计算化学公社

标题: 关于计算wannier 轨道中心的问题 [打印本页]

作者
Author: Lyy1 时间: 2022-12-4 21:52
标题: 关于计算wannier 轨道中心的问题
本帖最后由 Lyy1 于 2022-12-4 21:56 编辑

请问一下老师，我的体系是向碳笼里注入一个过剩电子和一个原子，通过cp2k跑动力学。想看整个运动过程中somo的wannier轨道中心(WOC)的变化。我仿照官网给出的计算wannier轨道的例子，提出某一个点进行计算后也输出了轨道中心的xyz。拖入vmd里发现除了原本的碳笼，又多了好几个对称分布的片段如下图。请问老师这个wannier轨道中心是应该看哪里呢。[attach]60069[/attach]

作者
Author: sobereva 时间: 2022-12-5 01:52
把盒子边框显示出来，弄清楚是否是因为周期性之类原因

按下文用CP2K产生molden文件，之后用下文说的Multiwfn的轨道定域化功能也同样可以得到相同的信息，如果嫌CP2K此功能不好用就没必要用
详谈使用CP2K产生给Multiwfn用的molden格式的波函数文件
http://sobereva.com/651（http://bbs.keinsci.com/thread-31827-1-1.html）
Multiwfn的轨道定域化功能的使用以及与NBO、AdNDP分析的对比
http://sobereva.com/380（http://bbs.keinsci.com/thread-6053-1-1.html）

Multiwfn也同样可以给出特定轨道的质心位置，用起来极其方便，没必要非得用CP2K的功能。看
使用Multiwfn考察轨道间重叠程度和质心距离
http://sobereva.com/371（http://bbs.keinsci.com/thread-5596-1-1.html）

这种体系的AIMD也没必要非得用CP2K，按下文用ORCA是更好的选择。
使用ORCA做从头算动力学(AIMD)的简单例子
http://sobereva.com/576（http://bbs.keinsci.com/thread-20800-1-1.html）

Multiwfn同样可以基于ORCA做动力学产生的各帧的molden文件做以上分析。按下文自己写个脚本就可以结合Multiwfn批量处理，下文里有Multiwfn结合ORCA考察自旋密度变化的例子，看“考察自旋密度等值面图随模拟时间的变化”部分
详谈Multiwfn的命令行方式运行和批量运行的方法
http://sobereva.com/612（http://bbs.keinsci.com/thread-24929-1-1.html）

作者
Author: Lyy1 时间: 2022-12-5 10:41

sobereva 发表于 2022-12-5 01:52
把盒子边框显示出来，弄清楚是否是因为周期性之类原因

按下文用CP2K产生molden文件，之后用下文说的Mult ...

收到，谢谢老师

作者
Author: Lyy1 时间: 2022-12-19 17:45
本帖最后由 Lyy1 于 2022-12-19 18:24 编辑

老师您好，还是这个体系，想观察整个动力学过程中过剩电子分布的情况，以得出过剩电子与加入笼内的原子二者之间的关系。
之前是等时间取某一范围内的点拖入VMD看他的电子密度图的变化，但是展示的角度对观察电子分布也有影响所以感觉这种方法模糊。然后也考虑过计算电子密度的径向分布函数，但是这样子要画几十个函数图感觉图会乱乱的，所以请问老师还有没有什么其他的定量或者半定量的方法可以指示出整个动力学过程中过剩电子变化从而反映出电子与笼内的这个原子俩者之间的关系呢？

作者
Author: Lyy1 时间: 2022-12-21 21:54
本帖最后由 Lyy1 于 2022-12-21 21:59 编辑

sobereva 发表于 2022-12-5 01:52
把盒子边框显示出来，弄清楚是否是因为周期性之类原因

按下文用CP2K产生molden文件，之后用下文说的Mult ...

老师您好，请问一下老师还是这个体系，基于cp2k输出的molden文件，拖入Multiwfn内想算几个点的电子径向分布函数，结果如下图，请问老师这是因为什么呢？

作者
Author: sobereva 时间: 2022-12-23 21:48

Lyy1 发表于 2022-12-19 17:45
老师您好，还是这个体系，想观察整个动力学过程中过剩电子分布的情况，以得出过剩电子与加入笼内的原子二者 ...

直接画自旋密度就完了

作者
Author: sobereva 时间: 2022-12-23 22:01

Lyy1 发表于 2022-12-21 21:54
老师您好，请问一下老师还是这个体系，基于cp2k输出的molden文件，拖入Multiwfn内想算几个点的电子径向分 ...

搞清楚当前体系的位置在哪。进主功能0一看就知道(0,0,0)根本不在球心位置，显然你用Multiwfn的这个功能必须先选选项2把中心设在球心位置
(, 下载次数 Times of downloads: 11)

进Multiwfn的主功能100的子功能22，可以对选定的原子直接计算出几何中心的位置

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