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标题: Gaussian计算溶剂化能问题 [打印本页]

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Author: mars936 时间: 2016-6-1 18:39
标题: Gaussian计算溶剂化能问题
前段时间，获得了一个天然产物的不同溶剂合物，有甲醇、乙醇、丙醇、DMSO、吡啶、DMF、DMA等十来种，并通过单晶X射线获得了他们的分子结构和cif文件，于是有老师说学习一下gussian计算溶剂化能，没有基础的我，赶紧开始补课，还请教了论坛的一些老师和身边的老师，让我先计算未形成溶剂合物的化合物分子的单点能，再使用SMD计算和相应溶剂的单点能，获得的两个能量值差就是溶剂化能，我也不知道对不对，按照上面的方法就开始计算，也得到了相应的结果，但是问题又出现了，获得的这些数据可以做什么？对不对？请论坛的老师给予帮助，我还需要做些什么，以及获得的数据结果可以分析什么？再次感谢，因为毕业要发文章，所以请老师多多指点，不胜感激！

作者
Author: liyuanhe211 时间: 2016-6-1 18:58
本帖最后由 liyuanhe211 于 2016-6-1 19:54 编辑

要研究生毕业了起码先把Gaussian拼对。
可以参阅：
谈谈隐式溶剂模型下溶解自由能和体系自由能的计算
http://sobereva.com/327

“溶剂合物“(如五水合硫酸铜那种溶剂合)和溶剂模型算出的溶剂化自由能完全是两个概念。溶剂模型计算可用在液相反应的计算中用以考虑溶剂化的影响，我想象不出天然产物(的分离与结构鉴定？or 活性分析？)研究算它有何用。

如果真要研究“溶剂合物”倒不如按照晶体的情况做些波函数分析、分析一下分子和结晶的溶剂间是如何作用的，看水平或许能水一水。

作者
Author: mars936 时间: 2016-6-1 19:53

liyuanhe211 发表于 2016-6-1 18:58
要研究生毕业起码先把Gaussian拼对。
可以参阅：
谈谈隐式溶剂模型下溶解自由能和体系自由能的计算

感谢，我也是觉得弄错了，所以相请老师们给点帮助和建议，十分感谢。

作者
Author: lastzealot 时间: 2016-6-1 21:12
溶剂化能是指溶质由气相到液相的能量变化，你所做的是单晶中有溶剂分子存在时的情况吧，这个好像不能用溶剂化算吧。

作者
Author: sobereva 时间: 2016-6-1 21:54
我已经手动改了你标题错误的拼写，不然太有伤风化
计算任何问题之前都应该先想明白为什么要算，然后才去算。而不是盲目地稀里糊涂地算完了再想办法给数据找点用处。

作者
Author: 卡开发发 时间: 2016-6-1 21:56
合成溶剂合物这些溶剂合物的目的是什么？比如有何种重要的、特别的理化性质？是否有广泛应用于生产的潜力？整清楚这些问题之后再讨论计算就知道该去算一些什么，然后再看选取的分子或是单胞用所需要的方法去计算所需的性质能不能算得动。

作者
Author: mars936 时间: 2016-6-6 13:45
对各位老师的意见及建议再次表示感谢

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