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标题: 求助：Turbomole程序中基函数球谐部分的存放顺序 [打印本页]

作者
Author: wangyongchaocc 时间: 2022-12-8 10:58
标题: 求助：Turbomole程序中基函数球谐部分的存放顺序
本帖最后由 wangyongchaocc 于 2022-12-8 10:58 编辑

最近需要读Turbomole程序输出的分子轨道（MO系数存在mos或者alpha/beta文件中），调用外部积分库计算一些量。为此需要知道Turbomole程序输出的MO系数中基函数球谐部分的存放顺序，请问大家有知道这一信息的吗，谢谢！

作者
Author: sobereva 时间: 2022-12-8 11:53
如果是输出molden文件，格式定义了确切的顺序：https://www.theochem.ru.nl/molden/molden_format.html
对于其它的输出文件，也可以用简单体系，和输出顺序已知的程序得到的系数对照一下来判断

作者
Author: wangyongchaocc 时间: 2022-12-8 16:08

sobereva 发表于 2022-12-8 11:53
如果是输出molden文件，格式定义了确切的顺序：https://www.theochem.ru.nl/molden/molden_format.html
对 ...

好的，非常感谢您！

作者
Author: zjxitcc 时间: 2024-2-20 17:40
本帖最后由 zjxitcc 于 2024-2-20 19:17 编辑

提醒一下，molden文件强烈依赖于产生其的量化程序，经常不遵循molden标准，因此molden文件现在虽然看似通用，但其实有点“一团糟”，普通用户难以获知传的东西是否严格正确。

Turbomole的轨道可以放在好几处，最常见的是mos文件，其5个球谐函数与Gaussian的除了顺序不对应外，有的还相差一个负号，详见MOKIT代码
https://gitlab.com/jxzou/mokit/- ... ref_type=heads#L982
如果你的AO单/双电子积分与Turbomole的角动量顺序不对应，或者相差一个（些）负号，那么运算结果是不对的。

当然，也可以不用了解这些，直接使用MOKIT的fch2tm和molden2fch小程序传轨道，前者从fch文件产生control和mos文件，后者将Turbomole的molden文件转化为fch文件，例子见http://bbs.keinsci.com/forum.php ... 281430&fromuid=2632。fch文件格式大家是很标准统一的。这样也便于你使用fch文件进行波函数分析，或者进一步传轨道给其他程序。

MOKIT的molden2fch小程序特地区分了不同的量化程序，例如

molden2fch a.molden -orca
molden2fch a.molden -tm

复制代码

作者
Author: wangyongchaocc 时间: 2025-4-25 16:57

zjxitcc 发表于 2024-2-20 17:40
提醒一下，molden文件强烈依赖于产生其的量化程序，经常不遵循molden标准，因此molden文件现在虽然看似通用 ...

谢谢！我试一下这个功能~

作者
Author: wangyongchaocc 时间: 2025-4-25 17:29

zjxitcc 发表于 2024-2-20 17:40
提醒一下，molden文件强烈依赖于产生其的量化程序，经常不遵循molden标准，因此molden文件现在虽然看似通用 ...

conda安装的话bin文件夹里好像没有fch2tm和molden2fch欸

作者
Author: zjxitcc 时间: 2025-4-25 18:03

wangyongchaocc 发表于 2025-4-25 17:29
conda安装的话bin文件夹里好像没有fch2tm和molden2fch欸

可能是您安装的MOKIT版本过低，可以运行automr --version查看版本号和日期。MOKIT自v1.2.6rc23 Feb 19, 2024开始有fch2tm和molden2fch小程序（当然，更建议您使用当前最新版本MOKIT）

作者
Author: wangyongchaocc 时间: 2025-4-26 11:35
conda update升级后确实可以，谢谢您！

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