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标题: 求助：计算负电离子与负电官能团之间的排斥能 [打印本页]

作者
Author: YZH_jesse 时间: 2022-12-2 14:52
标题: 求助：计算负电离子与负电官能团之间的排斥能
各位老师：

我在尝试计算一个带有磺酸根的有机分子和碘离子之间的结合能（溶液环境），优化过程中观察到碘原子和磺酸根上氧原子之间的距离明显偏离合理状态，结合能的结果感觉也很离谱。

以下是优化之后的结构（体系带四个负电荷）；VESTA中默认的I-O键判据为0.247646 nm，因此显示了I-O键。
(, 下载次数 Times of downloads: 10) 图1. 磺酸根-碘离子优化结构，优化后计算得到的结合能数值为 -2.44 eV

参考论坛上相似的问题http://bbs.keinsci.com/thread-33748-1-1.html；http://bbs.keinsci.com/thread-23302-1-1.html；http://bbs.keinsci.com/thread-21576-1-1.html，我的建模过程其实完全没有考虑到磺酸根和碘离子在溶液中额外获得一个负电荷的情况（因此它实际上可能是一个假中性的环境），于是我根据wzkchem5老师的建议向体系中加入了抗衡阳离子（钠离子）：

以下是加入抗衡阳离子优化之后的结构：
(, 下载次数 Times of downloads: 12) 图2. 磺酸根-碘离子-钠离子优化结构，优化后计算结合能数值为 -1.36 eV

碘离子与磺酸根之间的距离有明显增加，但结合能的数值还是比较大，感觉上并没有体现到碘离子和磺酸根之间的静电排斥。

问题：该如何计算磺酸根和碘离子在溶液中的静电排斥能呢？

PS：1. 结合能的计算参考了Sob老师的ppt：E_AB = E_ABC - E_BC - E_AC + E_C (存在另一个物质时两个分子间相互作用能的计算)
2. 暂时没有使用Gaussian是因为后续会加入周期性的结构

感谢各位老师！

以下为INCAR文件：

ISTART = 0 # do not read wavecar information
ICHARG = 2 # generate electronic information by initial guessing
ENCUT = 450 # cutoff energy
ISMEAR = 0
SIGMA = 0.1
ALGO = Fast # mixture of Davidson and RMM-DllS algorithms
EDIFF = 1E-4 # the global break condition for the electronic SC-loop
GGA = PE # pseudopotential PAW-GGA-PBE
ISIF = 0 # cell shape: no; cell volume: no; positions: yes
EDIFFG = -0.02 # the relaxation is stopped when the norms of all the forces are smaller than |EDIFFG|
NSW = 500 # maximum number of ionic steps (maximum optimization steps)
IBRION = 2 # ionic relaxation (conjugate gradient algorithm)
IVDW = 11 # Dispersion correction DFT-D3
LWAVE = .FALSE.
LCHARG = .FALSE.
LREAL = Auto
NCORE = 16 # vasp strongly urge to set /# of cores per compute node

复制代码

采用 1 × 1 × 1 Gamma中心的K点文件；POTCAR文件中采用的是官网推荐的C、H、O、N、I赝势文件；

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