计算化学公社

标题: 求助：使用acpype生成小分子的拓扑文件时显示permission denied [打印本页]

作者
Author: wyxlfw 时间: 2022-12-6 21:32
标题: 求助：使用acpype生成小分子的拓扑文件时显示permission denied
本帖最后由 wyxlfw 于 2022-12-10 23:56 编辑

在acpepy形成小分子的拓扑文件时，出现permission denied，也输入chomd+x...了还是出现permission denied，求助老师该如何处理？

作者
Author: 牧生 时间: 2022-12-6 21:49
http://sobereva.com/soft/Sobtop/

有了汽车，还想啥自行车

作者
Author: uu4 时间: 2022-12-6 22:13
改权限的时候好像没有改好，你试试重新改一下，u+x应该就可以，不行再加上w和r试试

作者
Author: wyxlfw 时间: 2022-12-6 22:21

uu4 发表于 2022-12-6 22:13
改权限的时候好像没有改好，你试试重新改一下，u+x应该就可以，不行再加上w和r试试

我都试过了都不行

作者
Author: wyxlfw 时间: 2022-12-6 22:57

牧生发表于 2022-12-6 21:49
http://sobereva.com/soft/Sobtop/

有了汽车，还想啥自行车

老师，我在生成蛋白质拓扑文件时遇到了说我的支链上有错误，该如何解决呢

作者
Author: wyxlfw 时间: 2022-12-6 23:03

作者
Author: sobereva 时间: 2022-12-7 00:18

wyxlfw 发表于 2022-12-6 23:03

图片上传方式不对
少写的内容直接在原先回帖基础上重新编辑，不要重新发额外的回帖

作者
Author: sobereva 时间: 2022-12-7 00:19

wyxlfw 发表于 2022-12-6 22:57
老师，我在生成蛋白质拓扑文件时遇到了说我的支链上有错误，该如何解决呢

当前问题与acpype和sobtop都毫无关系，是pdb2gmx的事

作者
Author: wyxlfw 时间: 2022-12-8 20:32

sobereva 发表于 2022-12-7 00:19
当前问题与acpype和sobtop都毫无关系，是pdb2gmx的事

老师那这个pdb2gmx的问题，我看了老师的视频，老师的蛋白是有ca离子，我的蛋白有Mg离子，现在不知道该如何处理

作者
Author: sobereva 时间: 2022-12-9 05:24

wyxlfw 发表于 2022-12-8 20:32
老师那这个pdb2gmx的问题，我看了老师的视频，老师的蛋白是有ca离子，我的蛋白有Mg离子，现在不知道该如 ...

先把问题完整具体描述清楚再说
好好看下文
在网上求助计算化学问题的时候必须把问题描述得详细、具体、准确、清楚
http://sobereva.com/620（http://bbs.keinsci.com/thread-25787-1-1.html）

作者
Author: wyxlfw 时间: 2022-12-9 14:43

sobereva 发表于 2022-12-9 05:24
先把问题完整具体描述清楚再说
好好看下文
在网上求助计算化学问题的时候必须把问题描述得详细、具体、 ...

好的谢谢老师，下次一定注意

作者
Author: jim 时间: 2023-7-29 18:40

牧生发表于 2022-12-6 21:49
http://sobereva.com/soft/Sobtop/

有了汽车，还想啥自行车

今天用sobtop生成拓扑文件，也出现了“Permission denied”，请问可能的原因是什么？

作者
Author: 牧生 时间: 2023-7-29 19:17

jim 发表于 2023-7-29 18:40
今天用sobtop生成拓扑文件，也出现了“Permission denied”，请问可能的原因是什么？

在Windows下可双击Sobtop.exe图标启动。在Linux下可进入Sobtop目录后运行chmod +x *加上可执行权限，再输入./sobtop启动（不要在其它目录下启动，否则无法正常运行）。启动Sobtop后依次输入以下命令，//后是注释

复制代码

作者
Author: jim 时间: 2023-7-29 19:52

牧生发表于 2023-7-29 19:17

已解决，非常感谢老师！我顺序搞错了

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)