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标题: 使用amber+plumed进行SQM/MM 模拟遇到并行报错问题 [打印本页]

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Author: yjb 时间: 2022-12-7 13:00
标题: 使用amber+plumed进行SQM/MM 模拟遇到并行报错问题
各位老师好，最近使用amber自带的半经验方法DFTB3，对蛋白体系进行SQM/MM MD+US的模拟，是可以用sander.MPI运行的，由于限制的复合坐标比较复杂，就接了plumed进行计算。最初是使用amber/orca/xtb跑的，但是体系里面有金属离子，用GFN2-xTB效果不太好，所以改用SCC-DFTB3。但是发现好像amber+plumed 跑SQM/MM MD不支持并行计算。不知道有没有人遇到相同的问题。已经测试过用amber 跑SQM/MM MD+US是可用sander.MPI的，并且amber+plumed跑常规的限制性MD也是可以用sander.MPI的。

问题：amber+plumed 跑SQM/MM MD + US 是不是不支持使用sander.MPI，只能单核运算吗？谢谢！

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