计算化学公社

标题: 如何使用Sobtop产生离子力场？ [打印本页]

作者
Author: Wenchuan 时间: 2022-12-10 22:23
标题: 如何使用Sobtop产生离子力场？
本帖最后由 Wenchuan 于 2023-9-11 16:07 编辑

对于单原子离子如Br离子，可不可以先用GView产生Br原子的mol2文件，然后导入Sobtop，然后按照Sobtop (sobereva.com)中例2的步骤，参数基于GAFF产生Br的拓扑文件，选择键参数的时候由原来的选4改为选1 Without bonded parameters，然后将拓扑文件中的电荷改为-1？对于精度要求不是很高的模拟可以这样得到Br离子拓扑文件吗？

作者
Author: 牧生 时间: 2022-12-11 08:01
http://bbs.keinsci.com/thread-29974-1-1.html

对于单原子离子，直接抄作业

多原子离子，如碳酸根，才用sobtop

作者
Author: Wenchuan 时间: 2022-12-16 10:53

牧生发表于 2022-12-11 08:01
http://bbs.keinsci.com/thread-29974-1-1.html

对于单原子离子，直接抄作业

如果我用SPC/E水模型，就需要用到文献DOI: 10.1021/ct500918t中的数据，那么您在http://bbs.keinsci.com/thread-29974-1-1.html中提出的amber力场自带参数与文献参数的不同的问题有答案了吗？比如钠离子，应该用自带的还是文献中的呢，或者两者都可以呢？

作者
Author: 牧生 时间: 2022-12-16 11:28
本帖最后由牧生于 2022-12-16 11:29 编辑

Wenchuan 发表于 2022-12-16 10:53
如果我用SPC/E水模型，就需要用到文献DOI: 10.1021/ct500918t中的数据，那么您在http://bbs.keinsci.com/ ...

我也说不上来哪个好，但至少觉得都没错。
有了更好的opc三点水模型以后，就可以抛弃SPC/E水了，反正都是三点水模型，计算量相同，而且opc三点水模型比SPC/E三点水模型好得多，此时就应该用文献中参数。这样至少也能避免潜在的一个雷，就算有审稿人长篇大论问起来，你也有文献直接支撑，直接甩出两篇文献，两行字就解决。

作者
Author: Wenchuan 时间: 2022-12-17 12:04
本帖最后由 Wenchuan 于 2023-1-14 16:02 编辑

牧生发表于 2022-12-16 11:28
我也说不上来哪个好，但至少觉得都没错。
有了更好的opc三点水模型以后，就可以抛弃SPC/E水了，反正都是 ...

谢谢您的解答

作者
Author: Wenchuan 时间: 2022-12-22 12:52
本帖最后由 Wenchuan 于 2022-12-22 14:38 编辑

牧生发表于 2022-12-16 11:28
我也说不上来哪个好，但至少觉得都没错。
有了更好的opc三点水模型以后，就可以抛弃SPC/E水了，反正都是 ...

使用OPC3水模型需要用https://bioinformatics.cs.vt.edu/~izadi/OPC_Gromacs/README.txt说的vdwtype = PME吗？OPC3水模型的最佳组合AMBER19SB力场文件在哪找呢？

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