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标题: 为什么用molclus结合xtb做构象搜索,没有找到构象 [打印本页]

作者
Author:
HuangYiF    时间: 2022-12-5 09:03
标题: 为什么用molclus结合xtb做构象搜索,没有找到构象
我用结构式通过chem3d转为立体结构后,然后通过用molclus结合xtb做构象搜索,但最终搜索出来的结果却与从pubchem上下载的构象不同,但搜索出来的结果已经能量最小,且没有虚频,这是为什么呢?我想询问一下可能的原因

作者
Author:
sobereva    时间: 2022-12-5 09:46
你把pubchem上的结构当成真理?
仔细看此文
实验测定分子结构的方法以及将实验结构用于量子化学计算需要注意的问题
http://sobereva.com/569
最后再顺带说一下,网上有一些分子库,比如pubchem、chemspider等等,里面能直接下载分子结构文件。大家千万别随便下下来就用、甚至以为那就是真实结构。网上的一些分子结构文件如果没注明来源的话,很有可能只是根据分子的二维结构通过CORINA等等简单、经验的算法自动构建的,不仅不是什么真实结构,还非常粗糙,对于成键方式特殊的体系可能跟真实结构差异巨大。





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