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标题: 求助：gromacs执行npt预平衡时生成的npt.edr文件消失，无法查看压力和密度变化 [打印本页]

作者
Author: Wcp 时间: 2022-12-7 10:57
标题: 求助：gromacs执行npt预平衡时生成的npt.edr文件消失，无法查看压力和密度变化
本帖最后由 Wcp 于 2022-12-7 10:57 编辑

1. 配置（系统环境：ubuntu20.04.5 LTS 64位，处理器：8代i5，显卡：gtx1050，显卡驱动：nvidia driver 510，cuda版本：10.2，gromacs版本：2019.6，cmake版本：3.16.3，python版本：3.8.10）
2. 在执行nvt预平衡时，平衡时间1ns，可正常生成nvt.edr文件，并执行gmx energy -f nvt.edr -o temperature.xvg
3. 但执行npt预平衡时，平衡时间5ns，刚开始可以正常生成npt.edr文件，但大约半小时后npt.edr、npt.log文件自动消失，整个平衡过程结束也无npt.edr和npt.elog出现，导致无法执行gmx energy -f npt.edr -o pressure（density）.xvg

请问各位老师这是什么原因导致？该如何解决？谢谢。

npt.mdp参数如下：
(, 下载次数 Times of downloads: 7)
[attach]60180[/attach]

作者
Author: sobereva 时间: 2022-12-7 11:43
不是GROMACS的问题，是操作系统层面的问题，检查有没有什么特殊设置、计划任务之类会自动删文件。死活搞不明白干脆重装一次系统

作者
Author: Wcp 时间: 2022-12-7 11:50

sobereva 发表于 2022-12-7 11:43
不是GROMACS的问题，是操作系统层面的问题，检查有没有什么特殊设置、计划任务之类会自动删文件。死活搞不 ...

老师好。
在执行nvt平衡时，步数设置在50000时可正常生成.edr和.log文件，且不消失
而且在npt（1ns）和最终md（50ns）模拟过程中，生成的.edr和.log文件不存在消失问题，而且在运行中也可随时调用取log文件

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