计算化学公社

标题: 首发！将带有MPI支持的Rosetta打包成Docker和Singularity镜像 [打印本页]

作者
Author: Diazepam 时间: 2022-12-2 10:35
标题: 首发！将带有MPI支持的Rosetta打包成Docker和Singularity镜像
本帖最后由 Diazepam 于 2022-12-2 10:46 编辑

大家好！最近在尝试学习 Rosetta 的时候遇到了非常多的问题，例如依赖缺失和环境变量污染、构建失败、构建好的包难以迁移、在本地机器上编译时间过久... 遂尝试将 Rosetta 打包进 Docker 和 Singularity，旨在以快速优雅的方式解决上述问题。废话不多说，项目地址在此：https://github.com/Metaphorme/Rosetta2Go
本项目具有一下特色：
1. 基于 Alpine 制作，镜像体积较 ubuntu 制作的镜像小1Gb左右；
2. 全架构支持，适用于各种 cpu 和指令集；
3. Open MPI 支持，原生并行运算；
4. 生成镜像可快速分发，一键部署/安装，无启动延迟，性能损失低；
5. 自动配置环境变量，不污染本地环境；
5. 原生 Docker 构建脚本，原生 Singularity 构建脚本，经过性能调优；
6. 可通过 Github Actions 远程调试/构建，自动上传镜像，一键上云，无需本地编译；
7. MIT许可；
8. 详细的文档

注意：由于 Rosetta 许可证的问题，我没有分发镜像的权限，所以烦请大家根据构建指南本地编译或利用 Github Actions 编译。

欢迎各位同仁使用、测评，提出宝贵的意见和分享使用中遇到的bug（最好发issue，论坛不常看），烦请各位批评指正。如果您觉得这个项目对您有帮助，还希望您可以将本项目推送给您的同事。如果您有余力，欢迎您为项目的完善做出贡献！您的star是我努力更新的动力！

感谢@Chris——szk 提出的宝贵意见和测试，我们共同完成了这个项目的基础工作。

作者
Author: Diazepam 时间: 2022-12-2 10:38
目前已知问题：利用 Github Actions 构建 Docker 镜像时没有足够的时间（因为有六小时的限制）上传至 GoFile，构建 Singularity 镜像时有足够的时间上传。
我想希望通过 rclone 上传至个人网盘去解决这个问题，各位有更好的解决方案吗？

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)