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标题: 求助：gmx跑溶液可以算溶质的体积分数吗 [打印本页]

作者
Author: FrancisLi 时间: 2022-12-10 03:05
标题: 求助：gmx跑溶液可以算溶质的体积分数吗
本帖最后由 FrancisLi 于 2022-12-14 08:09 编辑

各位老师好，想请教一下gmx跑溶液系统，怎么才能算出溶质或者溶剂（水）分子占总体积的体积分数呀，感谢！

作者
Author: sobereva 时间: 2022-12-14 12:53
据我所知没有办法，而且原理上也没有严格的计算方法，这牵扯到原子空间划分问题，然而划分方式并不唯一

一个勉强凑合的方法：把其中一类分子去掉，然后用gmx freevolume计算自由体积，作为去掉的那一类分子所占体积。对其它各类分子也这么计算体积。最后乘上归一化系数（每类分子这么算的体积总和除以盒子体积）作为实际所占体积。

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