占不到什么便宜，从硫原子和水中的氧原子的原子电荷数值上便知。
如果你确信吸附应当是会发生的，可能需要跑从头算动力学才能展现出来黄原酸根在吸附上的优势（以体现S和O的配位能力的差异）

作者
Author: wangwenfei 时间: 2022-12-2 08:31

sobereva 发表于 2022-12-2 03:53
仅仅通过原子电荷描述静电相互作用的话，相对于水，黄原酸根对Fe的结合占不到什么便宜，从硫原子和水中的氧 ...

谢谢社长，我现在确认吸附是可以发生的，但至于您说的从头开始算动力学是什么意思

作者
Author: sobereva 时间: 2022-12-2 08:39

wangwenfei 发表于 2022-12-2 08:31
谢谢社长，我现在确认吸附是可以发生的，但至于您说的从头开始算动力学是什么意思

那叫从头算动力学，别脑补成什么“从头开始算动力学”
论坛首页google框自己搜，好好看此文
在网上求助计算化学问题时的注意事项
http://sobereva.com/79（http://bbs.keinsci.com/thread-57-1-1.html）

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