计算化学公社

标题: 加电场前后液滴内离子分离趋势分析问题 [打印本页]

作者
Author: 961106 时间: 2022-12-8 12:45
标题: 加电场前后液滴内离子分离趋势分析问题
请问一个数据分析的问题，我构建了一个包含钠离子和氯离子的水液滴，在没有电场和加了电场下进行模拟，观察到加了电场后液滴形状发生了拉伸，离子也有迁移，现在想评价一下两种离子的分离趋势，请问有什么合适的分析手段呢？谢谢

作者
Author: 961106 时间: 2022-12-8 12:55
我试了gmx rdf 分析径向分布函数。统计了加电场前后钠离子周围氯离子的分布概率，但是感觉两条曲线重合，没有什么区别，请问是这个分析手段有问题吗？或者有没有更合适的手段推荐呢？谢谢

作者
Author: sobereva 时间: 2022-12-8 12:57
对加和不加电场的已平衡的轨迹区间，绘制两类离子的空间分布函数，或者轨迹多帧叠加图
如果加的电场不够大的话，对例子分离起到的作用难以察觉到。

作者
Author: 961106 时间: 2022-12-8 17:18

sobereva 发表于 2022-12-8 12:57
对加和不加电场的已平衡的轨迹区间，绘制两类离子的空间分布函数，或者轨迹多帧叠加图
如果加的电场不够大 ...

谢谢老师，您是说用gmx spatial指令分析然后用vmd作图吗？

作者
Author: sobereva 时间: 2022-12-9 05:32

961106 发表于 2022-12-8 17:18
谢谢老师，您是说用gmx spatial指令分析然后用vmd作图吗？

是
gmx density绘制一维分布曲线图也可以

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